Своим необычным названием «Немая» картина, вероятно, обязана тому, что её героиня, словно набрав в рот воды, не желает делиться своими невесёлыми мыслями с окружающими. Среди множества рисунков Рафаэля выделяется один, на полях которого написан сонет, появившийся, как и портрет, во время пребывания в родном городе зимой 1507 года. Судя по настрою и выраженному в нём желанию автора оставить в тайне свои симпатии, можно предположить, что стихотворение связано каким-то образом с героиней портрета «Немая» и хранимой ею тайной, но это всего лишь догадка. Рафаэль решил доверить свои чувства листку бумаги:

Имеется вариант последней строки сонета:

Какова бы ни была подоплёка создания картины «Немая», Рафаэль внёс ею весомый вклад в традицию итальянского портрета, получившего блестящее развитие в XV веке в работах Пизанелло, Антонелло да Мессина, Гирландайо, Леонардо да Винчи и Боттичелли. В них проявился взятый этими великими мастерами на вооружение известный принцип Платона показывать totus homo— человека во всей его сущностной полноте. В ту пору один только Микеланджело отрицательно относился к портретному жанру, считая его глупостью и проявлением чрезмерного тщеславия, хотя, оставил в рисунке превосходный портрет своей подруги поэтессы Виттории Колонна, к которой питал платонические чувства, а самого себя изобразил лишь однажды на фреске «Страшный суд» в виде содранного с кожей лица-маски в руках святого Варфоломея, в котором узнаваемы черты скандально известного литератора Аретино, оклеветавшего мастера.

Так кто же изображён на картине и что за тайна сокрыта в ней? То, что на портрете вдова, не вызывает сомнения, судя по одеянию героини. Когда Рафаэль приехал под Рождество из Флоренции и приступил к написанию портрета, во дворце проживали три вдовы. Одна из них узнаваема по портрету Емилии Пио (Балтимора, Музей изящных искусств), написанному молодым художником сразу после появления портретов супружеской пары правителей Урбино. Стало быть, речь может идти лишь о вдовых Джованне Фельтрия и её дочери Марии Варано, которой в ту пору было двадцать шесть лет. Глядя на картину, можно предположить, что её героиня дала обет молчания и хранит тайну какой-то тёмной истории, на разглашение которой наложено табу.

Во время позирования случилось непредвиденное. Мария вдруг побледнела, и её начало тошнить. Рафаэль поспешил подать ей стакан воды. Когда позывы тошноты прекратились и восстановилось ровное дыхание, Мария вытерла платком рот и с мольбой в голосе попросила:

— Умоляю вас, ничего не говорите матери, чтобы напрасно её не беспокоить.

То, что не заметила «префектесса»-мать, не ускользнуло от внимательного глаза художника, работавшего над портретом. Ему нетрудно было догадаться, что Мария Варано была в тщательно скрываемом ею интересном положении. При внимательном рассмотрении картины можно заметить, как несколькими легкими мазками художник слегка выделил выпуклость живота молодой женщины, хотя вряд ли на ранней стадии беременности он заметен, чего Рафаэль, решивший запечатлеть свою догадку, мог о таких тонкостях и не знать.

Завершив работу над портретом, он не стал задерживаться в Урбино из-за гнетущей обстановки во дворце и ждать возвращения друга Кастильоне из Болоньи. Портрет оставил в дар Марии Варано. Её мать в это время была в Риме, где улаживала при дворе кое-какие дела. Он уехал во Флоренцию выполнять новые заказы знати.

Раскрыть тайну картины «Немая» помогли некоторые подробности о трагическом событии, имевшем место в Урбино в начале ноября 1507 года, до появления там Рафаэля. Они стали известны из дневника венецианца Марино Санудо и короткого письма Кастильоне матери. Как сообщает историк Санудо, у которого были всюду информаторы, в Урбино произошло следующее. Пока участники мартовских бдений вели беседы о благородстве чувств и чистоте платонической любви, во дворце назревали события, которые должны были привести к трагической развязке. Однажды юнец Франческо Мария перехватил записку сестры Марии к Джован Андреа Браво, любимцу хворого дяди. Она свидетельствовала о близости между сестрой и безродным пажом. Открытие потрясло брата, и им овладела жажда мести. Его особенно возмутило, что наглец назначал сестре свидание подальше от глаз придворных — в замке Сассокорваро, подаренном ему благодетелем герцогом.

Неожиданно подвернулся счастливый случай расквитаться с любовником сестры в поединке на турнире, на который съехалось немало гостей. Однако как ни старался одержимый жаждой мести Франческо Мария нанести смертельный удар Браво и защитить честь семьи, тому удалось удержаться в седле и ловко увёртываться от ударов вошедшего в раж противника. Выступивший арбитром турнира герцог Гвидобальдо никому из участников поединка победу не присудил. Джованна Фельтрия увидела в том пристрастность судейства и открыто высказала брату несогласие с таким решением. Её поддержали и другие дамы, наблюдавшие за поединком. А герцогиня Елизавета не мудрствуя лукаво заявила:

— Меня изрядно позабавил этот, как его там… Джован Андреа, напоминавший трусливого зайца, скачущего по стерне и стремящегося замести следы.

Будучи не посвящённой в семейную тайну, Джованна Фельтрия своими резкими высказываниями об исходе поединка сама подвигла самолюбивого и мстительного сына на решительный шаг, и тот дождался своего часа. Как-то после дружеского ужина он предложил ничего не подозревавшему Джован Андреа пройти в зал, где новый учитель фехтования обещал показать несколько интересных приёмов. Едва они туда вошли, как трое дюжих слуг набросились на парня и заломили ему руки за спину. Вынув из ножен шпагу, Франческо Мария крикнул опешившему Джован Андреа:

— Получай, несчастный, плату за предательство!

Тот принял всё за шутку и даже не пытался вырваться из рук слуг. Франческо Мария хладнокровно заколол улыбающегося безоружного противника. Приказав своим подручным отыскать и убить слугу, помогавшего любовникам обмениваться записками, убийца покинул дворец и скрылся.

Почувствовав неладное, Джованна Фельтрия с дочерью устремилась к фехтовальному залу, но стоявший перед дверью слуга заявил, что туда не велено никого пускать.

— Да как ты смеешь мне перечить! — гневно воскликнула Джованна Фельтрия.

Мать и дочь вошли в зал и увидели на полу в луже крови заколотого Джован Андреа. Оставив рыдающую дочь во дворце, мать несмотря на позднее время помчалась под проливным дождём на поиски сына. Она знала, где он мог укрыться, и не ошиблась. Франческо Мария решил отсидеться в родительском дворце в Сенигаллии.

— Ничего не говорите мне, мама! — сказал он, увидев её на пороге. — Но я уверен, что покойный отец оправдал бы мой поступок. Нельзя давать волю наглым смердам.

Страшная весть вскоре расползлась по дворцу и болью отозвалась в сердце герцога Гвидобальдо, который никак не мог поверить в жестокость любимого племянника. Как ни старалась местная власть скрыть содеянное, об убийстве стало известно при папском дворе. Узнав об этом злодеянии, рассвирепевший папа Юлий лишил своего племянника Франческо Мария делла Ровере титула префекта Рима, доставшегося ему по наследству от отца. Для выяснения дел он направил в Урбино в качестве доверенного лица Джулиано Медичи, которому пребывание во дворце настолько пришлось по вкусу, что он провёл там целых шесть лет, в память о чём помещение, которое он занимал, с той поры носит название «апартаменты Великолепного» в честь его славного отца.