Назначение на пост главного архитектора собора Святого Петра Рафаэль воспринял с радостью, сознавая, что иного решения и быть не могло из-за критического возраста фра Джокондо, который более чем кто-либо достоин этой должности. Но и он не был обойдён папской милостью, получив официально должность magister operis, то есть руководитель работ. Ответственность была велика, но разве не об этом думал Рафаэль в своих дерзновенных мечтаниях стать первым в Риме?

Само это назначение явилось для многих подлинной сенсацией, вызвав недоумение. Но только не для Агостино Киджи, для которого Рафаэль успел реконструировать подаренную покойным папой Юлием часовню в церкви Санта-Мария дель Пополо и спроектировать так называемую «Конюшню» для ста лошадей при дворце Фарнезина, где стойла закрывались раздвижными декоративными панелями, и продолговатое помещение превращалось в залитый светом, льющимся из плафона, зал, где хозяин дома, любивший поражать своих гостей сюрпризами, закатывал балы и банкеты. По завершении застолья панели легко раздвигались, собираясь в гармошку, и перед сотрапезниками возникали лошадиные морды у кормушек, вызывая поначалу замешательство, а затем бурный восторг. Чудачества банкира не переставали удивлять римлян.

К тому времени команда тридцатилетнего художника пополнилась новыми помощниками, а Джулио Романо, Франческо Пенни, Перин дель Вага и Джованни да Удине стали настоящими мастерами. К ним добавились Раффаэллино дель Колле и Полидоро да Караваджо. Такое обилие учеников и подмастерьев мог себе позволить только Рафаэль, занимавший привилегированное положение при дворе. Наиболее подготовленные помощники были подключены к новой работе с чертежами, а некоторых подмастерьев он отрядил на юг Италии и в Грецию для зарисовок с натуры отдельных памятников античной архитектуры.

В римской художественной среде было много разговоров о новом назначении Рафаэля. Но удивляясь такому резкому взлёту, многие не учитывали того, что за четыре года юный урбинец прошёл великую школу во Флоренции, внимательно изучая творения основоположников архитектуры Раннего Возрождения Брунеллески, Альберти и Гиберти. Под влиянием искусства Леонардо и Микеланджело молодой художник от станковой живописи стал переходить к живописи монументальной, всё ближе соприкасаясь с архитектурой и расширяя своё понимание искусства. Стоит также иметь в виду, что на должность главного архитектора собора Святого Петра его рекомендовал великий Браманте.

Когда в новом качестве Рафаэль появился на стройке, первый, кого там встретил, был приставленный ему в помощь Антонио Сангалло-младший, его ровесник. Вынув из папки чертежи, он принялся горячо доказывать, что прежний проект никуда не годится и должен быть решительным образом отвергнут как ущербный. Рафаэль никак не ожидал столь резкого начала разговора, хотя сознавал, что разработанный Браманте проект собора в форме греческого креста с абсолютной симметрией по двум осям нуждается в дальнейшей доработке, но вовсе не должен быть перечёркнут как таковой.

— Коллега, — спокойно сказал он, выслушав Сангалло, — прежде чем отвергать, представьте ваши соображения, и тогда станет ясно, кто прав.

Отношения с Сангалло не сложились с первых дней, поскольку тот так и не смог предложить ничего дельного, кроме огульной критики. Проект Браманте был глубоко продуманным до мелочей и целостным, передающим идею движения, и его переделка представлялась Рафаэлю чрезвычайно сложной. Он понимал, что необходимо придать собору, как того требовала традиция, более привычную для богослужения базиликовую форму латинского креста за счёт присоединения к основному ядру удлинённой трёхнефной западной входной части, ограниченной прямоугольными очертаниями. Такой, более спокойный облик соответствовал натуре самого Рафаэля. Он набросал рисунок фасада собора, каким тот ему виделся.

