В воскресенье, 21 июня, бои за город продолжались. Около 12.00 начался минометный обстрел Ленинского микрорайона. В городе действовали молдавские снайперы, стрелявшие по любой движущейся цели. Из-за непрекращающихся боевых действий было невозможно убрать трупы на улицах, что в 30-градусную жару создавало угрозу эпидемии.

22 июня артобстрелу подверглось болгарское село Парканы. 23 июня перед ВВС Молдовы была поставлена задача разрушить стратегически важный мост через Днестр, связывающий Приднестровье с Бендерами. Для нанесения удара были задействованы два самолета МиГ-29, которые несли по шесть бомб ОФАБ-250. Для контроля за результатами налета в операции принял участие один МиГ-29УБ.

В 19.15 молдавские пилоты произвели бомбометание, но неточно, и мост остался цел, а все бомбы упали на близлежащее село Парканы. Прямым попаданием был уничтожен дом, в котором погибла вся семья. Официальные лица Молдовы поначалу отрицали причастность своих ВВС к налету; однако потом военный министр Республики Молдова признал факт разрушения дома, но отверг заявления СМИ о гибели людей.

С 23 июня наблюдалось относительное затишье. Городской совет сумел договориться с отделом полиции о прекращении огня, чтобы похоронить убитых, число которых за прошедшую ночь достигло трехсот. В городе не было электроэнергии, не работала телефонная связь, был отключен газ. По-прежнему действовали снайперы. Местная полиция, удерживая часть города при поддержке отряда полиции особого назначения (ОПОН), минировала улицы, воздвигала баррикады, оборудовала окопы.

29 июня затишье закончилось: около 19 часов молдавская армия возобновила массированный обстрел города из гаубиц, минометов, гранатометов и стрелкового оружия. Вооруженным формированиям ПМР удалось подавить некоторые огневые точки противника лишь через три-четыре дня.

В начале июля вновь была достигнута договоренность о прекращении огня, которая, однако, постоянно нарушалась не только в Бендерах, но и по всей линии противостояния вплоть до Дубоссар. В Бендерах части Молдовы планомерно уничтожали предприятия, оборудование которых не удалось вывезти. В течение всего месяца в разных районах города велись бои.

21 июля президентами России и Молдовы Борисом Ельциным и Мирчой Снегуром было подписано соглашение «О принципах мирного урегулирования вооруженного конфликта в Приднестровском регионе Республики Молдова».

Предпринятая в июле попытка молдавской армии взять Бендеры не увенчалась успехом. Новый командующий 14-й армией генерал-майор Александр Лебедь приказал блокировать подступы к городу и мост через Днестр.

Россия, Молдова и Приднестровье объявили полосу вдоль Днестра зоной безопасности, контроль за которой был поручен трехсторонним миротворческим силам в составе российских, молдавских и приднестровских контингентов под наблюдением Объединенной контрольной комиссии (ОКК). В Бендерах был введен «специальный режим».

По разным оценкам, потери в ходе конфликта были следующими. На середину июля 1992 года с обеих сторон погибло 950 человек, около 4,5 тысячи ранено. Только приднестровская сторона потеряла около 500 человек погибшими, 899 были ранены, а около 50 пропали без вести, однако эксперты считают, что реальные потери были большими. Уничтожено и повреждено 1280 жилых домов, из которых 60 полностью разрушены. Разрушено 19 объектов народного образования (из них 3 школы), 15 объектов здравоохранения Повреждены 46 предприятий промышленности, транспорта, строительства. Не подлежали восстановлению 5 многоэтажных жилых домов государственного жилого фонда, 603 государственных дома были повреждены частично. Городу был причинен ущерб на сумму, превышающую 10 миллиардов рублей по ценам 1992 года.

Поражение на парламентских выборах 1994 года Народного фронта и приход к власти аграрно-демократической партии, более лояльной к национальным меньшинствам, создали условия для мирных переговоров Кишинева с двумя обособленными от нее регионами: Гагаузией и Приднестровьем.

