Воспользовавшись трудностями, с которыми Наполеон столкнулся в Австрии, британский кабинет министров решил высадить десант в Нидерландах. 29 июля 1809 года сорокатысячный контингент закрепился на острове Валхерен, в устье реки Шельды, затем 13 августа овладел городом Флесинге, вынудив французов отойти к Антверпену.

В Париже нарастало беспокойство. В связи с болезнью Крете, Фуше, временно исполнявший обязанности министра внутренних дел, взялся за мобилизацию национальной гвардии северных департаментов, поручив оборону Антверпена недавно впавшему в немилость Бернадотту. В Париже была вновь создана национальная гвардия. На побережье Прованса, где ожидалось появление английского флота, все было приведено в боевую готовность. Энергичные меры Фуше, поначалу одобряемые Наполеоном, в конце концов насторожили императора, заподозрившего герцога Отрантского в политическом двурушничестве. Но самым неприятным было то, что Наполеон вдруг почувствовал себя не у дел. Спустя некоторое время слишком могущественный министр впал в немилость.

В довершение ко всему накалилась обстановка в Риме. Пий VII отказался участвовать в континентальной блокаде. На выпад Наполеона, заявившего ему: «Вы, Ваше Святейшество, — глава Рима, я же — его император», папа ответил, что духовная миссия церкви запрещает ему принимать чью-либо сторону в преходящей размолвке между ее чадами. Отсутствие Консалви, одного из немногих сторонников умеренной политики Ватикана, углубило разногласия, развязав руки непримиримому кардиналу Пакка. 21 января 1808 года Наполеону пришлось приказать генералу Мьолли оккупировать Папскую область. 16 мая 1809 года, пребывая в эйфории от победы над Веной, он принял решение об аннексии папских владений.

Арест папы 6 июля обострил конфликт Наполеона с Пием VII, возмутил общественность Италии и активизировал сопротивление в Испании. От Гентца, обличителя «рабства Германии», до Кеваллоса, разоблачающего «закулисные махинации» Байонны, от Жильрея с его карикатурами до Коцебу, создателя гротесков, — интеллектуальная элита отвернулась от Наполеона. В 1804 году Бетховен уничтожил посвящение Героической симфонии, а у Гойи родился замысел картины «Восстание 2 мая 1808 года в Мадриде». Армия по-прежнему поддерживала императора, однако европейская интеллигенция уже не видела в нем своего героя.

14 июля Итальянская армия под командованием принца Евгения и Макдональда, отбросив эрцгерцога Иоганна к реке Раб, соединилась с армией Наполеона. И вовремя.

В ночь на 5 июля, в грозу, император форсировал Дунай к югу от Энцерсдорфа. На следующий день французские войска развернулись в Мархфельде, поскольку эрцгерцог Карл с частью своих сил отошел к Ваграму.

5-го вечером Наполеон приказал Итальянской армии, усиленной саксонским корпусом, атаковать австрийцев. Однако из-за ошибки итальянцев, принявших саксонцев за неприятеля, приказ пришлось отменить.

6-го ранним утром сражение возобновилось. Эрцгерцог Карл расположил свои войска (140 тысяч человек и 400 орудий) боевым порядком в виде буквы Т, намереваясь зажать французов в тиски двумя флангами своей армии. Правый фланг, двигаясь на Асперн, должен был отрезать Наполеона от Дуная, левый — оттеснить французов к реке. Центр боевого порядка находился в селе Ваграм.

Против левого крыла австрийцев Наполеон поставил корпуса Даву и д'Удино, против правого — корпуса Бернадотта и Массена, оставив в резерве гвардию и Итальянскую армию для быстрой переброски их на наиболее уязвимые участки боя.

