В крайне плачевном состоянии находилась таджикская экономика. Ситуация осложнялась действиями Узбекистана, который 28 июля прекратил подачу газа в южные районы, мотивируя это задержкой выплат таджикистанского долга, достигшего 146 млн долларов. В результате оказался парализован ряд крупных предприятий, в том числе Яванский химический и Вахшский азотно-туковый заводы.

В южных горных районах фактически начался голод. Экономическая ситуация усугублялась катастрофической эпидемиологической обстановкой, развитием дифтерии, в результате которой тысячи людей заболели и сотни умерли.

В середине июля Э. Рахмонов и лидер объединенной оппозиции С.А. Нури встретились в Тегеране. В ходе бесед обсуждались проблемы включения оппозиции в конституционный процесс, прекращения вооруженного противостояния и возвращения беженцев из Афганистана. Уделялось большое внимание и роли войск СНГ, которые охраняют таджикско-афганскую границу. В результате переговоров 17 августа был подписан протокол «Об основных принципах установления мира и национального согласия в Таджикистане».

30 ноября после более чем двухмесячных проволочек в Ашхабаде состоялось открытие очередного раунда межтаджикских переговоров. В процессе последовавших консультаций оппозиция предложила направить в Тавильдару специальную комиссию, однако глава правительственной делегации Таджикистана М. Убайдуллоев заявил, что никаких военных операций власти не проводят, что «в Таджикистане вообще нет никакой войны». Одновременно правительство активизировало боевые действия, в том числе в районе Куляба и Шуроабада с целью достижения военного преимущества и получения возможности давления на делегацию объединенной таджикской оппозиции.

Только в конце 1996 года начались переговоры, которые стали приносить конкретные результаты. Серьезные военные неудачи и усиление внутренней оппозиции заставили правительство Э. Рахмонова активизировать усилия в деле достижения политического урегулирования, на котором настаивал и Иран. И декабря на встрече в афганском городе Талукан были выработаны основные положения соглашения о политическом урегулировании, а 24 декабря 1996 года в Москве Эмомали Рахмонов, Сайд Абдулло Нури и специальный представитель Генерального секретаря ООН Герд Дитрих Меррем подписали политическое соглашение и протокол к нему. «Объединенная таджикская оппозиция» признала существующий политический и государственный строй Таджикистана, а также статус Э. Рахмонова в качестве президента На пропорциональных началах была образована Комиссия национального примирения, которая действовала в течение полуторагодичного переходного периода. Объем ее функций включал возвращение беженцев и реорганизацию государственного аппарата.

Урегулирование конфликтной ситуации в Таджикистане стало основной темой встречи в Бишкеке Э. Рахмонова, лидера «объединенной таджикской оппозиции» С.Л. Нури и представителя Генерального секретаря ООН по Таджикистану Г. Меррема, состоявшейся 16—18 мая 1997 года. Тогда была достигнута договоренность о размещении в Душанбе контингента вооруженных формирований оппозиции численностью 460 человек, а также 40 человек для охраны членов Комиссии по национальному примирению.

27 июня 1997 года Рахмонов и Нури в присутствии президента России Б. Ельцина подписали Общее соглашение по установлению мира и национального согласия в республике. Оно подвело итог переговорам и закрепило обязательства сторон по выполнению всех ранее достигнутых договоренностей, направленных на поэтапное и полное урегулирование конфликта. Под документом поставили подписи также главы МИД стран наблюдателей на межтаджикских переговорах — Ирана, Казахстана, Киргизии, Пакистана, Узбекистана, Туркмении, Афганистана и России, а также представители ООН, ОБСЕ, организации «Исламская конференция».

14 июля 1997 года президент Рахмонов подписал «Акт о взаимопрощении» вслед за лидером оппозиции Нури. В нем говорилось, что все партии и организации, входящие в состав «объединенной оппозиции», также другие партии и общественные организации, если они в дальнейшей своей политической деятельности возьмутся за оружие, будут привлечены к ответственности. В рамках практического осуществления документа все военнопленные и заключенные освобождались из-под стражи.

