Животное население крупных млекопитающих представлено здесь только домашним скотом — овцами и лошадьми, а также преимущественно молочными породами коров. Склоны гор, занятые разнотравьем, эксплуатируются как пастбища, а в пологой их части — как сенокосные угодья. Умеренная эксплуатация угодий обеспечивает сохранение пастбищ, растительный покров которых мало отличается от естественных лугов. По-видимому, общий облик современной биоты открытых склонов можно считать близким к раннеголоценовому, когда основное население крупных млекопитающих составляли: лошадь Equus caballus,марал Cervus elaphus moral, первобытный зубр Bison priscus,и мелкие полорогие Ovis & Capra.
Наиболее своеобразно состояние таежного комплекса животных в бассейне Ануя. В Солонешенском районе Алтайского края РФ, на территории которого находится Денисова пещера, и в соседнем Усть-Канском районе Республики Алтай, как и по всему Северо-Западному и Центральному Алтаю, одна из ведущих отраслей сельского хозяйства — пантовое мараловодство. Сотни квадратных километров таежных склонов изъяты из обычного землепользования и находятся в ведении мараловодческих хозяйств. На этих площадях поддерживается очень строгий режим охраны животных. И хотя эти территории находятся формально в хозяйственном обороте, фактически их растительность и животное население очень близко естественным природным комплексам таежной зоны Горного Алтая. Преобладает здесь, как и на протяжении всего позднего плейстоцена и голоцена, марал Cervus elaphus maral. В настоящее время это — самый крупный и самый массовый вид травоядных алтайской тайги от долины Чарыша на западе до Абакана на востоке. Второй обычный вид бассейна Ануя — косуля Capreolus pygaigus. Он отмечен нами на склонах в лиственнично-березовых лесах у Денисовой пещеры и по долине р. Шинок, в подобных биотопах у Каминной пещеры и в лиственничных лесах по долине р. Тюмечин. Эго характерный элемент таежной зоны Горного Алтая. Третий представитель травоядных — кабарга Moschus moschiferus. Места ее обитания приурочены к выходам горных пород к скалам и каменным навесам. Из диких полорогих в современной фауне Ануя встречается лишь сибирский козел Capra sibirica. Правда в районе Денисовой пещеры и по р. Каракол он достаточно редок. Места обитания этого вида — выходы горных пород на открытых остепненных склонах, подвершинные части хребтов.
Из крупных хищников самым обычным в бассейне Ануя является волк Canis lupus.Типичный представитель таежной фауны Горного Алтая медведь Ursus arctosв бассейне Ануя достаточно редок. На территории менее освоенной в хозяйственном отношении, например, в районе Телецкого озера, этот вид в настоящее время очень обычен. Повсеместно на облесенной территории обитает барсук Meles meles.Из мелких куньих самыми обычными являются соболь Martes (Martes) zibelinaL и куница Martes (Martes) martesL. В поймах рек и на каменных россыпях живут горностай Mustela ermineaL. и ласка Mustela nivalisL. Ocтепненные участки террас с поселениями сусликов занимает хорь Mustela (Putorius) eversmanniLessoa Обычным является колонок Mustela( Kolonocus) sibiricusPallas, который был пойман нами в подземном ходе цокора.
Проведенные исследования современной фауны позволили получить картину приуроченности населения мелких млекопитающих бассейна Ануя к различным типам растительных ассоциаций. В районе работ выделяются несколько типов ассоциаций: пойменно-луговые, лугово-степные, лиственнично-березовые леса, березово-сосновые леса, кедровые леса, мохово-кустарничковые субальпийские, горно-степные петрофильные, нивальные осоково-злаковые. Их территориальное распределение связано с абсолютной высотой над уровнем моря, с положением в рельефе, склоновой экспозицией, почвенным покровом и другими факторами. Каждое из перечисленных растительных сообществ обладает некоторой внутренней структурой и единством. Кроме того, каждое из них отличается только для него характерным населением мелких млекопитающих. Выделены следующие индикаторные типы населения мелких млекопитающих:
1) сообщество полевки экономки — красной (рыжей) полевки для пойменнолуговых биотопов;
2) сообщество полевой мыши — обыкновенной полевки для лугово-степных биотопов;
3) сообщество темной полевки — красной полевки для лиственничноберезовых лесов;
4) сообщество лесной мыши — красной полевки для березово-сосновых лесов;
5) сообщество красной полевки для кедровых лесов;
6) сообщество узкочерепной полевки — красной для мохово-кустарничковых субальпийских ассоциаций;
7) сообщество скальной плоскочерепной полевки для петрофитных горностепных биотопов;
8) сообщество узкочерепной полевки для осоково-злаковых растительных ассоциаций высокогорий.
