После провокационного заявления Ш. Юсуфа отъезд из Таджикистана русскоязычного населения принял небывалые размеры: лишь до конца мая 1992 года из Таджикистана, опасаясь за свою жизнь, бежали 20 тысяч русскоязычных жителей.

Уже в конце мая из Куляба и Курган-Тюбе начали поступать сообщения о дестабилизации обстановки и размещении вооруженных отрядов проправительственных сил, а также оппозиции в различных населенных пунктах.

В начале июня резко увеличился процент выезда за пределы Кулябской области сторонников Демократической партии и Исламской партии возрождения, а также «Растохеза», опасавшихся преследований со стороны муллы X. Шарифова и С. Сафарова, бывшего уголовника, проведшего в заключении 23 года за убийство и по другим статьям, а затем вставшего во главе кулябских формирований. В связи со сложившейся ситуацией сессия Ленинабадского облсовета приняла постановление о переходе всех предприятий области под его юрисдикцию. Это свидетельствовало о росте сепаратистских настроений на севере республики.

24 июня Президиум Верховного Совета Таджикистана принял заявление, в котором содержались требования к президенту Набиеву. В случае невыполнения этих требований Президиум намеревался созвать сессию парламента и заявить о своей отставке в полном составе, а также поставить вопрос о целесообразности сохранения президентской формы правления. Это заявление, как и предшествовавшие события, показало углубление противостояния между Ленинабадской областью и центром. Фактически Ленинабадское руководство не признало Центральное Правительство. Установилось новое соотношение власти — между Севером и Югом (региональное двоевластие).

С 28 июня начались вооруженные столкновения между отрядами исламистов и силами кулябцев, приобретавшие все более систематический, кровопролитный и криминализованный характер. 1 июля из-за обострения ситуации на юге правительство приняло постановление об охране особо важных объектов в республике. Это постановление было согласовано с Министерством обороны России. Частям 201-й мсд была поручена охрана Нурекской ГЭС, Яванского электромеханического комбината, Вахшского азотно-тукового завода, ряда объектов военного назначения, а также нескольких участков автодорог на горных перевалах вдоль границы Кулябской и Курган-Тюбинской областей.

В начале июля лидеры политических партий, народных движений и духовенства выступили с обращением в адрес участников Хельсинкского совещания в защиту находившегося в заключении мэра Душанбе М. Икромова, что явилось свидетельством дальнейшего роста противоречий между Центром и Ходжентом, так как М. Икромов содержался именно там.

На южной границе начались регулярные и все более масштабные попытки перехода таджико-афганской границы с целью приобретения оружия. Обратно с таджиками возвращались и афганские инструкторы.

О масштабах этой деятельности свидетельствует тот факт, что за период с мая 1992 до начала 1993 года пограничниками было задержано свыше 1000 нарушителей, в том числе и афганцев, у которых было изъято около 500 единиц стрелкового оружия. По самым скромным подсчетам, на территории республики летом и осенью 1992 года действовали 500–600 афганских моджахедов.

Правительственная делегация Таджикистана во главе с министром иностранных дел X. Халикназаровым, договорилась в ходе переговоров с руководителями Афганистана Б. Раббани и А. Шах Масудом о стабилизации афгано-таджикской границы, однако это никак не отразилось на пограничной ситуации. В Таджикистане была создана «Ассоциация женщин с высшим образованием», которая планировала вести борьбу с мусульманским фундаментализмом и ущемлением женских прав. Ассоциация объединила женщин независимо от 72 расы, национальности, религиозных, политических взглядов, происхождения и возраста.

26—27 июля в г. Хороге, центре Горно-Бадахшанской автономной области, состоялась встреча представителей официальных властей, партий, политических движений. В ней приняли участие представители Кулябской, Курган-Тюбинской областей, Гармского района, а также Исламской партии возрождения, Демократической партии (Ш. Юсуф), движения «Растохез» (Т. Аб-дуджаббор). От руководства республики участвовал исполняющий обязанности председателя Верховного Совета А. Искандаров. На встрече были выработаны условия перемирия между противоборствующими сторонами.

