Внутренняя ситуация по-прежнему характеризовалась крайней напряженностью. Сообщалось о продолжавшихся разборках между различными местными лидерами, большинство из которых были ранее командирами отрядов «Народного фронта», об убийствах журналистов, военнослужащих и представителей оппозиции.
18 июня в Тегеране начались переговоры между делегациями правительства Таджикистана и объединенной оппозиции. В результате девятидневного обсуждения по основному вопросу о прекращении огня соглашение так и не было подписано, поскольку правительственная делегация не соглашалась на ряд условий, выдвинутых оппозицией, в том числе — освободить всех политических заключенных. Таджикская оппозиция распространила заявление, в котором увязала позицию правительственной делегации с намерениями душанбинского режима оттянуть время для проведения референдума о новой конституции и выборов президента, а в опубликованном 15 августа заявлении обвинила МИД России в срыве подписания соглашения о временном прекращении огня.
Не добившись политических результатов на переговорах, оппозиция развернула широкомасштабные боевые действия в Таджикистане, охватившие долину Тавильдары, Дарваз, некоторые районы Каратегина и Припянджья. Потерпев ряд неудач и понеся ощутимые потери в живой силе и технике, правительство вынуждено было направить в Тегеран делегацию, которой теперь оставалось только согласиться с условиями оппозиции. В результате соглашение о временном прекращении огня было подписано.
В республике шла предвыборная кампания, сопровождавшаяся силовым давлением на оппонентов и население. В Ходжент был направлен отряд кулябских боевиков численностью до 300 человек, во главе с министром внутренних дел, бывшим душанбинским рэкетиром Я. Салимовым. Были заменены на лояльных Э. Рахмонову лиц начальники районных управлений внутренних дел Ура-Тюбе и Ганчи, развернута кампания в СМИ по дискредитации основного оппонента Рахмонова — А. Абдуллоджанова, начата кампания по запугиванию населения вооруженными группами с целью побудить граждан голосовать за Рахмонова. В столице эта акция сопровождалась составлением списков населения с личной подписью каждого жителя.
6 ноября в Таджикистане прошли выборы президента республики. Как и ожидалось, президентом был избран Э. Рахмонов. В течение последующих недель, вплоть до начала 1995 года, продолжались отдельные стычки и операции в приграничной полосе юга Таджикистана, а также в Бадахшане, причем противоборствующие стороны последовательно обвиняли друг друга в нарушении подписанных договоренностей о прекращении огня. При этом оппозиция возлагала особую вину на российские погранвойска.
В ответ на эти обвинения заместитель начальника Главного штаба погранвойск России генерал-майор А. Баранов заявил: «Такого рода утверждения беспочвенны… Мы уже говорили и вновь обращаем внимание на то, что практически с первых дней вступления в силу Соглашения оппозиция нарушала и продолжает нарушать достигнутые договоренности. Имеют место факты обстрелов пограничных застав, нарядов российских, казахских и киргизских пограничных войск из различных видов оружия. Минуя пункты пропуска, вооруженные группы неоднократно предпринимали попытки прорыва через таджикско-афганскую границу как с одной, так и с другой стороны, применяя при этом оружие. Обстановка в регионе продолжает оставаться напряженной и в настоящее время, по полученным данным, вооруженные группы Движения исламского возрождения Таджикистана, находящиеся на территории Горного Бадахшана, готовы к вооруженным акциям против российских пограничников. Только в районе Калаихумбского отряда на территории Афганистана сосредоточено до 400 боевиков».
Начало 1995 года показало, что ни экономическая и политическая ситуация в самом Таджикистане, ни ситуация на таджикско-афганской границе не претерпели каких-либо существенных изменений к лучшему.
Лишь наличие достаточно мощной группировки российских войск позволяло удерживать ситуацию. Война продолжалась.
В 1995 году военно-политическая обстановка в Таджикистане не претерпела существенных изменений. В течение всего года продолжались попытки проникновения на территорию республики из Афганистана отдельных групп боевиков или более крупных отрядов, обстрелы застав и пограничных постов с сопредельной территории и т. д.