Названные сообщества отличают определенный состав и численное соотношение видов мелких млекопитающих.
Наиболее многочисленной группой в современной фауне региона являются красные (или рыжие) полевки рода Clethrionomys.Так, в окрестностях Денисовой пещеры и на прилежащих территориях бассейна Ануя доминируют рыжая (красная сибирская) полевка С. rutilusPallas. Они преобладают абсолютно, составляя 39 % пойманных зверьков, и относительно, образуя основную часть населения мелких млекопитающих в большинстве биотопов. На влажных склонах, поросших лесом, и в кедрачах эта полевка составляет до 80 % в отловах. Но даже на сухих склонах, лишенных леса, в приречных биотопах и на лугах относительное количество рыжих полевок достигает 20–30 %.
Второй по численности группой являются серые полевки рода Microtus,которые, правда, приурочены к биотопам низких и равнинных форм рельефа. Самой распространенной здесь является обыкновенная полевка Microtus arvalisPallas, численность которой достигает 18,5 %. В пойме обитает полевка-экономка Microtus oeconomusPallas, обнаруживая лишь около 4 % в учетах.
На сухих склонах, поросших акацией и спиреей обычны мыши Apodemus uralensisPallas и азиатская лесная мышь Apodemus peninsulaeThomas, составляющие здесь до 30–40 % населения мелких млекопитающих. В нижней части склонов с хорошо развитым почвенным покровом регулярно встречается азиатский крот Asioscalops altaicaNikolsky.
Остальные виды мелких млекопитающих представляют в отловах менее 3 %, что однако не отражает их реальной значимости в сообществах. Так бурундук Eutamias sibiricusLaxmann очень обычен на всех высотах от поймы Ануя до подвершинных хребтов. В долине Ануя и Каракола, на пологих склонах с разреженным травостоем обитает длиннохвостый суслик Spermophilus undulatusPallas. Периодически на участках злакового разнотравья встречается даурский хомячок Cricetulus barabensisPallas. В биотопах с густым разнотравьем, преимущественно в пойме и на пологих склонах, отмечены два вида мышовок.: лесная Sicista betulinaPallas и алтайская Sicista napaeaHollister. На высоких террасах и пологих склонах, вплоть до лугов под вершинами хребтов, очень обычен алтайский цокор Myospalax myospalaxLaxmann.
Пищуха отсутствует непосредственно в долине Ануя. Однако небольшая колония Ochotona alpina alpinaPallas отмечена по левому борту Ануйского каньона под вершиной г. Каракол. Заяц-беляк Lepus timidusL. обычен на этой территории.
Изучение современной фауны летучих мышей бассейна Ануя было начато в 2001 году. В долине р. Ануй, по долинам Каракола и ручья Пещерского, у пещеры Каминная и пещеры Музейная В. В. Росиной были отловлены следующие виды:
бурый ушан Plecotus auritus Linnaeus,
ночница Брандта Myotis brandti Eversmann,
прудовая ночница Myotis dasycneme Boie(),
водяная ночница Myotis daubentoni Kuhl(),
двуцветный кожан Vespertilio murinus LinnaeusQ,
северный кожанок Eptesicus nilssoniKeyserling, Blasius (),
сибирский трубконос Murina leucogaster Milne-Edwards().