В соответствии с ними 28 июля с 10 часов объявлялось прекращение огня на всей территории Таджикистана. Предусматривалось освобождение заложников, снятие вооруженных постов с шоссейных дорог и освобождение занятых зданий и объектов, расформирование вооруженных групп, сдача оружия и т. п. Соглашение вступило в силу 27-го, однако его выполнение сразу вызвало серьезные сомнения. Непосредственно после подписания военный лидер кулябцев С. Сафаров заявил, что до того, как незаконное, по его мнению, правительство уйдет в отставку, его люди оружия не сдадут. Аналогично поступил и Ш. Юсуф, указавший на то, что все иностранные вооруженные формирования, включая и пограничные войска, должны немедленно покинуть территорию республики.

В тот же день, 27 июля, возобновились боевые действия в Куйбышевском районе Курган-Тюбинской области. В печати была развернута кампания с целью дискредитации частей 201-й мсд, выступавших в качестве разъединительных сил. По сведениям Кулябского облисполкома, число беженцев в результате столкновений в июне — июле составило 132 тысячи человек. Несмотря на утверждения правительства о возвращении узбекского населения в места проживания, поток автомашин с беженцами из южных районов Таджикистана не иссякал.

В течение 9—11 августа Президиум Верховного Совета Таджикистана попытался собрать парламентариев на сессию, где среди прочего предполагалось принять закон, ограничивающий власть президента Набиева. Сессию удалось открыть лишь днем 11 августа, а уже 12-го депутат Дустиев предложил устранить институт президента в республике.

24 августа исламскими боевиками Р. Нуруллобековым и Д. Махмудовым был убит генеральный прокурор Таджикистана Нурулла Хувайдуллоев. Убийство вызвало бурную реакцию общественности. В кишлаке Пангаз Аштского района Ленинабадской области, на родине погибшего прокурора, и в г. Кулябе прошли массовые митинги, на которых резко осуждалось правительство национального примирения. В Пангазе были закрыты практически все мечети, сожжено мусульманское имущество и прекращена деятельность духовенства.

Криминализация ситуации нарастала и в Душанбе. Около 15 часов 31 августа группа молодых людей из организации «Молодежь города Душанбе» вместе с беженцами из Курган-Тюбинской и Кулябской областей, блокировала выходы из президентского дворца и потребовала встречи с президентом. Последний, предупрежденный КНБ, успел укрыться в расположении 201-й мсд. Не найдя президента, захватившие резиденцию стали брать заложников. К вечеру 1 сентября в резиденции находились 32 заложника из числа выходцев из Ленинабадской и Кулябской областей. Прозвучали требования известить народ об отставке президента.

В связи с этими событиями в Ленинабадской области было объявлено о создании Национальной гвардии численностью в 2 тысячи человек, на нужды которой собрали 24 млн рублей.

2 сентября все члены кабинета министров подписали заявление с требованием отставки президента. Из Ленинабадской области было доставлено письмо от областных депутатов с согласием присоединиться к тем, кто выражает недоверие президенту. Эти события послужили началом агонии власти Набиева, потерявшего поддержку ленинабадских кланов, которые в целях сохранения своих позиций готовы были произвести смену политических фигур. К 20 часам члены кабинета подписали совместное заявление о недоверии президенту. Было принято решение 4 сентября в 14 часов открыть сессию Верховного Совета. Аппарат президента через постпредство Таджикистана в Москве распространил заявление, в котором обвинил исламистов в обострении обстановки и попытке расчленения республики.

В Курган-Тюбе, чуть более недели находившемся в руках кулябцев, начался новый виток войны. В этот день перед зданием облисполкома собрались сторонники президента. Во время выступления С. Сафарова вооруженные отряды Исламской и Демократической партий взяли митингующих в кольцо и открыли огонь. Одновременно при поддержке бронетехники им удалось захватить ключевые места в городе, снайперы заняли позиции на крышах высоких зданий. В городе началась резня, в том числе и в поселке Ургут (окраинный городской квартал), где жили узбеки — выходцы из-под Самарканда. Тысячи людей хлынули под защиту 191-го мотострелкового полка в прилегающий к нему поселок им Ломоносова.