Пока Рафаэль работал над росписями, политическая обстановка обострилась. При содействии французов свергнутые Бентиволья вновь оказались в Болонье. Папа надеялся заручиться поддержкой Мантуи и Феррары. Но прибывший в Рим на переговоры вместе с племянником Федерико Гонзага взбалмошный феррарский герцог Альфонсо д’Эсте, зять покойного папы Борджиа, поссорился с Юлием и отказался платить ежегодную подать и поставлять соль из своих солёных озер в Комаккьо и квасцы, что могло подорвать монополию Ватикана на эти товары и поставить в трудное положение кожевенные заводы и прядильно-ткацкие мануфактуры, обеспечивающие немалые поступления в казну. Разгневанный папа взял в заложники двенадцатилетнего племянника Федерико, чтобы заставить Мантую и Феррару подчиниться диктату и порвать все связи с Францией. Оказавшись, таким образом, в Риме, юный Федерико, как покажут дальнейшие события, не очень опечалился разлукой с отчим домом.

После суровой зимы римляне радовались весеннему солнцу, и традиционный карнавал удался на славу, когда от площади Кампо де Фьори до строящегося собора Святого Петра при огромном стечении народа проходили гонки быков, ослов и берберских рысаков. В тех же гонках вынуждены были участвовать евреи из местного гетто, погоняемые как скот надсмотрщиками с хлыстами. Считалось, что тем самым бедолаги с пейсами и кипами на голове, облаченные в длиннополые чёрные сюртуки, платили ежегодную дань христианству за свои былые прегрешения. Этот позорный обычай, против которого выступали многие гуманисты и здравомыслящие люди, был заведён пресловутым Цезарем Борджиа и, как ни странно, поддержан его отцом-марраном, о чьём истинном происхождении сыну, появившемуся на свет в Риме, возможно, ничего не было известно.

В дни карнавала в Риме объявились молодожёны из Урбино, Франческо Мария делла Ровере с юной Элеонорой Гонзага. С ними прибыл и друг Кастильоне, который в письме матери подробно описал празднества, продолжавшиеся до апреля. Рафаэлю пришлось оставить все дела ради приёмов, банкетов и спектаклей. Он видел, что папа окончательно простил своего племянника и оказывал особое внимание его очаровательной супруге, подарив ей роскошное ожерелье, усыпанное алмазами. Рафаэль помнил её девочкой, когда она ему позировала в Мантуе, но теперь её было не узнать. Ему так и не удалось повстречать «префектессу» Джованну Фельтрия, которая избегала официальных приёмов из-за натянутых отношений с Юлием II и его двором. Поговаривали, что она была тяжело больна. Разговоры эти вскоре подтвердились: Джованна Фельтрия скончалась.

Справедливости ради следует признать, что зритель, оказывающийся в Станце делла Сеньятура, менее всего интересуется идеологической подоплёкой «Диспута» и скорее обратит внимание на противоположную стену с фреской «Афинская школа», которая поражает богатством колорита и полна движения запечатлённых на ней персонажей. Если в «Диспуте» монументальная торжественность и покой, то здесь шумная разноголосица, напоминающая расшалившихся школяров на переменке.

В отличие от «Диспута» фреска «Афинская школа» — это подлинный триумф философии, где свободно сосуществуют самые различные точки зрения и философские школы. Есть предположение, что прежде чем приступить к написанию фрески, Рафаэль поинтересовался мнением Ариосто, которого лично не знал, но высоко ценил как поэта, чтобы выяснить, кого из мыслителей следует отобразить. Ещё будучи во Флоренции, он немало был наслышан о Платоновской академии и запомнил девиз одного из её учредителей Лоренцо Великолепного: Absque Platonica disciplina nec bonum civem nec christianae doctrinae peritum facile quenquam futurum— «Без изучения философии Платона не станешь ни хорошим гражданином, ни просвещённым христианином».

Над огромной фреской на своде люнета с аллегорической фигурой Философии помещены слова из «Топики» Цицерона: causarum cognitio— «познание причин». Согласно Теологии, истина не просто познаётся, а нисходит свыше, как утверждает один из героев фрески, подняв руку к небу.