К 11 часам эрцгерцог Карл решил, что победа у него в кармане: правый фланг его армии оттеснил французов и подошел к Асперну, в центре саксонцы с трудом сдерживали натиск противника. Однако Наполеон бросил им в подкрепление Макдональда и Итальянскую армию после того, как развернутая Друо мощная батарея из ста орудий остановила продвижение австрийцев. Со своего фланга Даву расчленил боевой порядок неприятеля в Весьеделе, а Удино овладел Ваграмом. В результате одиннадцатичасового сражения эрцгерцог Карл, потерявший 50 тысяч человек, отошел к Моравии. Из-за недостатка кавалерии Наполеону не удалось дезорганизовать отступление австрийских войск и одержать решительную победу. Он пришел к выводу, что немецкая армия, состоявшая наполовину из иностранцев, наполовину из рекрутов, уступала Великой Армии Аустерлица и Йены. 11 июля сражение возобновилось у города Цнайма, но уже 12-го эрцгерцог попросил перемирия.

Сразу же после заключения перемирия начались переговоры между министром внешних сношений Шампаньи и Меттернихом. Они завершились в замке Шенбрунн 14 октября 1809 года. Осведомленные о разногласиях между Наполеоном и Александром, касающихся Великого герцогства Варшавского, австрийцы попытались затянуть переговоры, однако 1 сентября посол России известил их, что в настоящий момент царь не намерен порывать отношений с Францией. Желая во что бы то ни стало восстановить свой авторитет, Наполеон навязал Австрии чрезвычайно жесткие условия мира. По Венскому договору Франц I уступал Франции Каринтию, Крайну, большую часть Хорватии, в которую входили Риека, полуостров Истрия и Триест. Бавария в компенсацию за нанесенный ей войной ущерб получила Зальцбург и верховья реки Инн — Энгадин. К Великому герцогству Варшавскому была присоединена северная Галиция с Краковом и Люблином. Русский царь, несмотря на занятую им двусмысленную позицию, получил восточную Галицию с Тернополем. Австрия, которая и без того понесла тяжелые потери, должна была выплатить 75 миллионов контрибуции. Поражение Австрии не охладило национально-патриотических страстей в Германии.

За два дня до подписания Венского договора, во время военного парада в Шенбрунне, молодой саксонский студент Фридрих Штапс попытался заколоть императора кинжалом. На заданный ему Наполеоном вопрос: «Стало быть, преступление ничего не значит для вас?» — Штапс ответил: «Убить вас не преступление, а долг». Реакция императора известна нам по воспоминаниям Шампаньи: «Поднятый на него кинжал не напугал императора, но раскрыл ему глаза на настроение народов Германии, их стремление к миру и готовность пойти на любые жертвы ради его достижения».

Разрыв с Россией, казалось, окончательно назрел. Венский договор глубоко разочаровал Александра. Может быть, он рассчитывал получить в подарок Великое герцогство Варшавское? Что касается Наполеона, то, преисполненный решимости расстаться с Жозефиной (о разводе было объявлено 16 декабря 1809 года, аннулирование брака архиепископским судом состоялось 12 января 1810 года), он задумал добиться руки младшей сестры царя. Но так как Александр тянул с ответом и отказ, следовательно, был вполне вероятен, Наполеон обратил взоры к Австрии. Меттерних мгновенно осознал преимущества австрийского брака, способного окончательно развалить русско-французский союз. Несомненно, такой брак покроет позором Габсбургскую династию, но можно представить сватовство Наполеона как ультиматум победителя.

6 января 1810 года Наполеон официально попросил руки дочери Франца I Марии Луизы и на следующий же день получил согласие. Тогда же пришел отказ русского царя, который еще не догадывался, что его надули. Зато расчет Меттерниха оказался верным: русско-французский союз приказал долго жить. Мария Луиза, за которой в Вену был послан Бертье, позабывший на время о своем титуле «князя Ваграмского», прибыла в Страсбург 22 марта 1810 года. Снедаемый любопытством, Наполеон обогнал кортеж. Встреча состоялась 28 марта в Компьене. Гражданский брак был заключен в Сен-Клу 1 апреля, а церковный — на следующий день в квадратной гостиной Лувра. Наконец-то Наполеон вошел в «семью королей» и тешил себя надеждой, что принят ею.

Этот брак не вызвал негодования лишь у цареубийц, констатировавших, что благодаря своей женитьбе император стал племянником покойного короля. Нотабли в основной своей массе не одобрили брак. На Святой Елене Наполеон, «внезапно пробудившись от грез легитимности», признал, что должен был жениться на француженке, но только не на принцессе. Справедливое, однако, увы, слишком запоздалое признание.