Поскольку одни и те же лица являлись одновременно членами Политбюро, ГКО, СНК и Ставки, то, когда они собирались вместе, трудно было провести грань между этими органами. Маршал Жуков вспоминал, что не всегда можно было определить, на заседание какого органа он прибыл. При возникновении какой-либо проблемы Сталин говорил: «Маленков с Вознесенским, рассмотрите вместе с Жуковым то, что он просит, через два часа доложите». По словам Жукова, не всегда было ясно, в каком качестве выступали эти люди, какой высший орган они представляли в данный момент. В зависимости от характера обсуждаемого вопроса Сталин давал указание оформить решение как директиву Ставки или постановление ЦК, СНК или ГКО.

Усилившаяся в годы войны централизация управления, концентрация всех властных функций в руках узкого круга лиц несли в себе как положительные, так и отрицательные моменты. С одной стороны, повышалась оперативность принятия решений, не было необходимости в многочисленных согласованиях, что очень важно в военной обстановке. Но с другой стороны, гигантская бесконтрольная власть таила в себе потенциальную опасность произвола, беззакония, что, к сожалению, имело место, кроме того, члены правящей верхушки, обремененные многочисленными должностями, были просто не в состоянии постоянно контролировать выполнение сотен принятых ими решений. Нередко приходилось корректировать поспешно принятые, несогласованные между собой постановления, а то и вовсе отменять их. Генерал армии А.В. Хрулев, знавший Сталина больше тридцати лет, вспоминал: «Для многих из ближайшего окружения Сталина самым важным было не возражать ему, на лету подхватывать его указания и мгновенно исполнять их. Некоторые думают, что Сталин никогда ничего не забывал и, упаси Бог, было не выполнить его указание. На самом деле это далеко не так. Ежедневно решая сотни больших и малых дел, Сталин давал подчас самые противоречивые указания, взаимно исключавшие друг друга. Поскольку обычно никаких стенограмм и протоколов при этом не велось, то некоторые его распоряжения оставались невыполненными. Конечно те, кто в силу различных причин рисковал идти на это, всегда имели наготове лазейку, чтобы свалить вину на другого...»

Разумеется, восемь членов ГКО не могли лично справиться с гигантским объемом работы. У каждого из них были официальные помощники и заместители, отвечавшие за определенные участки работы. По мере необходимости при ГКО создавались различные временные советы и комиссии. 14 февраля 1942 г . при ГКО был образован Транспортный комитет (ТК), в обязанности которого входили планирование и регулирование перевозок на железнодорожном, морском и речном транспорте, координация работы всех видов транспорта и выработка мероприятий по улучшению их материальной базы. ТК был наделен обширными правами, его решения подлежали неуклонному исполнению. Членами ТК являлись наркомы путей сообщения, морского и речного флота и представители НКО. Главой ТК был Сталин, а его заместителем — член Политбюро А.А. Андреев.

8 декабря 1942 г . создается Оперативное бюро (ОБ) ГКО (Молотов, Берия, Маленков и Микоян) для контроля и наблюдения за работой всех наркоматов оборонного комплекса и тяжелой промышленности, выработки и внесения на рассмотрение председателем ГКО проектов решений по отдельным вопросам развития промышленности и транспорта. ОБ составляло квартальные и месячные планы производства важнейших отраслей народного хозяйства и снабжения металлом, углем, нефтепродуктами и электроэнергией. 11 мая 1944 г . ОБ было утверждено в новом составе: Берия (председатель), Маленков, Микоян, Вознесенский и Ворошилов. При этом ТК упразднялся, а его функции передавались Оперативному бюро.

Не создавая собственного разветвленного аппарата на местах, ГКО руководил страной через существовавшие аппараты ЦК партии, Совнаркома СССР, а также через местные партийные и советские органы. В наиболее важных отраслях народного хозяйства действовал институт уполномоченных ГКО, обладавших неограниченными правами и отвечавших за выполнение заданий Комитета. Местные партийные, советские, хозяйственные и иные организации оказывали всяческое содействие уполномоченным в реализации их функций. Подводя итоги, можно констатировать, что создание в первые дни Великой Отечественной войны Государственного Комитета Обороны не было заранее запланировано, а было вызвано чрезвычайными обстоятельствами.