Рафаэль как-то услышал от друзей-эрудитов, что философ Пьетро Помпонацци, ревностный приверженец аристотелизма, недавно на лекции в Болонском университете высказал мысль, вызвавшую возмущение местного епископата. Обращаясь к студентам, профессор заявил: «В философии всякому, кто стремится к постижению истины, подобает быть еретиком». Позднее его труд De immortalitate animaeбыл осуждён Церковью и сожжён на площади Святого Петра. Но крамольное заявление философа поразило Рафаэля смелостью и стало для него ключевым при написании «Афинской школы».

Не исключено, что призыв к «ереси» был услышан тогда августинским монахом Мартином Лютером, ровесником Рафаэля, объявившимся в 1510 году в Риме, куда он пришёл из Германии пешком, как и положено правоверному паломнику. На первых порах Лютер пользовался полным доверием предводителя августинского ордена Эджидио да Витербо, пока не порвал отношения со своим наставником и не предал его.

Духом свободы взглядов пронизана огромная фреска «Афинская школа». Вероятно, приставленные советники подпали под обаяние личности Рафаэля и предоставили ему полную самостоятельность при трактовании философской темы, поражённые его мастерством живописца. Кроме того, последний визит Юлия II в Станцу делла Сеньятура окончательно их убедил, что папа более чем удовлетворён ходом работ и полностью доверял художнику.

Всё пространство фрески композиционно ограничено передним планом со ступенями и широкой площадкой перед античным капищем, но вопреки названию не в афинском, а в древнеримском стиле. Величаво вздымающиеся друг над другом мощные арки создают ощущение движения. Но в отличие от предыдущей фрески они, наоборот, нарастают из глубины к зрителю. Не это ли имел в виду философ и богослов П. А. Флоренский, говоря об «обратной перспективе» в русской иконографии?

Величественная архитектура, изображённая на фреске, воспроизводит интерьер строящегося собора Святого Петра по проекту Браманте. Мощные пилоны и распахнутые над ними кессонированные своды, парусные системы — всё отмечено характерными чертами архитектуры Высокого Возрождения с её монументальностью, строгостью, лаконизмом форм и знанием Античности, которую Рафаэль педантично изучал. В боковых нишах установлены статуи Аполлона с лирой и Минервы с изображением горгоны Медузы на щите. Вся верхняя площадка над лестницей занята беседующими или что-то доказывающими друг другу учёными всех возрастов.

В центре из последней арки на фоне неба с грядой облаков, гонимых ветром в сторону зрителя, появляются два признанных столпа философии — Платон и Аристотель, которые продолжают начатый между собой разговор. Но ведут они себя по-разному: первый обратил перст вверх к Создателю всего сущего, а второй, не соглашаясь с ним, жестом указывает на прародительницу Землю; один бос — другой обут. Таким образом, всей картине задан тон этими признанными властителями дум, отстаивающими различные точки зрения. Приветствуемые учениками, оба направляются к ступеням лестницы, чтобы приступить к дискуссии, а к ней готовы и стар и млад, в том числе и вовлекаемые в неё стоящие перед фреской зрители, пытающиеся поближе разглядеть и узнать великих мыслителей Античности.

Рафаэль блестяще справляется с задачей распределения более пятидесяти персонажей на фреске, где каждый наделён своей неповторимой индивидуальностью. В «Диспуте» задача была менее сложной, поскольку её основные герои спокойно восседают друг за другом, расположившись по дуге в горней и частично в земной части пространства. А здесь всё в движении, и учёные мужи составляют отдельные разрозненные группы, занятые обсуждением самых различных идей и философских воззрений, что придаёт полифонию звучанию фрески. Такое впечатление, что голоса спорящих учёных отдаются эхом не только под сводами античного храма на фреске, но и под сводами самой Станцы делла Сеньятура.

Между двумя этими произведениями существует ещё одно существенное различие. Композиция, ритм, общая тональность, сами персонажи «Диспута» — всё напоминает традиционную живопись Кватроченто, когда в руке художника чувствуется некоторая робость; она ещё не ведает всей меры своего права на дерзания и слишком зависит от поставленной задачи вписать фигуры в огромное полукружие архитектурного обрамления, хотя, как можно почувствовать по композиции нижней земной половины фрески, выраженные на ней настроения уже несут отпечаток нового времени и его реалий, когда христианская теология успела уже проникнуться идеями гуманизма.