Вскоре после гибели Вильядиего и его людей разгневанный Франсиско Писарро повел кавалерийский отряд из 70 человек из Куско на поиски мятежного императора. При всем том, что войска Писарро прочесали всю прилегающую местность, им не удалось отыскать неуловимого Манко в этих диких местах с сильно пересеченной поверхностью. На самом деле шпионы Манко предупредили индейского императора о появлении кавалерийского отряда; так что он благоразумно решил пересечь реку Апуримак и отойти в Антисуйю, сохранив свои силы для последующего сражения. Расстроенный Писарро был вынужден вернуться в Куско, где продиктовал письмо королю Карлу.
«Куско, 27 февраля, 1539 г.
Ваше Императорское Величество!
…После того как я совершил переход по Инкской дороге, до меня дошли письма из этого города о том, что Манко Инка переместился на расстояние в 25 лье и предпринял разграбление ряда городов, он направил гонцов во все уголки той области с призывами подниматься на восстание… Мы отрядили людей с миссией наказать его… [но], поскольку он располагает докладывающими ему обо всем шпионами… он избегает открытых мест и прячется в лесах. Когда наступит лето, у него не будет возможности противостоять мне… Я заполучу его живым или мертвым».
Манко Инка между тем уже направил дополнительные послания своим последователям на юге Перу, в частности своему верховному жрецу Вильяку Уму, скрывавшемуся в труднодоступных горах в области Кунтисуйю, к юго-западу от Куско. Получив приказ Манко, Вильяк Уму со своими последователями немедленно начал предпринимать атаки против испанцев в своей области и побуждать местных туземцев к поднятию мятежа. Еще дальше к югу, на возвышенности, примыкающей с западной стороны к озеру Титикака, послания Манко возымели такой же эффект на местные племена Лупака, которые решили поднять восстание. За относительно короткий период времени пространство, протянувшееся более чем на 1000 миль, от Кахамарки на севере до берегов озера Титикака на юге, вновь оказалось охвачено туземным восстанием. Напуганные испанские торговцы и энкомендеро были вынуждены перемещаться по магистральным инкским дорогам в сопровождении вооруженного конвоя.
Когда испанцы осознали тяжесть сложившейся ситуации, они немедленно пустили в ход карательные акции против повстанческого движения, готовые до конца отстаивать свои привилегированные позиции на вершине сформированной социальной пирамиды Перу. Эрнан и Гонсало Писарро немедленно выступили из Куско во главе большого кавалерийского отряда, направившись в область обитания мятежного племени Лупака. Переправившись на плотах вместе с лошадьми через озеро Титикака, испанцы наголову разгромили туземцев, взяли в плен и затем убили вождя племени Лупака, а его деревню сожгли дотла.
Испанцы также двинулись в северном направлении — Гонсало Писарро возглавил кавалерийский отряд из 70 человек, направившийся в сторону Кольяо. В результате яростного сражения против союза племен консора, покона и чича испанский кавалерийский отряд вновь вышел победителем, убив тысячи индейцев. Неожиданным успехом этой кампании явилась сдача инкского генерала Тисо, самого блестящего полководца в войсках Манко.
Для того чтобы подавить очаг восстания в Кунтисуйю, лежащей к юго-западу от Куско, Франсиско Писарро направил еще один испанский отряд, дополнительно укомплектованный туземными союзниками. Целью этой экспедиции было выявить местонахождение и уничтожить Вильяка Уму и его армию. Несмотря на то что этой кампании суждено было продлиться восемь долгих месяцев и у нее были свои взлеты и падения, в конечном итоге испанцам удалось вынудить Вильяка Уму сдаться.
Хотя подчиненный Манко генерал Илла Тупак продолжал контролировать большую область на севере вблизи Хаухи, и его сил сражаться хватило бы еще на долгий период, испанцы не замедлили направить на север мощную волну террора, посылая один за другим карательные отряды в мятежные провинции. Например, в плодородной долине, примыкающей к Кордильере-Бланкае, в ущелье Уайласе, примерно в 400 милях к северо-западу от Куско, местные туземцы убили двух энкомендеро. Городской совет Лимы направил кавалерийский отряд под командованием капитана Франсиско де Чавеса, чтобы потребовать возмещения. Чавес со своим отрядом провел в этом районе три месяца, совершая рейды на туземные деревни, кроша на куски их жителей и предавая огню их дома и поля.
