3 сентября аппарат президента распространил комментарий, где исламистов обвинили в попытке государственного переворота и указывалось, что их цель — «блокировать любые связи с Россией и республиками СНГ». Лидер ДПТ Ш. Юсуф впервые отмежевался от действий исламистов. К 7 сентября беженцы из поселка Ломоносова были на машинах вывезены в Куляб. В это же время в Курган-Тюбе исламисты объявили призыв в «полк национальной самообороны» численностью в 1380 человек. Призыв осуществлялся по военным билетам, по штату стрелкового полка. Военкоматами в полк были переданы свыше 1000 автоматов.
Сообщалось о практически полном разрушении инфраструктуры Вахшской долины, отсутствии власти, сотнях трупов на дорогах, невиданной жестокости, проявляемой обеими сторонами. В боевых действиях в рядах исламистов участвовали наемники из России, Прибалтики, с Кавказа, отряды афганцев, а также инструкторы-арабы. Утверждения официального Душанбе, что русских не трогают, абсолютно не соответствовали действительности. Характер действий в эти дни свидетельствовал, что боевые операции со стороны кулябцев, пытавшихся перекрыть пути подвоза подкреплений и боеприпасов исламистам, разрабатывались военными специалистами.
Развернулась антирусская кампания, в ходе которой все жертвы обеих воюющих сторон стали списывать на русскоязычное население. Открыто распространялись фальшивки, в том числе и видеоматериалы. За голову генерала М. Ашурова — нового командира 201-й мсд — была объявлена награда в 5 млн рублей.
7 сентября в 14.00 президент Набиев тайно направился в аэропорт, чтобы вылететь в Ходжент. Однако там он был опознан и блокирован толпой, состоявшей в основном из криминальных элементов. Через некоторое время к аэропорту прибыли 4 танка, 1 БТР и 1 БМП 201-й мтд, а также 4 БТРа МВД Таджикистана, окружившие аэропорт. Их целью было не допустить физической расправы над президентом. Примерно в 16.30, после встречи с членами Президиума Верховного Совета Таджикистана, президент подписал заявление об отставке.
Этим событием завершился период наивысших политических успехов оппозиции (Исламской, Демократической партий и «Растохез»). К этому времени, из-за экстремистской позиции руководства Демократической партии, она потеряла большинство своих последователей на Юге, от нее существенно дистанцировались северяне; движение «Растохез» практически сошло на нет. Главной силой стала Исламская партия.
В последующие дни продолжались боевые действия, а также случаи перехода границы с оружием. На границу начало прибывать пополнение из Узбекистана, Казахстана и России. К 15 сентября в поселке им. Ломоносова на окраине Курган-Тюбе, прикрывавшемся 191-м мсп, вновь скопилось до 16 тысяч беженцев. Отмечалось, что боевые действия постепенно приобретали все более внеполитический характер. Были зафиксированы случаи кровной мести. С обеих сторон в боевых действиях принимали участие наемники, а также значительное количество уголовных элементов, выпущенных из тюрем Куляба и Курган-Тюбе. К последней декаде сентября боевые действия неуклонно смещались в район Нурекской ГЭС, охраняемой подразделениями 201-й мсд, откуда кулябцы, прорываясь через перевал Чормазак на правобережье Вахша по шоссе Куляб — Душанбе, пытались развивать наступление на столицу. Руководил этими действиями С. Сафаров В Курган-Тюбе во главе кулябских отрядов стоял Л. Лангариев.
21 сентября на закрытом заседании Президиума Верховного Совета и кабинета министров были оглашены новые требования кулябцев, в том числе созыва очередной сессии парламента в Ходженте с целью дать оценку обстоятельствам отставки Р. Набиева, восстановления его в должности, создания третейского суда для выяснения отношений между Кулябской и Курган-Тюбинской областями, включения представителей всех регионов Таджикистана в состав республиканской делегации на совещание глав правительств СНГ в Бишкеке, отстранения от занимаемых должностей в Правительстве национального примирения лиц, выдвинутых в свое время оппозицией (зам премьер-министра Д. Усмона, председателя Гостелерадио М. Миррахимова, зам. председателя КНБ Д. Аминова, главы мусульман А. Турад-жонзоды). Среди требований кулябцев было и прекращение передач по радио призыва на молитву.
