2. На фоне относительной стабильности состава фауны от нижних слоев к верхним бросается в глаза резкое уменьшение количества летучих мышей  Chiropteraна уровне слоя 21. Выше 19 слоя количество остатков летучих мышей сокращается приблизительно в десять раз и на таком уровне сохраняется до кровли плейстоценовых отложений и в голоцене.

3. Остальная часть фауны дает ясную картину единого сообщества, структура которого, однако, постепенно менялась во времени. Причем, состав этого сообщества разительно отличался от современного, что свидетельствует об ином облике ландшафтов, окружавших Денисову пещеру в плейстоцене. Ведущую группу мелких млекопитающих на протяжение всего палеолитического этапа составляли полевки  Microtinae(рис. 2). Наибольшую численность имели азиатские горные полевки рода Alicola,среди последних доминировала плоскочерепная полевка  Alicola strelzovi— обитатель сухих каменистых склонов. Количественное соотношение этой полевки по сравнению с другими видами достаточно стабильно и варьирует по горизонтам от 10 до 20 %, несколько увеличиваясь к 11-9 слоям до 29 %. Содоминантами в составе фауны являлись узкочерепная полевка Stenocranius gregalisи рыжие полевки Clethrionomys.В целом численность узкочерепной полевки несколько выше численности рыжей полевки. По-разному выглядит тенденция их динамики во времени. Численность узкочерепной полевки снизу вверх постепенно нарастает, а рыжей полевки — снижается.

В отложениях Денисовой пещеры присутствуют степные пеструшки рода Lagurus.Их остатки впервые появляются на уровне 10 слоя 22. Однако до слоя 21 обилие пеструшек не превышает 1 % от общего количества остатков. Начиная со слоя 20, их численность постепенно нарастает, давая максимум в слое 9, превышающий 11 %. По своей морфологии ископаемые пеструшки из плейстоценовых отложений пещеры близки современной Lagurus lagurus.

Численность других мелких млекопитающих значительно ниже. Среди них: полевка-экономка, представители рода землероек-бурозубок, суслики, даурский хомячок и эверсманнов хомяк, слепушонка, сурок, бурундук, летяга. Другая группа мелких млекопитающих, остатки которой постоянно встречаются в отложениях Денисовой пещеры — зайцеобразные. Среди них ведущее место занимает пищуха (род Ochotona).Имеющийся материал лишь в некоторых случаях позволяет диагностировать виды. Отмечено присутствие двух групп: мелкой степной пищухи Ochotona pusillaPallas и более крупной Ochotona alpinaPallas. Остатки зайцев встречаются регулярно. Их относительное обилие колеблется в пределах 0,15-3%.

Помимо мелких млекопитающих заметную роль в формировании состава тафоценоза палеолитических слоев Денисовой пещеры играют остатки птиц рыб, отчасти лягушек и мелких рептилий. Остатки лягушек и рептилий встречаются в небольшом количестве и очень спорадично по отдельным горизонтам (рис. 2).

Общий объем определенных костных остатков в коллекции 1995 г. — 27584 экземпляра В среднем каждый слой охарактеризован достаточно большим числом остатков. Наименьшее их количество, 51 экз., приходится на слой 14.3, наибольшее, 2108 экз., - на горизонт 5 слоя 22. Общий список таксонов, установленных для плейстоценовой толщи названных выше квадратов Денисовой пещеры, достигает 50 названий (рис. 3). Из них — 43 составляют мелкие млекопитающие. Анализ количественного распределения костных остатков по горизонтам и частота встречаемости различных таксонов в материалах 1995 г. позволяют сделать следующие выводы.

1. Видовой состав мелких позвоночных на изученной площади, как и по другим квадратам, мало изменяется от слоя к слою, т. е. он мало менялся во времени. Это подтверждает сделанный ранее вывод о единстве палеогеографического этапа, в течение которого формировалась плейстоценовая толща Денисовой пещеры.

2. Единственная группа позвоночных, обилие остатков которой резко меняется на границе слоев 22 и 21 — это летучие мыши.

3. Остальные виды мелких позвоночных не претерпевали резких колебаний численности на протяжении накопления всей толщи.

