Начало баварской кампании было с одобрением встречено общественностью, возмущенной казнью книготорговца Палма, расстрелянного в 1806 году за распространение антифранцузской брошюры «Глубоко униженная Германия». Ответственность за нарушение и без того шаткого равновесия в Европе возложили на Наполеона. «Нынешняя власть во Франции и сохранение любого из европейских престолов — абсолютно несовместимы», — писал Меттерних. Антинаполеоновская пропаганда в Австрии черпала свое вдохновение в основном из памфлетов, распространявшихся на Иберийском полуострове.

Что касается Наполеона, то он не хотел конфликта, ибо увяз в Испании, а во Франции наблюдал симптомы усталости от непрерывной череды войн. Во власти Александра было предотвратить войну с Австрией. Из Вальядолида Наполеон послал к нему адъютанта с предложением направить в Вену совместные ноты, за которыми должен был последовать разрыв дипломатических отношений, если ответ австрийского кабинета окажется неудовлетворительным. Царь не согласился, и Наполеону пришлось отказаться от этого замысла. К тому же неполная победа в Испании серьезно подорвала его престиж. Ловко инсценированное сближение вчерашних врагов — Талейрана и Фуше — произвело впечатление разорвавшейся бомбы: нотабли насторожились. Словом, очередной военный конфликт разразился при неблагоприятных обстоятельствах. На востоке Наполеону противостояли вооруженная Австрия и запуганная Германия; на западе — восставшая Испания, оккупированная англичанами Португалия и предавший его Париж; со времени битвы при Маренго на его долю не выпадало более трудной миссии.

8 февраля 1809 года партия войны одержала в Вене верх, убедив Франца I в том, что из-за финансового кризиса необходимо незамедлительно воспользоваться субсидиями, обещанными Англией, если Австрия начнет кампанию. Первоначальный план предусматривал превентивное наступление на Рейне, которое вовлекло бы в конфликт Пруссию и спровоцировало общенациональную войну против французских оккупантов. Однако в последний момент эрцгерцог Карл решил предпринять наступление на Баварию в надежде поднять ее население против Франции. Эрцгерцог Иоганн готовился к вторжению на Апеннинский полуостров, а эрцгерцог Фердинанд — к оккупации Варшавы. 10 апреля 1810 года войска эрцгерцога Карла вторглись во владения Макса Йозефа Баварского. Составленное Шлегелем воззвание эрцгерцога «К немецкой нации» гласило: «Мы боремся за возвращение Германии ее независимости и национального достоинства». Наполеона, казалось, удивило вступление в войну Австрии, так как он ждал этого не раньше конца апреля. Вот почему австрийцы опередили немецкую армию, находившуюся под командованием французского императора (Великая Армия сражалась в Испании).

«Никогда прежде Наполеон не оказывался в более дурацком положении», — писал в своих мемуарах Савари. Однако, обратившись к генералам с призывом «Инициатива и стремительность», он смог довольно быстро выправить положение. Стодвадцатишеститысячная армия эрцгерцога Карла, форсировав реку Инн, смела баварцев, однако ее дальнейшее продвижение было приостановлено дождями и трудностями со снабжением. Утром 17 апреля Наполеон прибыл в Донауверт. В результате пятидневных боев с 19 по 23 апреля в сражениях под Танном, Абенсбергом, Ландсхутом, Экмюлем и Регенсбургом, в котором Наполеон был легко ранен в ногу, эрцгерцог Карл отступил. «Солдаты, вы оправдали мои ожидания, — заявил Наполеон в воззвании 24 апреля. — Не пройдет и месяца, как мы будем в Вене». Планы эрцгерцога Карла провалились, поскольку баварцы повели себя не так, как он ожидал. Монжла — министр Макса Йозефа — писал своему государю: «Граф Штадион получил возможность осознать совершенную им чудовищную ошибку, когда согласился на изменение плана кампании. В Северной Германии он встретил бы множество сторонников, тогда как в Баварии не нашел ни одного. Вместо того чтобы начать со слабейшего звена Конфедерации, он ударил по сильнейшему». Разбитый под Экмюлем, эрцгерцог Карл бежал через Репенсбург на левый берег Дуная. Теснимый на флангах богемскими и тирольскими войсками австрийцев, Наполеон спустился вниз по реке куда медленнее, чем в 1805 году. Кампания продолжилась в окрестностях Вены, куда Наполеон вновь ветрил 13 мая. Оказанный ему холодный прием разительно отличался от смешанного с симпатией любопытства, проявленного венцами в 1805 году. Занявшие высоты австрийцы разбомбили мост через Дунай. Император принял решение форсировать реку ниже Вены, воспользовавшись для переправы островом Лобау. 17–24 мая он соорудил из плавучих средств понтонный мост, а в ночь на 21-е корпуса Массена и Ланна заняли Асперн и Эсслинг. На следующий день французы были атакованы превосходящими силами эрцгерцога Карла и в результате разрыва моста, соединявшего остров Лобау с берегом, оказались отрезанными от основных сил. После завершения восстановительных работ, продолжавшихся всю ночь и утро 22-го, возобновилось наступление на Ваграм. Тем временем понтонный мост снесло течением. Израсходовав боеприпасы, Ланн вынужден был отойти к Эсслингу, где получил смертельное ранение. Починив мост, Массена под покровом ночи смог отвести оставшиеся части на остров Лобау.

