В московском и ленинградском ополчениях командирами частей и подразделений назначали, как правило, кадровых военных, которых было немало в этих гарнизонах, а в Поволжье, на Урале и в Сибири источником командно-политических кадров являлись партийно-советский актив и комсостав запаса, еще не призванный в армию. Довольно остро стоял вопрос об оснащении ополченцев оружием и военным снаряжением, запасы которого со складов НКО направлялись в первую очередь в воинские части, уходившие на фронт.
Снабжение ополченцев производилось за счет предельной мобилизации местных ресурсов. Использовались оружие и имущество добровольных оборонных организаций, военных кабинетов школ и вузов. Все, что можно, изготовлялось на местных предприятиях. Ополчение прифронтовых городов почти без подготовки было вынуждено вступить в бой, понеся при этом серьезные потери. Ополченцы в первых же сражениях проявили мужество, стойкость и самоотверженность, но очень часто им не хватало оружия, а также военных навыков. Дивизии народного ополчения внесли свой вклад в будущую победу, многие из них были переформированы и стали регулярными частями Красной Армии, прошли славный боевой путь от стен Москвы до Германии.
Ополчение тыловых городов ждала другая участь. Рабочие и служащие Поволжья, Урала, Сибири, записавшись в ополчение, продолжали трудиться на предприятиях, а в свободное от работы время проходили военную подготовку. Поэтому когда пришла их очередь идти в армию, они уже владели основами военного дела. Всего по стране насчитывалось более миллиона ополченцев. Много добровольцев вступило в ополчение на Дону, Кубани, в Поволжье, Сибири, в Воронежской, Горьковской, Ивановской, Кировской, Рязанской, Смоленской, Тульской и Ярославской областях, а также в других регионах СССР.
Существовал еще один вид добровольческих народных формирований — истребительные батальоны, в которые вступило 328 тыс. человек. Штатные подразделения НКВД не могли взять под охрану все важнейшие народнохозяйственные объекты: заводы, фабрики, железные дороги, мосты, электростанции, линии связи и здания госучреждений. Действенную помощь в этом деле оказали сформированные из добровольцев истребительные батальоны.
Летом 1941 г ., несмотря на героическое сопротивление регулярных частей Красной Армии и народного ополчения немецкие войска продолжали движение на восток. Однако противник в полной мере ощутил разницу между войной против Польши, Франции и других европейских стран и начавшейся Великой Отечественной войной советского народа. Сражения на земле СССР совсем не походили на легкую прогулку по территории Европы. Здесь пришлось воевать по всем правилам военного искусства. Начальник Генштаба сухопутных войск Германии Ф. Гальдер признал: «В Польше и на Западе мы могли позволять себе отдельные вольности и отступления от основных принципов, что теперь уже недопустимо».
В донесениях с фронтов отмечалось, что русские всюду сражаются до последнего человека. Хотя Красная Армия терпела поражения, но она наносила врагу ощутимый урон. За первые 18 дней войны немцы потеряли убитыми, ранеными и пропавшими без вести около 100 тыс. человек. Потери в танках к 10 июля составили около 40% от первоначального количества. В воздушных боях и на земле враг потерял около тысячи самолетов. Все это несколько ослабило силу дальнейших ударов и снизило темп продвижения армии вермахта.
В сложной обстановке первых недель войны высшим командованием РККА было допущено немало ошибок и просчетов, обусловленных недостаточной квалификацией и отсутствием боевого опыта, что стало поводом для новых репрессий.
После кровавых чисток конца 30-х гг., унесших жизни многих военачальников, наступило некоторое затишье и появилась надежда, что охота на «врагов народа» больше не повторится. Однако созданный в предшествующий период огромный аппарат не мог долго находиться в бездействии, он должен был постоянно демонстрировать Сталину свою полезность и необходимость.
