В конце декабря 1797 года во время возникших в Риме уличных беспорядков папские телохранители открыли огонь по толпе и смертельно ранили французского генерала Дюфо. Возмездие не заставило себя долго ждать: 15 февраля 1798 года французская армия под предводительством генерала Бертье захватила Рим. Римляне провозгласили республику, а папа был лишен светской власти. (Затем Римская Республика в конце февраля присоединилась к Франции.) Папские телохранители и швейцарская гвардия были разоружены. Старого и больного (восьмидесяти одного года) папу арестовали, и через Сиену, Флоренцию, а потом Гренобль он был доставлен в марте 1799 года в крепость Баланс, где в конце августа и умер. Однако перед своей смертью он наделил кардиналов особыми полномочиями по избранию нового папы.
Казалось, вместе со смертью сосланного и заточенного в тюрьму папы погибло и само папство. Римом владела Французская Республика, кардиналы же либо были разбросаны по разным краям, либо попали в тюрьму. Однако поражение и унижение явились источником новых сил: через год-два выяснилось, что и буржуазное общество нуждается в религии, а следовательно, и в церкви и папстве.
Созыв нового конклава в Римской Республике был невозможен. В соответствии с завещанием Пия VI выборы должны быть проведены там, где находилось наибольшее количество кардиналов. В 1799 году неаполитанская, австрийская и русская армии выбили французов из Италии, столица пап оказалась оккупированной неаполитанцами, и те реставрировали там монархию. Наконец, новый конклав собрался в находившейся под австрийским владычеством Венеции. 30 ноября 1790 года в монастырь Святого Джорджо Маджиоре на конклав явились 35 из 46 кардиналов, чтобы избрать из своей среды нового папу. Безопасность конклава обеспечивали австрийцы; они же финансировали и его расходы. Кардиналы заметно находились под австрийским давлением. Наряду с присутствовавшим на конклаве кардиналом Баттяни интересы венского двора представлял в первую очередь Сомбатхейский епископ кардинал Герцан.
В результате трехмесячного совещания папой был избран на компромиссной основе ставленник австрийской партии бывший монах-бенедиктинец, епископ из Имолы кардинал Барнаба Чиарамонти, взявший имя Пия VII (1800–1823). Однако новый папа не оправдал надежд австрийцев. Он не присоединился к контрреволюционной коалиции, а явился сторонником выработки модус вивенди, основанного на реформировании отношений с французами и на буржуазных преобразованиях. Еще будучи епископом Имолы, он тоже не спасся от захватившего город Наполеона, но тем не менее искал возможности согласования и координации буржуазного строя, демократии и христианства.
Своим статс-секретарем Пий VII выбрал несомненно способного политика кардинала Консальви. Новый папа освободился от опеки австрийцев и 3 июня 1800 года в сопровождении торжественного эскорта из венгерских гусар въехал в Рим. В качестве программы своего понтификата он назвал реставрацию Церковного государства, реорганизацию центрального управления церковью и, наконец, упорядочение отношений с французской церковью.
В 1799 году во Франции Наполеон в качестве первого консула путем государственного путча захватил в свои руки власть. Диктатор, бывший в религиозном отношении совершенно равнодушным человеком, признал роль религии и церкви в консолидации буржуазного строя, в ликвидации революционной ситуации. Для укрепления своей собственной власти он использовал то обстоятельство, что и буржуазное общество не может долго обходиться без религии. Признаком сближения явилось то, что в заключенном в 1801 году Люневильском мире Наполеон сделал возможным восстановление Церковного государства в толентинойских границах. О готовности Наполеона к соглашению свидетельствовала и его речь, произнесенная в мае 1800 года перед миланским духовенством, в которой он четко охарактеризовал религию и церковь как основу консолидации, как залог порядка и спокойствия. Новым жестом с его стороны было предоставление возможности трем тысячам французских священнослужителей-эмигрантов вернуться на родину. Для стремившегося к самодержавию и к окончательному «закрытию» буржуазной революции Наполеона консервативные церковь и духовенство были явными союзниками. Как реально мыслящий политик, Бонапарт понимал, что за долгие столетия своего существования католицизм глубоко пропитал народные массы и общество. И в интересах укрепления политического строя он искал согласия с ним.