Поражение в Эсслинге, раздутое австрийской пропагандой, потрясло Европу. «Альгемайне цайтунг» сообщила о взятии в плен двадцати пяти генералов и гибели императора. Неожиданным было и решительнее сопротивление австрийских войск, непохожих на те, с которыми Наполеон имел дело в 1805 году. Воля к победе, которой так недоставало «искушенным наемникам» Аустерлица, ныне воодушевляла солдат Австрийской империи. Наполеон впервые столкнулся с немецким патриотизмом.

Пока Наполеон возводил на острове Лобау фортификационные сооружения, намереваясь пробыть там около месяца в ожидании подкрепления из Италии, над Империей нависли тучи.

По Германии, в ответ на донесшийся из Австрии призыв, прокатилась волна мятежей. Самым значительным из них стал Тирольский, вспыхнувший в бывшем австрийском владении, переданном Наполеоном Баварии. Там в апреле хозяин постоялого двора Андреас Гофер призвал обывателей к борьбе «за Бога, Императора и Отечество». Как и в Испании, в этой гористой и отсталой, глубоко религиозной стране, нетерпимой ко всему чужеземному, сложились благоприятные условия для ведения партизанской войны. Тирольское восстание было подавлено лишь в январе 1810 года, Андреас Гофер казнен. В апреле 1809 года в Вестфалии лейтенант Катт попытался захватить Магдебург. Майор Шилль вышел из Берлина во главе своего полка в тщетном стремлении оккупировать королевство. Он отступил в мае к Штральзунду, где и нашел свою смерть. Полковник Дюрнберг при сходных обстоятельствах был также разгромлен Касселем.

В Саксонии сын герцога Брауншвейгского повторил со своими гусарами из легиона смерти безрассудный рейд Шилля на Вестфалию. В его воззвании к немцам говорилось: «Бейте в набат, братья мои! Пусть эта весть о пожаре зажжет в ваших сердцах чистое пламя любви к Родине; пусть она станет для ваших угнетателей залогом неминуемой гибели». Его черный легион безнаказанно прошел через Дрезден, Лейпциг, Брауншвейг, Ганновер и Бремен.

Все эти акты неповиновения являлись слагаемыми единого, давно вынашиваемого плана, проваленного нетерпеливыми заговорщиками. Они выявили недовольство немцев, до поры до времени покорно сносящих наполеоновское владычество. От Тироля до Балтии заявила о себе новая сила, глашатаем которой стал Фихте, произнесший в Берлинской академии с 13 декабря по 20 марта 1808 года четырнадцать речей, обращенных к немецкому народу.

В Испании, где Наполеон держал отборные войска, авторитет Жозефа безнадежно подрывали маршалы, совершавшие ошибку за ошибкой. Под руководством таких энергичных и безжалостных военачальников, как братья Мина и Эмпесинадо, разгоралось пламя партизанской войны. В начале 1809 года Сульт начал успешное наступление на Португалию, однако, захватив в марте Порто, ограничился проведением незначительных операций. Скрывалось ли за этой непонятной пассивностью желание Сульта провозгласить себя королем Португалии под именем Николая I, как утверждали неохотно служивший под его началом маршал Ней, а также генерал Тьебо, чьи мемуары в целом весьма неодобрительно освещают деятельность крупных военачальников того времени? Разумеется, все это были клеветнические слухи, однако соперничество, сталкивавшее друг с другом наполеоновских маршалов, позволило англичанам высадить в апреле 1809 года крупный десант под командованием Уэлсли. Благодаря тактике будущего герцога Веллингтона, приказавшего солдатам вести прицельный огонь, используя для прикрытия рельеф местности, передвигавшиеся на виду у неприятеля французские войска несли тяжелые потери. 12 мая англичане отбили Порто, вынудив Сульта эвакуировать Галисию.