Убежденный в плодотворности карательных мер, Сталин считал аресты и наказания командиров «лучшим способом оздоровления фронта». 16 августа 1941 г . он подписал приказ Ставки № 270, в котором безосновательно обвинил ряд офицеров и генералов в измене и пригрозил, что за отступление без приказа командиров следует расстреливать, а их близких родственников — судить. Всего с июля 1941 г . по март 1942 г . было расстреляно 30 генералов: 1 генерал армии, 2 генерал-полковника, 12 генерал-лейтенантов, 15 генерал-майоров. Все они впоследствии были реабилитированы.

Подозрительность вождя в отношении собственного народа выразилась в изъятии у всех граждан радиоприемников, в установлении жесткой цензуры почтовой корреспонденции и введении уголовной ответственности за распространение слухов. Не исключая возможности народных выступлений против установленного режима, Сталин возлагал на истребительные батальоны Москвы борьбу с возможными контрреволюционными выступлениями. Крайним проявлением этой тенденции явилась депортация целых народов: немцев Поволжья в 1941 г ., калмыков, чеченцев, карачаевцев и многих других в 1943 и 1944 гг.

6 сентября 1941 г . нарком внутренних дел доложил Сталину, что содержащиеся в Орловской тюрьме 170 опасных преступников якобы ведут пораженческую агитацию и готовят побег для продолжения подрывной работы. Среди заключенных были известные революционеры X. Раковский и М. Спиридонова. В тот же день ГКО постановил применить расстрел ко всем 170 заключенным, а военная коллегия Верховного суда СССР оформила приговор, который 11 сентября был приведен в исполнение.

В середине ноября в очередном докладе НКВД сообщалось, что в местах заключения содержится 10 640 человек, приговоренных к высшей мере наказания и ожидающих утверждения приговора высшими судебными инстанциями. Берия просил разрешения расстрелять их немедленно в нарушение существовавшего законодательства. 17 ноября разрешение было дано.

Кроме того, Особому совещанию НКВД СССР предоставлялось правовыносить соответствующие меры наказания вплоть до расстрела по делам, предусмотренным статьями 58 и 59 Уголовного кодекса РСФСР. Решение Особого совещания считалось окончательным. Так Берия получил неограниченную возможность внесудебной расправы. В одном из сообщений он докладывал, что Особое совещание за 8 дней работы осудило к различным мерам наказания 4905 человек. Естественно, что при такой «ударной работе» ни о каком судебном разбирательстве и установлении вины каждого не могло быть и речи. Всего Особым совещанием в 1941 г . было вынесено 26 534 приговора, в 1942 г . — 77 548, в 1943 г . — 25 134, в 1944г.— 10511 ив 1945 г . — 25 581.

Человек, попавший в застенки по политическим мотивам, как правило, был обречен. Но бывали и немногие счастливые исключения. Обычно это распространялось на специалистов в различных областях деятельности, в которых очень нуждались наука, военная промышленность и вооруженные силы. Так, после многочисленных пыток и собственного признания в «заговорщической деятельности» внезапно по указанию вождя был освобожден Герой Советского Союза генерал армии К.А. Мерецков. Остальные «генерал-заговорщики», среди которых было 8 Героев Советского Союза, в том числе один дважды, были расстреляны, многие даже без суда.

Прекрасно понимая, что никакого заговора не было, Сталин велел освободить тех людей, в которых нуждался, а прочих оставил на растерзание палачам. Острая нехватка опытных руководителей промышленности заставила вспомнить о томящихся на Лубянке специалистах Наркомата вооружения СССР во главе с наркомом Б.Л. Ванниковым.

Находясь в одиночной камере в ожидании смертного приговора, Ванников подготовил докладную записку о развитии производства оружия в условиях войны. Прямо из камеры он был доставлен к Сталину, который высоко оценил проделанную работу: «Вы во многом были правы. Мы ошиблись... А подлецы вас оклеветали...» Тогда же были амнистированы несколько руководящих работников военной промышленности и ряд крупных конструкторов в оборонной технике, в их числе выдающиеся ученые А.Н. Туполев и С.П. Королев. Ванников вскоре возглавил Наркомат боеприпасов СССР. За заслуги в укреплении оборонной мощи страны его удостоили звания генерал-полковника инженерно-технической службы и трижды Героя Социалистического Труда.