Члены ГКО ранее входили в узкий состав Политбюро ЦК ВКП(б) — неуставной орган, решавший все важнейшие вопросы государственной жизни. Образование ГКО не расширило права этих лиц, а лишь придало им легитимность. Полномочия нового чрезвычайного органа были безграничны. За 50 месяцев своего существования ГКО принял 9971 постановление, из которых примерно две трети касались проблем военной экономикии организации военного производства. Кроме того, Комитет реорганизовывал вооруженные силы, создавал различные органы управления, осуществлял кадровые перестановки, в некоторых случаях подменял собой правоохранительные органы, давая им прямые указания о вынесении приговоров без судебного разбирательства, о департации целых народов и т.п.

После окончания второй мировой войны Государственный Комитет Обороны был упразднен, а его функции переданы органам государственной власти.

Выше уже говорилось о секретной директиве СНК СССР и ЦК ВКП(б), направленной партийным и советским организациям прифронтовых областей 29 июня 1941 г . Основное содержание данного документа было изложено в выступлении Сталина по радио 3 июля. Это было первое выступление главы правительства за 12 дней войны. Необычной была сама форма обращения: «Товарищи! Граждане! Братья и сестры! Бойцы нашей армии и флота! К вам обращаюсь я, друзья мои».

Советские люди никогда не слышали таких слов из уст «гениального вождя мирового пролетариата». В течение предшествующих дней войны официальная пропаганда стремилась приукрасить положение дел. Сейчас впервые была сказана правда о масштабах постигшего страну несчастья, о том, что враг продолжает захватывать огромные территории, а Красная Армия не может его остановить. Председатель ГКО призвал весь народ сплотиться перед лицом смертельной опасности и мобилизовать все силы на разгром врага. Сражаться до последней капли крови. При вынужденном отходе вывозить на восток оборудование заводов и фабрик, все ценное имущество, горючее, запасы продовольствия. Не оставлять врагу ни килограмма хлеба, ни литра бензина. Все, что невозможно вывезти, приказывалось уничтожить. Создавать на оккупированной территории партизанские отряды и подпольные группы, уничтожать оккупантов всеми средствами. К тому времени по инициативе москвичей и ленинградцев уже началось формирование народного ополчения. Сталин призвал и жителей других районов страны организовывать отряды ополченцев.

Как известно, россияне не раз создавали народное ополчение для борьбы с иноземными захватчиками. Оно сыграло большую роль в ликвидации польско-шведской интервенции в начале XVII в. и в отражении наполеоновского нашествия в 1812 г . Движимые горячей любовью к Отечеству, желанием защищать его с оружием в руках, патриоты добровольно вступали в ряды ополчения. Летом 1941 г . в новых исторических условиях граждане Советской страны продолжили эту традицию, обратившись к проверенной временем форме всенародного участия в борьбе с иноземным врагом. Пример москвичей и ленинградцев был подхвачен по всей стране.

4 июля ГКО принял постановление, определившее порядок формирования, вооружения и оснащения ополченских дивизий Москвы и правовое положение ополченцев. Было решено сформировать 25 ополченских дивизий и создать в каждом районе столицы запасной полк для подготовки пополнений. Снабжение транспортом, снаряжением, котелками и шанцевым инструментом производилось за счет ресурсов города и области, а также путем изготовления всего необходимого на местных предприятиях. Боевая подготовка ополченцев, обеспечение их оружием, боеприпасами и вещевым довольствием возлагались на штаб Московского военного округа. За ополченцами сохранялась средняя заработная плата на все время нахождения в ополчении. В случае смерти или инвалидности ополченца его семья пользовалась правом получения пенсии наравне с призванными в состав Красной Армии.