12 июня 1998 года неподалеку от города Кафарнихон, расположенного в 30 км от Душанбе, во время вооруженного столкновения двух враждующих кланов было убито по меньшей мере 13 человек. Причиной столкновения между кланами, возглавляемыми Назимом Юнусовым и Мулло Касымом Исмати, послужила личная месть. По данным властей, среди погибших был и сам Юнусов.

Вооруженный конфликт в Таджикистане — один из наиболее длительных из всех гражданских войн, произошедших на пространстве бывшего СССР. Продолжавшейся там пять лет гражданской войне положен вроде бы конец, подписанием в Москве 27 июня 1997 года Общего соглашения об установлении мира и национального согласия. Однако многие проблемы так и остались нерешенными. Они создают предпосылки для сохранения напряженности и нестабильности в республике.

Гражданская война усилила процесс этнической розни как политически, так и социально-психологически. Страна фактически разделена на две части — одна контролируется правительством, другая — оппозицией. Причем в каждой из них усиливаются региональные сепаратистские тенденции.

Достаточно серьезным препятствием на пути этнической консолидации является устойчивый климат враждебности между кулябским и каратегинским субэтносами. В ходе гражданской войны она приняла экстремальные формы, поскольку обе стороны прибегли к массовому геноциду. Примерно аналогичным образом сложились отношения между кулябским и памирским субэтносами. Внешне более или менее лояльными могут считаться отношения кулябского субэтноса с гиссарским и в меньшей степени — с северными субэтносами. Таким образом, кулябский субэтнос, претендующий на роль политического лидера этнической консолидации, не обладает для этого ни социально-психологическими, ни интеллектуальными возможностями.

Корни конфликта между осетинами и ингушами уходят в 1924 год, когда была упразднена Горская автономная социалистическая республика. В этой части Северного Кавказа из нее образовались три области — Чеченская, Ингушская и Северо-Осетинская. Пригородный район считался ингушским. Тем временем Чечня и Ингушетия снова стали единой республикой (с 1936 года), а в 1944 году эта республика была упразднена в связи с депортацией чеченцев и ингушей. С территории Пригородного района ингуши были также вывезены, а район официально отошел к Северной Осетии.

Свои территориальные претензии к Северной Осетии, истоки которых лежали в депортации 1944 года и последующих заселениях опустевших земель осетинами и другими народами, ингуши официально предъявили в ноябре 1990 года. Тогда Верховный Совет Чечено-Ингушетии принял декларацию, в которой предъявлялся ультиматум: Чечено-Ингушетия подпишет Союзный договор, если ингуши получат Пригородный район Северной Осетии. Горбачевское окружение начало вести с Чечено-Ингушетией тайные переговоры, пытаясь сделать эту автономную республику одной из союзниц руководства СССР.

В 1990 году Верховный Совет СССР принял Закон «О разграничении полномочий между Союзом ССР и субъектами Федерации», согласно которому субъектами СССР стали и автономные республики.

Этот закон расшатывал почву под ногами Бориса Ельцина. Власть переходила в руки союзного руководства. Поэтому Ельцин был вынужден заявить, что и он в свою очередь также гарантирует автономным республикам суверенитет, и ровно столько, сколько они смогут взять.

В июне 1991 года руководимый Ельциным Верховный Совет РСФСР принял Закон «О реабилитации репрессированных народов», предусматривавший восстановление территориальной целостности ряда бывших автономий. По этому закону ингуши могли претендовать на Пригородный район Северной Осетии, но каким образом — в законе прописано не было. Более того, реабилитации подлежали и репрессированные казаки, которые до 1920-х годов жили на землях, в частности, и Пригородного района. Провокационную роль сыграла поездка Б. Ельцина по Северному Кавказу в ходе избирательной президентской кампании (июнь 1991 года), когда он пообещал осетинам и ингушам взаимоисключающие пути разрешения территориальной проблемы.