В то же самое время и со стороны папы наличествовала готовность к компромиссу. Пий VII с самого начала был сторонником соглашения и проявил умеренность по отношению к новой европейской великой державе. Он стремился к тому, чтобы включить католическую церковь и папство в новые рамки, созданные буржуазными преобразованиями. Пий VII хотел избежать того, чтобы вместе с обреченным на гибель прошлым сгинула бы и церковь.
В результате взаимного сближения в ноябре 1800 года в Милане начались переговоры о конкордате. Хорошей основой для них явилось то обстоятельство, что папа принял к сведению секуляризацию церковной собственности и признал за первым консулом (Наполеоном) право назначения епископов. После этого сам Консальви поехал в Париж для ведения переговоров с Наполеоном.
15 июля 1801 года в Париже был подписан французский конкордат. Договор скрепили своими подписями Жозеф Бонапарт и Консальви. Конкордат явился победой папства над галликанскими французскими епископами и в то же время «входным билетом» папства в буржуазное общество. Состоявший из 17 статей конкордат восстанавливал, с одной стороны, светскую власть папы на оставшейся территории Церковного государства, а с другой — союз государства и церкви во Франции. Конкордат признавал католицизм господствующей религией, религией решающего большинства французов (но не государственной религией). Он обеспечивал и регулировал свободу отправления религиозных обрядов. Закреплял рационально реорганизованную во время революции церковную структуру, создание шестидесяти епископств, соответствующих департаментам. В отношении заполнения епископских мест в конкордате было сказано, что новые епископы назначаются первым консулом в течение трех месяцев, после чего они утверждаются папой (как это и было до революции). Вновь назначенные епископы вручают свою присягу первому консулу. Прочие священнослужители назначаются епископом; духовенство получает жалованье от государства. Первый консул пользуется теми же правами по отношению к Святому престолу, какими раньше обладал французский король. Желая положить конец расколу французской церкви, конкордат распорядился об отставке всех епископов. Однако 39 епископов из 92 не пожелали уйти в отставку и осудили капитулянтство папы. Эти епископы были лишены Пием VII своего сана.
В конечном итоге конкордат спас французскую католическую церковь от гибели, восстановил ее иерархию, а Французская Республика признала папство. Желая снискать расположение глубоко религиозного крестьянства, составляющего большинство граждан, Наполеон договорился с церковью, причем таким образом, что церковь снова была поставлена на службу государству, стала зависимой от него. Последнее Наполеон обеспечил прежде всего тем, что, несмотря на протест папы, он односторонне дополнил конкордат еще 27 так называемыми органическими статьями. Эти статьи вновь сформулировали галликанские права в соответствии с новой ситуацией. Но это не нарушило примирения и сложившегося по основным вопросам компромисса. В пасхальное воскресенье 1802 года кардинал Капрара, папский легат, торжественно отслужил благодарственный молебен в соборе Парижской богоматери.
Вихрь революции, потрясение феодальной церкви благотворно подействовали на католицизм. Из преследований и из кризиса выбились на поверхность новые силы. Посредством вынужденного разрыва с феодальным строем и идеалами того времени во вновь обедневшей и ставшей бесправной церкви зародился процесс обновления. Слово духовного пастыря зазвучало с большей достоверностью, массы людей, окропленные кровавым ливнем революции, снова потянулись — подстегиваемые социальными несправедливостями буржуазного строя — к новой, более глубокой религиозности. Эти изменившиеся условия объясняют, почему со всей весомостью, как «аллилуйя возрождения католицизма», подействовала появившаяся в 1802 году книга Шатобриана «Гений христианства». Это произведение, написанное в стиле восхищенного прославления извечных ценностей христианства, вновь открывало христианство изверившимся людям, гражданам, разочаровавшимся во всемогуществе разума. Шатобриан с его мыслями и стилем стал самым значительным предвестником католической романтики, нарождавшейся в эпоху Реставрации.