В 1994–1995 годах на таджикско-афганской границе было задержано 799 нарушителей, предотвращено 582 попытки прорыва боевиков, которые 260 раз перерастали в боевые столкновения Около 700 раз российские пограничники подвергались обстрелам. Были предотвращены попытки контрабанды значительного количества вооружений, в том числе 127 орудий и минометов, 100 гранатометов, 290 единиц стрелкового оружия, боеприпасы и т. д.
Однако дважды в течение года военная обстановка существенно осложнялась и боевые действия приобретали широкомасштабный характер. Так, в начале апреля существенно обострилась обстановка в Бадахшане. Это было вызвано тем, что еще в октябре 1994 года Душанбе в нарушение соглашения о временном прекращении огня ввел в Калаихумбский район батальон правительственных войск. Этот батальон решил навести порядок в селе Дашти-Язгулем, в зоне, контролируемой силами самообороны Бадахшана. Отряд самообороны под командованием полевого командира Зайниддина отбил наступление и предпринял контратаку, в результате которой батальон с большими потерями отошел к селу Хихик. В этих боях погибли 24 таджикских и казахских военнослужащих.
В середине октября существенно обострилась обстановка в Тавильдаринском районе в результате начавшихся широкомасштабных действий правительственных сил. 22 октября правительственные войска предприняли попытку силой отбить в Тавильдаре 57 военнослужащих, взятых в плен оппозицией 14 октября. В этих боях участвовало свыше 500 солдат, 10 единиц бронетехники, которых поддерживала авиация, бомбившая несколько селений. Правительственным силам противостояли около полутора тысяч боевиков. 9 ноября в Тавильдару был сброшен десант из 50 человек, который был почти полностью уничтожен. 8 и 9 ноября военная авиация бомбила расположения отрядов оппозиции в Гармском районе, а 10 ноября около 100 солдат и офицеров сдались в плен командиру одного из оппозиционных отрядов М. Низомову.
21 ноября правительственные силы вновь предприняли наступление на Тавильдару. В нем участвовали около 500 солдат и офицеров, а также 21 танк и другая бронетехника.
Военно-политическую обстановку в Таджикистане существенно осложнили все обостряющиеся противоречия внутри правящей коалиции. Эти противоречия вылились в вооруженные столкновения между бывшими «народофронтовцами», начавшиеся в начале сентября в Хотлонской области. Кульминацией этих событий стали бои 17 сентября между 1-й и 11-й бригадами Минобороны Таджикистана, сформированными в 1993 году на базе отрядов «Народного фронта».
1-й бригаде при поддержке танков и артиллерии удалось ворваться на территорию военного городка 11-й бригады, после чего командир последней У. Мурчаев бежал в один из окрестных кишлаков. Власти Таджикистана были вынуждены принять решение о расформировании обеих бригад и создании на их базе одной.
Крайне сложной продолжала оставаться криминогенная обстановка, в том числе и связанная с наркотиками. За 1995 год российскими пограничниками было обнаружено и изъято при досмотрах свыше 2 тонн наркотического сырья, 70 % которого составлял опий-сырец. В 1995 году пограничниками было уничтожено 1700 кг наркотиков. В процессе проведения крупномасштабных операций в начале 1996 года в зоне Хорогского погранотряда было изъято 250 кг наркотиков, а Каланхумбского погранотряда — 40 кг опия-сырца. Всего же за 1995 — первую половину 1996 года изъято и уничтожено 4,5 тонны наркотических веществ.
Все это вынудило власти усилить борьбу с преступностью. В конце октября — начале ноября была проведена широкомасштабная операция по чистке банковских структур, в результате которой было арестовано 30 работников таджикских коммерческих банков и коррумпированных чиновников государственных финансовых ведомств. В ходе кампании по борьбе с преступностью была проведена чистка внутри МВД, в результате чего было арестовано свыше 20 сотрудников милиции, десятки уволены. По сообщению шефа МВД С. Мухурова, во втором полугодии было обезврежено несколько бандформирований. Среди последних называлась банда одного из бывших командиров «Народного фронта», депутата таджикского парламента X. Каримова, арестованного в начале ноября. Во время обыска в доме последнего были изъяты 10 автомашин (в том числе 5 новых «КамАЗов»), огромное количество автоматического, противотанкового и другого оружия и боеприпасов к нему, а также 300 млн российских рублей и 800 тыс. долларов.
