Особую остроту события приобрели в последней декаде апреля. Начавшаяся 20 апреля XIII сессия Верховного Совета Таджикистана наделила Набиева полномочиями Верховного главнокомандующего и присвоила ему звание генерал-полковника. Прозвучали угрозы в адрес митингующих. В ответ оппозицией был предъявлен ультиматум об отставке Кенджаева, срок которого истекал в 14.00 21 апреля. Однако депутаты продолжали отстаивать своего спикера. Митинг отреагировал демаршем, сформировав отряды «гвардии» и отправив ее на захват парламента. Был выдвинут окончательный ультиматум об отставке Кенджаева со сроком до 12.00 22 апреля.
Сессия была вынуждена проголосовать за введение в состав Президиума Верховного Совета бывшего кандидата в президенты С. Тураева, главы мусульман Кази-калона А. Тураджонзода и заместителя председателя Демократической партии А. Сахибназарова. Но данное решение запоздало. Оно лишь свидетельствовало о бессилии парламента и президента и укреплении позиций антиправительственных сил. Ситуация начала все быстрее выходить из-под контроля правительства.
К 23.00 21 апреля оппозиция взяла в качестве заложников около 20 человек, среди которых оказались 16 депутатов и 2 заместителя премьер-министра. В 6 часов утра 22 апреля по республиканскому радио было передано сообщение об отставке Кенджаева с поста спикера парламента, но уже 24 апреля указом президента он назначается председателем Комитета национальной безопасности. Одновременно стала поступать информация о поддержке руководителей большинства промышленных предприятий республики проправительственного митинга на площади Озоди. Желающим участвовать в нем оплачивались командировочные расходы, в частности лицам, прибывавшим из Ленинабадской области, где из взносов промышленных предприятий был создан фонд в 7 млн. рублей, финансировавший эти акции.
По сообщениям из Кулябской области, в конце апреля там начались гонения на членов оппозиционного лагеря. Эти гонения санкционировались имамом Кулябской мечети муллой Хайдаром Шарифовым, по указанию которого были составлены списки членов Демократической партии и Исламской партии возрождения. Члены этих партий, опасаясь за жизнь своих детей, начали вывозить их за пределы области.
29 апреля к двум митингам, на площади Шохидон и Озоди, прибавился третий — на площади Садритдина Айни. Он был организован так называемой душанбинской молодежью, в составе которой находились члены тринадцати молодежных мафиозных группировок. Таким образом, мафиозные структуры практически открыто вышли на политическую арену. На митинге было принято требование, обращенное к Набиеву, от которого ожидали принятия мер, направленных на разрешение конфликта. Однако сессия Верховного Совета вновь назначила Кенджаева спикером парламента. Вслед за этим президент предпринял попытку подавить оппозицию силой. 1 мая он объявил призыв в Национальную гвардию, издал приказ о формировании отдельного батальона в бригаде особого назначения и приказал раздать участникам проправительственного митинга около 2 тысяч автоматов.
5 мая указом президента было объявлено чрезвычайное положение, предусматривавшее запрет всех политических партий и митингов, и введен комендантский час в столице. Одновременно по телевидению транслировалось выступление лидеров оппозиции, объявивших, что она выступает за слом нынешнего «прокоммунистического режима, который призван возродить тоталитарную систему». Диктор телевидения обратился к русскоязычному населению с заверениями, что события в республике не являются всплеском национализма или следствием межнациональных конфликтов и что поэтому никаких репрессий в отношении русскоязычного населения не будет. В этот день президентской гвардией была предпринята вооруженная попытка разогнать пикеты из местных жителей, препятствовавших проезду в город подкрепления сторонникам правительства из Куляба, в результате чего появились убитые и раненые.
В ответ оппозиция захватила аэропорт, железнодорожный вокзал и президентский дворец. Были взяты трофеи: 3 БТР и 200 автоматов. По национальному телевидению выступили лидеры оппозиции с призывом к русскоязычному населению сохранять нейтралитет, а также президент Набиев, в свою очередь призвавший граждан поддержать режим законности и порядка. Непрерывно продолжались переговоры президента с оппозицией, принимались договоренности и подписывались совместные документы, но обе стороны не выполнили ни одного принятого на себя обязательства или условия. Наступил паралич власти.
