Вниманию депутатов были предложены и некоторые законопроекты более общего характера, вытекающие из положений Манифеста 17 октября 1905 г .: о веротерпимости, о пересмотре временных правил о печати, о равноправии всех граждан, о неприкосновенности личности, о реорганизации местного самоуправления, о реформировании суда, о пересмотре рабочего законодательства и некоторые другие. Заканчивая выступление, глава кабинета сказал: «Изложив перед Государственной думой программу законодательных предположений правительства, я бы не выполнил своей задачи, если бы не выразил уверенности, что лишь обдуманное и твердое проведение в жизнь высшими законодательными учреждениями новых начал государственного строя поведет к успокоению и возрождению великой нашей родины». Но приглашение к сотрудничеству услышали во Второй думе лишь немногие.

Несмотря на враждебный характер многих речей, П.А. Столыпин за три с небольшим месяца существования Второй думы неоднократно выступал перед депутатами, стараясь пояснить позицию правительства. Особой заботой и попечением премьера пользовалась аграрная программа. Выступая 10 мая 1906 г ., П.А. Столыпин заметил: «Пробыв около 10 лет у дела земельного устройства, я пришел к глубокому убеждению, что в деле этом нужен упорный труд, нужна продолжительная черная работа. Разрешить этот вопрос нельзя, его надо разрешать. В западных государствах на это потребовались десятилетия. Мы предлагаем вам скромный, но верный путь. Противникам государственности хотелось бы избрать путь радикализма, путь освобождения от исторического прошлого России, освобождения от культурных традиций. Им нужны великие потрясения, нам нужна великая Россия!» Делового сотрудничества со Второй думой не получилось. В Третьей Государственной думе правительство имело солидную поддержку, которую обеспечивали октябристы и националисты. Лидер октябристов А.И. Гучков несколько лет был ближайшим союзником П.А. Столыпина. Кадетская партия в этот период тоже заметно поправела. Некоторые видные представители интеллигенции вообще публично отмежевались от левого крена в стратегии и тактике российского либерализма.

В 1909 г . группа известных деятелей издала сборник статей под названием «Вехи», в котором, исходя из уроков революции, переосмысливала свои мировоззренческие ориентиры, критически оценивая так называемое «освободительное движение» и роль интеллигенции в нем. Это издание вызвало сильный общественный резонанс как из-за известности имен авторов (П.Б. Струве, Н.А. Бердяев, С.Н. Булгаков, А.С. Изгоев, С.Л. Франк, Б.А. Кистяковский, М.О. Гершензон), так и в силу постулирования ими невероятной для «прогрессивной общественности» мысли о недопустимости социальной революции. Авторы заявляли о пагубности социальной политической борьбы, которая в условиях России может привести лишь к хаосу, анархии и распаду «всего сущего». Наиболее беспощадная оценка интеллигенции была дана в статье литературоведа и публициста М.О. Гершензона, восклицавшего: «Каковы мы есть, нам не только нельзя мечтать о слиянии с народом, — бояться его мы должны пуще всех казней власти и благословлять эту власть, которая одна своими штыками и тюрьмами еще ограждает нас от ярости народной».

Первая сессия Третьей Государственной думы прошла в атмосфере спокойной работы, взаимопонимания с правительством. Отдельные попытки левых и кадетов разжечь конфликты по некоторым малозначительным поводам окончились неудачей, так как большинство не хотело конфронтации с властью. В центре работы Думы оказался аграрный вопрос. В соответствии с законом надлежало утвердить указ от 9 ноября 1906 г ., вступивший в силу с 1 января 1907 г . Этот закон, одобренный и дополненный думской земельной комиссией, начал обсуждаться на общей сессии 23 октября 1908 г . Записалось выступать 213 депутатов — около половины всего депутатского корпуса. Если бы не факт реального существования этого закона, то было мало надежд на проведение его через Думу. Многие из числа правых были противниками аграрного переустройства и в конечном итоге голосовали «за», чтобы только поддержать решение монарха.