Надо отметить, что в ходе затяжного конфликта с молдавскими властями, гагаузы — тюркоязычный народ христианского вероисповедания — добились согласия на особый статус Гагаузии («автономно-территориальное образование») в составе Молдовы.

В декабре 1994 года молдавский парламент принял «Закон об особом статусе территории», на которой компактно проживают гагаузы. В соответствии с законом, в случае изменения политического статуса самой Молдавией (то есть если она когда-либо примет решение о присоединении к Румынии) Гагаузии гарантируется право на внешнее самоопределение.

Следует подчеркнуть, что гагаузская автономия является исламоопасной зоной Молдавии. Известно, что весь период переговоров о статусе этой автономии крайне высокую заинтересованность в проблеме проявляли Турция и в меньшей мере Саудовская Аравия.

Гагаузии разрешено иметь собственную национальную символику, законодательные собрания, действующие в рамках конституции республики. Официальными языками на ее территории признаны молдавский, гагаузский и русский. Считается, что исход гагаузского вопроса — модель, которую можно будет применить и на Приднестровье, переговоры по особому статусу которого продолжаются.

4 февраля 1993 года было принято решение о направлении в Молдову долговременной миссии ОБСЕ. Венская группа комитета на своей встрече 11 марта 1993 года утвердила мандат миссии, в котором изложены ее задачи. В соответствии с ним цель миссии — облегчить достижение прочного всеобъемлющего политического урегулирования конфликта во всех его аспектах. При этом имелось в виду сохранение территориальной целостности Молдовы в сочетании с признанием особого статуса Приднестровского региона.

Миссия приступила к работе в Кишиневе 25 апреля 1993 года.

7 мая 1993 года с правительством Молдовы был подписан Меморандум о взаимопонимании, определивший конкретные условия деятельности миссии на территории Молдовы в рамках ее мандата. 25 августа 1993 года после обмена письмами между руководителями миссии и президентом ПМР Игорем Смирновым вступила в силу договоренность о деятельности миссии ОБСЕ в Приднестровском регионе Республики Молдова.

Меморандум о принципах нормализации отношений, подписанный 8 мая 1997 года в Москве в присутствии президентов России и Украины Бориса Ельцина, Леонида Кучмы и руководства ОБСЕ, признавал Молдову единым государством, включая самопровозглашенную Приднестровскую республику. Однако в нем говорилось, что о разделе полномочий и о статусе приднестровцев нужно будет еще договориться.

В конце сентября 1997 года состоялась встреча президентов Молдовы и ПМР Петра Лучинского и Игоря Смирнова, которая завершилась подписанием протокола, содержащего ряд важных для процесса урегулирования моментов. Была достигнута договоренность о проведении регулярных (раз в месяц) встреч руководителей Молдовы и Приднестровья, подготовке совместных шагов по снижению напряженности и военного противостояния в зоне безопасности, о новом раунде переговоров на экспертном уровне по проекту промежуточного документа о разграничении предметов ведения и взаимном делегировании полномочий между Кишиневом и Тирасполем.

В результате последовавших переговоров в подмосковном селе Мещерино (6—10 октября 1997 года) сторонам при помощи посредников удалось согласовать проект промежуточного соглашения по урегулированию конфликта, который предполагалось подписать в ходе саммита СНГ в Кишиневе 23 октября. Однако приднестровская сторона в последний момент отказалась от ранее достигнутых договоренностей и дезавуировала подписи своих представителей.

В начале февраля 1998 года Кишинев ввел акцизы на товары, следующие в Приднестровье, чем еще более усугубил и без того тяжелое экономическое положение самопровозглашенной республики. В ответ Игорь Смирнов принял «адекватные меры» и распорядился взимать пошлины с грузов, идущих в Молдову из стран СНГ через левобережье Днестра, и к тому же сократил на 20 % подачу электроэнергии «за невозвращенные долги».