Проводящие свои карательные рейды испанцы не делали различий между мужчинами, женщинами и детьми. «Война была настолько жестокой, что, опасаясь, что все они будут убиты, индейцы запросили мира», — писал Сьеса де Леон. Но прежде чем объявить свою карательную кампанию завершенной, Чавес — классический эстремадурец из родного города Писарро, Трухильо, — убил более 600 младенцев в возрасте до трех лет.
В южном направлении, в области Уануко, индейцы также ответили на призывы Манко, убив несколько испанцев. Вскоре и в этот регион был отряжен кавалерийский отряд. По ходу дела испанцам довелось войти в один инкский город, Тарму, отстоявший на расстоянии 100 миль к югу от места их назначения: это был мирный город, не поднимавший восстания. Тем не менее испанцы провели там семь месяцев, «поедая местную кукурузу и овец [лам и альпак], отбирая у местных жителей все их золото и серебро, забирая их жен… многих индейцев заковывая в цепи и превращая их в рабов, и… крайне жестоко обращаясь с ними и выведывая пытками [у индейских вождей) [местонахождение] их золота и серебра». Конечно, разграничения между такими понятиями, как «завоевание», «умиротворение», «оккупация», «требование возмещения» и «совершение набегов», истончились настолько, что стали почти неразличимы; все эти лозунги дня приводили местных жителей в трепет.
В апреле 1539 г., по ходу того как карательная кампания на севере продолжалась, руководители испанцев, Франсиско, Эрнан и Гонсало Писарро, собрались в Куско, чтобы обсудить свои планы дальнейших действий в плане завоевания Перу. Ввиду осложнений, вызванных казнью Альмагро, Франсиско полагал, что для Эрнана лучше всего будет вернуться в Испанию и попытаться восстановить свою репутацию. Франсиско исходил из того, что к этому времени у Эрнана накопилось уже слишком много врагов и кто-нибудь из них обязательно шепнет нужное слово королю, в результате чего тот начнет действовать против Эрнана и против всей семьи Писарро. Если же Эрнан возьмет с собой только что составленную хронику событий, живописующую его героические деяния во время индейской осады, и плюс к этому новую партию золота для Карла, то, по мнению Франсиско, у его брата будут веские аргументы для короля.
Гонсало же, которому к этому времени исполнилось двадцать семь лет, считал этот план негодной идеей. По его мнению, для Эрнана лучше всего было бы оставаться в Перу — с оружием наготове. В Испании он оказался бы во власти своих врагов, и никто из его семьи не смог бы помочь ему там. Эрнан на это «сердито ответил, что Гонсало еще мальчик и не знает короля». В любом случае Эрнан уже принял решение: он вернется в Испанию и встретится там с королем. После того как вопрос касательно казни Альмагро будет улажен, Эрнан попросит у короля о дополнительных милостях.
В день отбытия Эрнана Франсиско Гонсало и еще небольшая группа конкистадоров проехали вместе с ним небольшое расстояние за пределы города и потом спешились, чтобы попрощаться. Эрнан обнял обоих своих братьев, после чего высказал Франсиско свои мысли о потенциальной опасности сторонников Альмагро: они участвовали в чилийском походе, а затем сражались против Писарро, в результате чего лишились всего. Педро Писарро писал:
«Эрнан Писарро, покидая своего брата-маркиза, сказал ему: „[Ты знаешь], что я уезжаю в Испанию и что, кроме Бога, мы все зависим только от тебя. Я говорю это, поскольку участники чилийского похода ведут себя очень непочтительно. Если бы я оставался здесь, бояться было бы нечего (и он говорил правду, поскольку они очень боялись его). Сдружитесь с ними, давайте немного еды тем, кто выкажет такое желание, [но] не позволяйте [даже] небольшому количеству тех, кто не выражает никаких желаний, собираться вместе на расстоянии менее чем 50 лье от того места, где вы находитесь, поскольку в противном случае… они обязательно убьют вас“… Эрнан Писарро произнес эти слова громко, и мы все слышали их, и, обняв маркиза, он отправился в путь».