Выступая перед Думой 5 декабря 1908 г ., П.А. Столыпин говорил: «Была минута, и минута эта недалеко, когда вера в будущее России была поколеблена, когда нарушены были многие понятия; не нарушена была в эту минуту лишь вера в царя, в силу русского народа и русского крестьянина. Это было время не для колебаний, а для решений. И вот, в эту тяжелую минуту, правительство приняло на себя большую ответственность, проводя в порядке ст. 87 закон 9 ноября 1906 г ., оно делало ставку не на убогих и пьяных, а на крепких и сильных. Таковых в короткое время оказалось около полумиллиона домохозяев, закрепивших за собой более 3 200 000 десятин земли. Не парализуйте, господа, дальнейшего развития этих людей и помните, законодательствуя, что таких людей, таких сильных людей в России большинство». Но обсуждения этого закона в Думе растянулись на годы и он был окончательно одобрен и опубликован лишь 14 июня 1910 г ., хотя фактически действовал более трех с половиной лет.

За пять лет существования Третья Государственная дума приняла ряд важных законопроектов в области народного просвещения, укрепления армии, местного самоуправления. П.А. Столыпин в общем был удовлетворен ходом государственных преобразований и осенью 1909 г . в интервью саратовской газете «Волга» еще раз подчеркнул стратегическую цель преобразований: «Я полагаю, что прежде всего надлежит создать гражданина, крестьянина-собственника, мелкого землевладельца, и когда эта задача будет осуществлена, гражданственность сама воцарится на Руси. Сперва гражданин, а потом гражданственность... Эта великая задача наша — создание единоличного собственника, надежнейшего оплота государственности и культуры, — неуклонно проводится в жизнь».

Столыпинская аграрная реформа — понятие условное, ибо она не составляет цельного замысла и при ближайшем рассмотрении распадается на ряд отдельных мероприятий. Не совсем правильно и название реформы, так как Столыпин не являлся ни автором ее основных концепций, ни разработчиком. Хотя у него были и свои собственные идеи.

Будучи саратовским губернатором, Столыпин предлагал создавать крепкие крестьянские хозяйства на землях, купленных при поддержке Крестьянского банка. Процветание этих хозяйств должно было стать примером для окружающих крестьян, которые, как надеялся Столыпин, постепенно отказались бы от общинного землевладения. Об ускоренной ломке общины в те времена Столыпин не помышлял.

Когда он возглавил Министерство внутренних дел, оказалось, что там на эту проблему смотрят несколько иначе. Власти уже не стремились сохранить общину, так как не считали ее оплотом порядка. В течение ряда лет группа чиновников под руководством товарища министра внутренних дел В.И. Гурко (сын героя русско-турецкой войны 1877 — 1878 гг.) разрабатывала проект, который должен был осуществить крутой поворот в политике правительства.

В отличие от столыпинского замысла, проект Гурко предполагал создание хуторов и отрубов на надельных (крестьянских) землях, а не на банковских. Разница была существенной. Впрочем, не в создании хуторов и отрубов заключалась первоочередная цель проекта Гурко. Она заключалась в ускоренной ломке общины.

Проект предусматривал, что каждый член общины может заявить о своем выходе из нее и укрепить за собой свой чересполосный надел, который община отныне не вправе ни уменьшить, ни передвинуть. Зато владельцу разрешалось продать укрепленный надел кому угодно: хоть соседу, хоть крестьянину из другой общины. С агротехнической точки зрения такое новшество не сулило большой пользы, поскольку надел оставался чересполосным. Но оно способствовало расколу общины, особенно накануне передела земли.

Конечно, Столыпин не мог не считаться с работой, проделанной в министерстве до его прихода. Не мог он не считаться и с мнением помещиков. В мае 1906 г . собрался I съезд уполномоченных дворянских обществ. Чуть ли не в один голос дворяне потребовали ликвидации общины, которая сильно им насолила за два года революции. Столь же единодушно они выступили против наделения крестьян землей за счет помещиков.