Под натиском превосходящих сил противника Красная Армия была вынуждена отступать. Противник оккупировал огромную территорию, где до войны проживало 40% населения СССР (32% рабочих и служащих), производилось 33% валовой продукции всей промышленности страны, выращивалось 38% зерна, 60% поголовья свиней и 38% крупного рогатого скота.

В результате потери большого количества производственных мощностей, планируемых для перевода на выпуск военно-промышленной продукции, не пришлось вводить в действие разработанные до войны планы всеобщей мобилизации промышленности; нарушились связи кооперировавшихся для производства военно-промышленной продукции предприятий, а накопленные ими мобилизационные запасы сырья, материалов и т.п. пришлось либо бросить, либо перебазировать. Из-за всеобщей неразберихи и чрезвычайной напряженности транспортных потоков осложнилась эвакуация стратегически важных промышленных предприятий в глубь страны. Вывозили все, что можно вывезти, без определенного плана и графика, а то, что вывезти не могли, уничтожали.

Для руководства эвакуацией из западных областей СССР населения, оборудования предприятий, учреждений, военных грузов и иных ценностей 24 июня 1941 г . был создан Совет по эвакуации. На железных дорогах сложилась критическая ситуация: на восток шли эшелоны с людьми, промышленным оборудованием и материальными ценностями, а в противоположном направлении двигались воинские эшелоны. Перевозки проходили под бомбежкой авиации противника. Разрушения станций и железнодорожных путей приводили к срыву графика движения. Войска, боевая техника и грузы прибывали на фронт с опозданием.

16 июля Совет по эвакуации был переформирован: председателем его был назначен Н.М. Шверник, его первыми заместителями — А.Н. Косыгин и М.Г. Первухин, членами — А.И. Микоян, Л.М. Каганович, М.З. Сабуров и B.C. Абакумов. Совет по эвакуации определял места, куда должны были перевозиться предприятия, брал на учет производственные, административные, складские, учебные и другие здания, пригодные для размещения эвакуированных предприятий, давал задания НКПС о выделении необходимого числа вагонов.

В первую очередь требовалось перебазировать в Поволжье, на Урал, в Западную Сибирь и Среднюю Азию предприятия оборонного комплекса, большая часть которых до войны размещалась в европейской части СССР. Вместе с оборудованием заводов эвакуировалась часть рабочих, чтобы на новом месте начать монтаж оборудования и в максимально короткие сроки возобновить выпуск продукции. В течение второй половины 1941 г . удалось эвакуировать из угрожаемых районов только по железной дороге оборудование 2593 промышленных предприятий, в том числе 1523 крупных. Кроме того, было вывезено около 2,4 млн. голов крупного рогатого скота, 5,1 млн. овец и коз, 200 тыс. свиней, 800 тыс. лошадей.

Конец 1941 г . ознаменовался резким спадом военного производства. Если в августе было выпущено 5 млн. артиллерийских снарядов, то в ноябре — лишь 3,2 млн., боевых самолетов — соответственно 2046 и 448. В сентябре промышленность произвела 22 100 автоматов и 317 700 винтовок и карабинов, а в ноябре — только 3345 автоматов и 221 200 винтовок и карабинов.

С июня по декабрь 1941 г . Красная Армия потеряла 20,5 тыс. танков, а получила за это время только 5,6 тыс.; потери боевых самолетов за тот же период составили 17,9 тыс., а пополнение — 9,9 тыс. По артиллерии и стрелковому оружию картина была примерно та же. Танков, самолетов и другой боевой техники катастрофически не хватало и Сталин лично распределял их по фронтам, в то же время грозя руководителям предприятий наказанием за срыв производственной программы.