Сессия Ленинабадского облсовета осудила находившегося в Ходженте Набиева, который в отношениях с Россией продолжал вести себя как президент. Это послужило своеобразным шагом для сближения позиций официальных органов (правительства и парламента) и привело к попытке Ходжента договориться с Душанбе, а также открыло пути выдвижения на высокие должности ходжентцев. Последовал указ исполняющего обязанности главы государства, председателя Верховного Совета А. Искандарова о назначении и.о. премьер-министра Абдумалика Абдуллоджанова.
25 сентября было совершено нападение исламистов на поселок Ломоносова, где сосредоточились большие группы беженцев. Исламисты проникли в населенный пункт и, оттеснив офицеров 191-го мсп, устроили резню.
27 сентября Курган-Тюбе был захвачен кулябцами под командованием Л. Лангариева. В Душанбе продолжался уголовный беспредел, грабились склады, угонялись автомобили. Власти оказались не в состоянии контролировать ситуацию. К октябрю 1992 года потери с обеих сторон составили 15–20 тысяч убитыми и несколько десятков тысяч ранеными (преимущественно мирных жителей), сотни тысяч жителей стали беженцами. С юга уехало практически все население — выходцы и переселенцы 1920—1960-х годов из Узбекистана и Северного Таджикистана. Из республики выехали около 90 тысяч так называемых русскоязычных жителей. Промышленность была практически парализована, а сельское хозяйство разрушено.
Эти события имели следствием ряд существенных изменений в социально-психологической обстановке. «Демократы» и «Растохез», блокировавшиеся с Исламской партией, потеряли свой авторитет в народе и практически распались. Был дискредитирован и Тураджонзода, на которого общественное мнение возложило всю ответственность за события Казият (Таджикистанское отделение Среднеазиатского духовного управления мусульман) лишился значительной части приверженцев, деятельность духовенства в ряде мест фактически прекратилась. Национальное самосознание отошло на второй план, будучи вытеснено региональным самосознанием. Существенно сплотились памирские народности.
В этой обстановке высшие эшелоны государственной власти организовали и провели в Ходженте так называемую примирительную сессию Верховного Совета Таджикистана, предлогом для созыва которой стали и требования прекращения кровопролития, и предложение о формировании нового правительства. На деле эта передышка была использована договорившимися, между собой ходжентскими и кулябскими кланами для формирования и вооружения (с помощью Узбекистана, России и частично Киргизии) сил так называемого «Народного фронта», основной боевой контингент которого составили узбеки, как таджикистанские, так и из соседней республики, а также таджики-кулябцы. Выбранный на сессии состав правительства отразил и новую расстановку сил, и тот факт, что к власти пришли мафиозные структуры.
Сразу же по окончании сессии разразились бои за взятие столицы, и 10 декабря силы «Народного фронта» вошли в Душанбе. Начался террор против памирцев и каратегинцев. Политика нового таджикского руководства в первые месяцы после прихода к власти была направлена на ее укрепление и подавление любой оппозиции. В январе — феврале 1993 года были арестованы практически все деятели оппозиционных партий и движений на севере республики — в Ленинабадской области, в том числе и занимавшие умеренные позиции.
На юге республики постепенно активизировались выступления проправительственных сил против отрядов оппозиции. Основные боевые действия переместились в Каратегин и Дарваз. В этих операциях активно участвовала узбекистанская авиация.
В первой половине февраля активные действия велись в Ромитском ущелье, где было сбито два самолета. На пост министра обороны Таджикистана был назначен полковник Александр Шишлянников, до этого служивший в Министерстве обороны Узбекистана, а ранее — в частях 40-й армии в Афганистане. Его заместителем стал также русский старший офицер. С момента захвата Душанбе в декабре 1992 года и по февраль 1993 года в столице Таджикистана от рук боевиков «Народного фронта» погибло несколько сот выходцев из горных районов, среди них ученые, инженеры, студенты, сотрудники милиции и КНБ, должностные лица.