За многие годы в НКВД скопился компрометирующий материал практически на всех высокопоставленных военных. В июле 1941 г . ведомство Берии доложило вождю об очередном «заговоре военных», участниками которого оказались 4 бывших заместителя наркома обороны (А.Д. Локтионов, К.А. Мерецков. И.И. Проскуров и П.В. Рычагов), нарком вооружения СССР Б.Л. Ванников, начальник штаба ВВС П.С. Володин, начальник
ПВО Г.М. Штерн, помощник начальника Генштаба Я.В. Смушкевич и еще 8 генералов и ряд руководителей оборонной промышленности.
Неудачное начало войны дало повод для новой волны арестов. За 18 дней противник продвинулся на восток на 450—600 км, захватил большую территорию, на которой располагалось 200 складов с горючим, продовольствием, боеприпасами и другим имуществом. 28 советских дивизий были полностью разгромлены, а еще 72 дивизии потеряли свыше половины своего состава. Потери оружия и боевой техники были очень велики: 6 тыс. танков, 9,5 тыс. орудий, около 12 тыс. минометов, не менее 3,5 тыс. самолетов.
Большая часть потерь приходилась на Западный фронт, именно здесь немцы наносили главный удар. Как уже говорилось выше, именно это направление советский Генштаб считал наиболее опасным и предлагал стянуть сюда основные силы. Но Сталин приказал сосредоточить большую часть войск на юго-западном направлении (на Украине). Когда его прогнозы не сбылись, Главковерх нашел «козлов отпущения». Он санкционировал арест и предание суду командующего, начальника штаба, начальника артиллерии и начальника связи Западного фронта, а также командующего 4-й армией «за позорящую звание командира трусость, бездействие власти, отсутствие распорядительности, развал управления войсками, сдачу оружия противнику без боя и самовольное оставление позиций».
Приказав прочесть это постановление во всех ротах, батареях, эскадронах и авиаэскадрильях, Председатель ГКО хотел убедить всех военнослужащих, что именно эти генералы виноваты в трагических событиях начала войны, одновременно он предупреждал, что будет и впредь «железной рукой пресекать всякое проявление трусости и неорганизованности в рядах Красной Армии».
Подозрительность и недоверие к командным кадрам проявились в том, что 16 июля 1941 г . был восстановлен институт военных комиссаров, как это было в период самых массовых чисток в армии (1937—1940). Теперь вновь во всех частях, соединениях, штабах, учреждениях Красной Армии, а через несколько дней и на кораблях ВМФ устанавливались должности военных комиссаров, на которых возлагалась обязанность строго контролировать проведение в жизнь приказов высшего командования, своевременно сигнализировать вышестоящим о недостойных командирах и политработниках, руководить политорганами и парторганизациями войсковых частей. Без подписи комиссара ни один приказ не имел законной силы. Это подрывало единоначалие в армии и возрождало губительное для военного организма двоевластие. Комиссар являлся не только «представителем партии и правительства», не только политическим воспитателем красноармейцев, но и представителем карательных органов в армии. Подобное положение сохранялось в течение 15 месяцев и было отменено в октябре 1942 г ., когда по настоянию военачальников в РККА и РККФ военных комиссаров после присвоения им обычных воинских званий перевели на должности войсковых и военно-морских командиров.
20 июля 1941 г . в целях координации деятельности всех карательных органов происходит объединение народных комиссариатов внутренних дел и госбезопасности в единый НКВД СССР. Если учесть, что за три дня до этого и военная контрразведка (особые отделы) вошла в состав этого Наркомата, то отныне все карательные ведомства оказались под контролем наркома Берии. Эта мощная структура, состоявшая из десятков отделов, управлений, ведавшая политической и научно-технической разведкой, контрразведкой, тюрьмами, колониями, лагерями, строительством и эксплуатацией крупных народнохозяйственных объектов, просуществовала до весны 1943 г ., когда разведка и контрразведка были выделены в самостоятельный Наркомат госбезопасности СССР (нарком В.Н. Меркулов), а особые отделы возвращены в состав НКО и преобразованы в Главное управление контрразведки (СМЕРШ) во главе с B.C. Абакумовым.
