22 февраля группа боевиков «Народного фронта» в числе 119 человек на вертолетах вылетела в Гарм — столицу Каратегина, где была полностью уничтожена оппозиционерами, после чего Гарм покинули жители. Продолжались этнические чистки и в Гиссаре, где в приграничных с Узбекистаном селах вырезалось население: на участке Лахути — 73 человека (в том числе 20 детей), на участке Пахтакор — 40, Пахтакори-поен — 35, участке Чапаева — 35, в поселке Пахтаабад — 170, поселке Ленинград — 28, кишлаке Ширкент — 15, в г. Турсунзаде — около 130 человек.
29 марта в Курган-Тюбе были убиты С. Сафаров и известный полевой командир, лидер узбеков-локайцев Ф. Саидов. Распространялись слухи об ответственности за это исламистов, но и высказывалось мнение, что они были уничтожены своими, поскольку выполнили возлагавшиеся на них функции и по ряду причин стали ненужными. Со 2 апреля началось проникновение боевых групп с территории Афганистана, где в восьми лагерях сосредоточились свыше 100 тысяч беженцев. Бои с некоторыми отрядами носили ожесточенный характер.
Первое нападение было совершено отрядом муллы Абдурахима, уроженца Куляба и давнего соперника официального главы областного управления мусульман Хайдара Шарифова. Против нападавших была применена авиация. Стало также известно о тайной поездке по приграничным районам Давлята Усмона. 5 апреля на территории Хорогского погранотряда были похищены 10 российских пограничников, которых, однако, через несколько дней освободили.
К апрелю 1993 года Таджикистан покинули около 300 тысяч из 388 тысяч славян, проживавших в республике до начала гражданской войны. В конце апреля через границу прорвался новый крупный отряд оппозиции, а отряд Абдурахима занял значительную часть Шуробадского района Кулябской области. Существенно ухудшилась экономическая ситуация в Таджикистане. Ленинабадская область заключила прямое (без посредничества центрального правительства) соглашение с Ташкентской областью Узбекистана, предусматривавшее в том числе и поставки в Ходжент продовольствия. Природные катаклизмы на юге (ливневые дожди с 29 апреля по 10 мая) привели к катастрофическим последствиям, окончательно подорвав сельское хозяйство и разрушив хозяйственную и жилую инфраструктуру.
Постепенно активизировались отряды оппозиции в горных районах. В конце июня в течение нескольких дней продолжались ожесточенные бои в районе г. Рогуна к северо-востоку от Душанбе. В этих боях принимала участие бронетехника 201-й мсд, а правительственным силам противостоял отряд полевого командира Ризвона. 24 июня в сторону Рогуна двинулась колонна из более чем 40 танков и БМП, два из которых были подбиты на второй день столкновения.
В ночь с 12 на 13 июля отряд боевиков численностью более 200 человек прорвался на территорию Таджикистана в районе 12-й заставы. В результате ожесточенного боя погибли 24 пограничника, а также несколько военнослужащих 201-й мсд и сотрудников КНБ Таджикистана. Непосредственное руководство боевиками осуществлял полевой командир афганских моджахедов Хамидулло. В операции участвовали и боевики Ш. Юсуфа. Группами боевиков были заняты приграничные селения, в том числе кишлак Вори.
Обострились боевые действия в районе Тавильдары, где правительственным войскам противостоял отряд Абдулгафура. Дорога из Душанбе в долину Каратегина была блокирована отрядами Нозима и Исмата. Оппозиционные силы контролировали также Рогун и Обигарм.
Война в Таджикистане продолжалась. Не прекращались прорывы через границу оппозиционных групп. Начиная с конца июля активизировалась деятельность правительственных сил на Памирском направлении, преимущественно в районе Тавильдары вдоль шоссе, ведущего через перевал Хабуработ в Хорог, что мотивировалось необходимостью подвоза продуктов в Бадахшан. Одновременно продолжалось практически непрерывное давление на российских пограничников со стороны отрядов оппозиции с территории Афганистана — преимущественно в районах 7-й, 10-й, 11-й и 12-й застав. Один из отрядов оппозиции численностью около 400 человек занял плацдарм шириной до восьми километров и глубиной девять.