4. В целом ископаемая фауна Денисовой пещеры принципиально отличается от современной, что особенно ярко видно при сравнении палеонтологических данных и материалов изучения современной фауны бассейна Ануя на прилежащей к пещере территории. Плейстоценовая фауна Денисовой пещеры отражает значительно более разнообразные биотопические условия и большую пестроту ландшафтов по сравнению с современностью. Причем это разнообразие было обусловлено большим участием в сообществах степных и высокогорных элементов.

При общей однородности сообществ позвоночных плейстоценовых отложений удается подметить определенную динамику количественного соотношения отдельных таксонов.

Chiroptera, летучие мыши, как указано выше, — единственный компонент тафоценоза, который резко меняет свою численность. В слое 22 их относительное обилие колеблется от 14,5 % в горизонте 3 до 63,8 % в горизонте 13. К слою 21 обилие летучих мышей снижается до 9,9 %. Далее вверх по разрезу оно варьирует в интервале 3–6,6 % до слоя 17, а затем снижается еще более, опускаясь в верхних слоях до уровня менее 3 %. Это подтверждает отмеченную ранее закономерность и придает ей большую достоверность. В целом, состав ископаемой фауны летучих мышей близок современному. Большинство установленных видов в настоящее время обитают в лесной зоне умеренных широт. Лишь остроухая ночница (Myotisalf . blythi)заселяет не только гумидные, но и аридные ландшафты от Средиземноморья Южного Казахстана [Млекопитающие… 1999]. Примечательно, что именно этот вид приурочен к верхней части плейстоценовый толщи Денисовой пещеры. Вероятные причины зафиксированных достаточно существенных изменений количественного соотношения остатков этой группы в плейстоценовых отложениях пещеры обсуждаются ниже.

Азиатские горные полевки Alticolasp. являются одной из самых массовых групп мелких млекопитающих плейстоценовых отложений Денисовой пещеры. В среднем их обилие составляет 10–15 % от общего количества мелких позвоночных, а в слоях 11.1 и 14.2 оно превышает 20 %. Характер динамики численности полевок рода  Alticolaпо сборам 1995 и по сборам 1994 гг. схож. Однако точного совпадения всех пиков и пеисимумов не наблюдается. Азиатские горные полевки представлены в ископаемой фауне двумя видами:  Alticola strelzoviKastschenko и Alticola macrotisRadde. В современной фауне бассейна Ануя, как показывают приведенные выше материалы, присутствует только первый из названных видов: плоскочерепная полевка.

Рыжие или лесные полевки Clethrionomyssp. составляют важнейший компонент тафоценозов Денисовой пещеры. Их остатки присутствуют, практически, по всей изученной толще. Однако относительное обилие рыжих полевок колеблется от 2–3 % до 11 %. Если учесть приведенные выше результаты анализа погадок, то следует предполагать, что роль этих полевок в сообществах долины Ануя в плейстоцене должна была бать значительно выше. В ископаемом состоянии, в противоположность современности, рыжие полевки представлены двумя видами: Clethrionomys rutilusPallas и Clethrionomys rufocanusSundevall.

Степная пеструшка Lagurussp. - один из важных компонентов изученного тафоценоза. Этот вид встречается, практически, на всех уровнях плейстоценовой толщи. Однако заметную роль пеструшки играют начиная с 21 слоя. Со слоя 20 и выше их обилие колеблется от 3 % до 5 %, в слое 9.2 оно возрастает до 8,7 %, а в слое 9.1 — до 17,9 %. Такая же тенденция проявляется в динамике численности и по сборам 1994 г.

Узкочерепная полевка Stenocranius gregalis— один из массовых видов плейстоценовых отложений Денисовой пещеры. В среднем обилие ее остатков колеблется в интервале 7-10 %, однако в слоях 13.1 и 13.4 превышает 14 %, а в слое 12.3 — 15 %. Относительное обилие узкочерепной полевки возрастает по разрезу снизу вверх до уровня слоев 12.3 и 12.2, а затем постепенно начинает снижаться. Подобная тенденция выражена и в сборах 1994 г., хотя полного совпадения отдельных пиков по материалам разных квадратов не наблюдается.