В жилых микрорайонах началось формирование отрядов самообороны. В течение 6–7 мая продолжались бои между президентской гвардией и силами оппозиции за овладение стратегически важными объектами города. Одновременно велись переговоры между лидерами оппозиции и правительством, оппозицией и президентом. Оппозиция выдвинула требования формирование коалиционного правительства, отставка С. Кенджаева, вице-президента Н. Дустова, генерального прокурора Н. Хувайдуллаева, председателя телерадиокомитета О. Сайфуллаева, председателя Комитета обороны Ф. Ниязова. В 3 часа ночи 7 мая Набиев подписал протокол, удовлетворяющий требования оппозиции. К 15 часам сторонники президента из Куляба начали собирать палатки, грузить их на машины и покидать площадь Озоди. Колонны грузовиков стали отходить в сторону Куляба.
10 мая офицеры Комитета национальной безопасности обратились к офицерскому составу МВД, душанбинскому гарнизону (201-я мотострелковая дивизия) и пограничникам с призывом поддержать друг друга, если на кого-нибудь будет совершено нападение или начнутся погромы в домах, где живут семьи военнослужащих. Все заявили о своем нейтралитете, лишь офицерское собрание военного гарнизона, подчеркнув свою приверженность нейтралитету, заявило о готовности защитить семьи офицеров любого из этих ведомств.
В тот же день митинговавших на площади Шохидон призвали идти к зданию КНБ, где якобы скрывался президент, и потребовать от него встречи с народом. Колонна митингующих под защитой БТР и с оружием двинулась к зданию КНБ, но при подходе была остановлена яростным огнем. Около 8 человек были убиты и примерно 10 ранены. Полковник В. Заболотный, командир 201-й мсд, в соответствии с решением офицерского собрания и вопреки указаниям российского командования, дал приказ бронегруппе из пяти танков, трех БМП и одного БТР прикрыть подступы к зданию КНБ, дому, в котором живут семьи работников КНБ, и перекрыть улицу.
Бой сразу же прекратился, и оппозиция вернулась на площадь Шохидон, где с новой силой возобновился митинг. Гневно осуждались «убийцы из КГБ» и «оккупанты из СНГ, которые вмешались во внутренние дела суверенного государства» Этот факт показал, что в тот период еще существовала реальная возможность не допустить развязывания гражданской войны, пусть даже и с помощью силы.
На митинге начали отчетливо раздаваться радикально исламские лозунги. Вечером по телевидению выступил Ш. Юсуф с заявлением, в котором подчеркнул, что не исключает возможности обращения за помощью к Ирану и Афганистану, если войска СНГ будут вмешиваться в дела Таджикистана. Одновременно он предупредил, что русские в Душанбе с этого момента становятся заложниками. И хотя позднее лидеры оппозиции признали действия В. Заболотного правильными и принесли ему свои извинения, цель провокации (нейтрализовать 201-й мсд и посеять панику среди русскоязычного населения, чтобы не допустить его сплочения) оказалась достигнутой.
Уже 11 мая на переговорах правительства и оппозиции выдвигались требования отставки президента, упразднения Верховного Совета и создания на его базе Национального совета (меджлиса). Одновременно Ш. Юсуф и Д. Усмон заявили, что имущество военного гарнизона должно быть национализировано и дальнейшее пребывание войск СНГ в Таджикистане нецелесообразно. В течение этого дня было сформировано так называемое Правительство национального примирения, в котором оппозиция получила 8 (одну треть) постов, в том числе ряд ключевых.
16 мая последняя колонна автобусов увезла воодушевленных победой участников митинга с площади Шохидон в родные кишлаки. Закончился первый этап начавшейся в Таджикистане гражданской войны. Центр тяжести противостояния переместился в сельскую местность и приобрел чисто военный характер.