В боях за перевал Хабуработ, обороняемый отрядом обороны Горного Бадахшана, в конце июля — начале августа были подбиты 7 танков и 4 БТР правительственных войск.
1 августа в совхозе «Варзоб» Ленинского р-на были обнаружены трупы 14 боевиков «Народного фронта» Таджикистана. Боевики стали жертвами акта мести со стороны бойцов оппозиции, которые вели партизанскую войну в окрестностях Душанбе. 3 августа правительственными войсками была предпринята массированная атака на силы бадахшанцев и отряды оппозиции, в которой участвовали 22 вертолета и 16 самолетов. В результате бомбежек были разгромлены села Сайдо, Кулумбои-боло, Кулумбои-поен, Кур и Даштиджум, т. е. селения Припамирья по берегу Пянджа. Погибло около 60 мирных жителей, в основном старики и женщины, а также 14 детей. В Шуробадском районе правоохранительными органами бывшей Кулябской области обнаружен склад с 10 тоннами наркотиков, переправленных из Афганистана.
6 августа с 8 утра двумя самолетами были нанесены бомбовые удары по селам Дажти-шер, Лангаров, Калаи Хусейн и Хур. В 14 часов правительственные войска установили свой пост в селе Калаи Хусейн, а через два часа 13 танков и 4 «КамАЗа» с пехотой вторглись на территорию Клаихумбского района, закрепившись в селе Сагирдашт.
В этот же день в центре Каратегина — поселке Гарм произошло вооруженное столкновение между гармцами и узбеками, проходившими службу в правительственных войсках Таджикистана. Причиной явилась попытка узбеков изнасиловать местных женщин. Были убиты 8 узбеков и 1 местный таджик, несколько бойцов «Народного фронта» ранены. Узбеки вызвали подмогу из Турсунзадевского района, подоспевшую 8 августа на двух «КамАЗах». В результате ожесточенных перестрелок, в которых гармцы объединились против узбеков с кулябцами, погиб 41 боевик из вновь прибывших.
7 августа в Москве состоялась встреча глав государств России, Средней Азии и Казахстана, посвященная ситуации в Таджикистане. На председателя Верховного Совета Таджикистана Э. Рахмонова было оказано сильное давление со стороны президентов Б. Ельцина и И Каримова с целью заставить главу Таджикистана пойти на переговоры с оппозицией. На этой же встрече было принято решение о коллективной обороне таджико-афганской границы как границы СНГ.
Результатов встречи с нетерпением ожидали как в Таджикистане (прежде всего в Бадахшане), так и в Афганистане, с надеждой, что она позволит переломить ситуацию и откроет путь к переговорам. Однако этим надеждам не суждено было сбыться.
В ночь с 9 на 10 августа правительственные войска подвергли бомбардировкам кишлак Сагирдашт, в результате чего появились новые жертвы среди мирных жителей. Сообщалось, что 9 августа на перевале Хабуработ установлен правительственный пост. 9-го же августа в результате диверсии возник пожар на складах боеприпасов 201-й мсд, расположенных в местности Ляур в 30 км от Душанбе. Лишь 11 августа пожарные смогли приступить к тушению пожара. Полностью были уничтожены 6 складов.
10 августа в районе кишлака Кургов в Бадахшане перешедшие границу таджикские моджахеды захватили в плен пять военнослужащих миротворческих сил СНГ: четверых российских солдат и одного майора русского происхождения из Казахстана Сергея Петухова. По другим данным, захват пограничников был осуществлен силами 12-й афганской пограничной бригады и 29-й пехотной дивизии Афганистана.
11 августа руководство таджикской оппозиции выступило с заявлением, в котором отмечалось, что участники встречи в Москве уклонились от объективного рассмотрения проблемы и поиска путей разрешения конфликта. В документе также говорилось, что заявления руководства Таджикистана о согласии «начать переговоры с оппозицией носят вынужденный, тактический характер и не могут быть приняты всерьез». Подписавшие заявление Д. Дустов и Н. Назруллоев считали, что «руководство оппозиционных партий и движений готово начать переговоры с российским руководством», так как считает, «что именно от России прежде всего зависит достижение мира и стабильности в регионе».