Несмотря на открытое противодействие со стороны самонадеянного флорентийца, Рафаэлю удалось в течение четырёх лет укрепить основание. Он сдерживал пыл помощника и терпел его на стройке, поскольку самому приходилось заниматься множеством других неотложных дел и проектов. Фактически его участие в возведении собора Святого Петра ограничилось только проектированием, которое он успел завершить, а четыре мощные опоры для купола, возведённые Браманте, так и остались возвышаться над стройкой. После смерти Рафаэля все его начинания были сведены на нет Сангалло, и в течение четверти века стройка была в руках флорентийцев — непримиримых противников Браманте и Рафаэля, и по сути дела мало что было сделано путного. Когда проект достался другому сопернику-флорентийцу — Микеланджело, тот, надо отдать ему должное, после внимательного изучения и вопреки питаемой неприязни к Браманте вернулся к его идее, более соответствовавшей своей порывистой натуре, не терпевшей плавных спокойных линий. Позднее в письме флорентийскому скульптору Амманати он признал: «…должно согласиться, что Браманте понимал архитектуру не хуже кого бы то ни было из мастеров, живших от времён древности до наших дней».

Тем временем события приняли неожиданный оборот. В начале 1515 года умер Людовик XII и власть наследовал не отказавшийся от притязаний на итальянские земли Франциск I, который первым делом принялся укреплять позиции в Милане и Ломбардии. Медлительный Лев X, которого покойный Юлий в шутку называл «Его преосвященская Осторожность», на сей раз стал действовать решительно, заботясь прежде всего об усилении своего семейного клана. Так, кардинал Джулио Медичи, внебрачный сын дяди Джулиано, брата Лоренцо Великолепного, убитого во время заговора Пацци, намечался им на пост короля Неаполя, где испанский правитель не пользовался поддержкой. Больной чахоткой родной брат Джулиано заменил герцога Франческо Мария делла Ровере на посту главнокомандующего папским войском, а племянник Лоренцино, сын утонувшего старшего брата Пьеро Медичи, должен был стать новым владельцем Урбинского герцогства. Когда-то кардинал Джованни Медичи выгородил убийцу кардинала Алидози, добившись его оправдания, но теперь, став папой, он мог с полным правом припомнить ему былое и лишить его владений, вернув их под юрисдикцию Ватикана.

Между Римом и Парижем начались переговоры. Обе стороны были заинтересованы в налаживании добрососедских отношений, поскольку военные расходы опустошали казну. К тому же и новый французский король и новый папа слыли ценителями искусства. Была достигнута договорённость о встрече в верхах на нейтральной территории во вновь обретшей независимость Болонье. В предварительных переговорах приняли участие кардинал Биббьена и граф Кастильоне. Когда через них стало известно, что король Франции изъявил желание получить в дар скульптурную группу Лаокоон, Лев X не мог удержаться от смеха, подхваченного придворными:

— Губа не дура — ишь чего захотел!

Но желание короля, ценителя прекрасного, необходимо было удовлетворить во имя укрепления добрых отношений между двумя правителями. В ходе обсуждения деликатного вопроса, к которому был привлечён и Рафаэль, было решено отправить в Париж гипсовый слепок, объяснив, что хрупкая скульптура при перевозке может развалиться на части. Решено было взамен неё отправить точную гипсовую копию с приданием ей вида и прочности подлинного мрамора. Технология такого гипса была разработана в мастерской Рафаэля и держалась в строгом секрете. Считается, что её изобретателем был Джованни да Удине, любивший повозиться с разными смесями для грунтовки и декоративного стукко. Вскоре началась работа по изготовлению копии Лаокоона, к которой была привлечена мастерская Рафаэля.

Тем временем возведение собора Святого Петра осложнялось — не только противодействием Сангалло любому предложению по укреплению свай фундамента, забитых при Браманте, но и частой нехваткой средств для оплаты рабочих, так как Лев X несколько урезал ассигнования в преддверии намечаемых военных действий против урбинского герцога, отказавшегося прибыть в Рим для улаживания спорных вопросов. Франческо Мария делла Ровере ослушался приказа, чувствуя, что дело может обернуться для него заточением в подземный каземат замка Святого Ангела, где он однажды уже побывал. Вместо себя он уговорил отправиться в Рим на переговоры сводную мать герцогиню Елизавету Гонзага. Она была трижды принята Львом X, но её миссия оказалась безуспешной, несмотря на напоминание папе о заботе и внимании, которыми был окружён гостивший в Урбино его брат Джулиано Медичи, скончавшийся от чахотки. Герцогиня напомнила также папе, что перед смертью его брат просил оставить в покое славное герцогство. Но Лев X был неумолим, памятуя о неблаговидной роли бывшего хозяина Урбино и деда нынешнего правителя в организации заговора Пацци. Ему не терпелось передать бразды правления герцогством племяннику Лоренцо Медичи.