25 декабря 1961 года Иоанн XXIII своей апостольской конституцией «Humanae salutis» созвал собор, одновременно объявив I Ватиканский собор закрытым. Принципиальное значение этого акта состояло в том, что тем самым папа воспрепятствовал стремлению интегристов рассматривать этот собор как продолжение I Ватиканского и на этом основании проводить его в прежнем духе. На собор папа пригласил также и отколовшиеся христианские церкви. Открытие собора папа своим решением от 2 февраля 1962 года («Concilium») назначил на 11 октября 1962 года.

На торжественное открытие II Ватиканского собора в храм Святого Петра прибыло 2540 соборных отцов. Заседания собора проводились тоже в этом храме. II Ватиканский собор был самым многолюдным собранием в истории церкви. Впервые в истории церкви 18 некатолических церквей приняли приглашение папы. В своей речи при открытии собора 11 октября 1962 года Иоанн XXIII снова заявил, что задачей собора является соответствующее обновление церкви, ее разумная реорганизация, чтобы тем самым церковь продемонстрировала свое понимание развития мира и подключилась бы к этому процессу. Это был знаменательный момент открытия, момент прорыва. Обращаясь к решениям Тридентского и I Ватиканского соборов, папа высказал пожелание, чтобы результатом настоящего собора стала открытая миру церковь. Выход из изоляции и сепаратизма и приток свежего воздуха в древнее здание церкви могут осуществиться не путем прокламирования новых догм и тем более не путем осуждений, а посредством ясного и современного изложения соответствующих религиозных истин. Папа Иоанн неоднократно заявлял, что церковь располагает уже вполне достаточным количеством догм, дефиниций и суждений; задача собора не в отвергающем, непогрешимом осуждении, а в проведении конструктивных реформ. Действительно, II Ватиканский собор потому и стал эпохальным событием, что не принял ни одной новой догмы.

Первая сессия собора проходила между 11 октября и 8 декабря 1962 года. Председательствовали на заседаниях по очереди десять назначенных папой членов президиума. Некоторые заседания начинались с молитвы, попеременно на латинском и греческом языках. Положительную созидательную работу первой сессии парализовала борьба между поддерживаемой большинством курии консервативной партией интегристов и резко противостоящими ей епископами, принимающими реформаторские взгляды прогрессивных теологов. Успех партии реформ зависел от того, сумеет ли она вырвать из рук курии и консервативной партии руководство собором.

Путч произошел сразу же, на первом заседании, 13 октября 1962 года. Президиум собора предложил, чтобы в состав десяти комиссий собора, занимавшихся разработкой проектов решений и предварительным обсуждением их, были доизбраны и так уж находящиеся там в явном большинстве куриальные и консервативные церковники. Однако выступление прогрессистов во главе с кардиналами Беа и Сюэненсом увенчалось успехом. Французский кардинал Лиенар предложил на заседании отложить довыборы комиссий, поскольку «соборные отцы» еще недостаточно знают друг друга. Это предложение поддержал и кельнский архиепископ кардинал Франгс. Большинство собора приняло предложение оппозиции. Тем самым аджорнаменто одержало первую большую победу на соборе. Президиум отложил заседания собора. 16 октября на выборах список оппозиции собрал большинство голосов. Таким образом, в комиссиях (одна треть членов которых была назначена папой) было обеспечено соответствующее представительство прогрессистов.

Папа, болезнь которого быстро прогрессировала, внимательно следил за заседаниями собора по телевидению. 4 декабря он вдруг выступил с большой речью, в которой позитивно оценил ход заседаний собора, подбодрив тем самым прогрессистов. В это же время папа Иоанн произвел в кардиналы миланского архиепископа Монтини. Он настолько ценил заслуги нового кардинала, что видел в нем своего преемника. Вместе с тем Иоанн XXIII предупреждал кардинала Монтини, чтобы тот был выше соборных дискуссий и сохранял свою беспристрастность в интересах единства церкви.

На первую сессию собора было вынесено для рассмотрения пять проектов (схем): о литургии, об источниках откровения Божьего, о средствах информации, о единстве с восточными (православными) церквами и, наконец, проект структуры церкви, который носил название «De ecclesia» и был одной из главных тем собора. При обсуждении первых двух проектов возникла достаточно острая дискуссия между двумя основными направлениями. В конце концов все проекты вернули в подготовительные комиссии для доработки. Таким образом, на первой сессии ни по одному вопросу не удалось прийти к решению. После закрытия сессии — учитывая ее печальный опыт — созданная согласительная комиссия сократила число предварительных проектов с 73 до 17.

Однако папа Иоанн XXIII не дожил до продолжения собора. Мировое общественное мнение с неподдельным огорчением встретило весть о его кончине. 3 июня 1963 года папа Иоанн пал жертвой распространенной болезни нашего времени — рака. И все же основную свою цель Иоанн XXIII достиг: он вывел церковь из застоя. Тем самым «кратковременный папа» оставил весьма глубокий след в истории церкви, старомодный священник открыл путь для аджорнаменто.

После смерти Иоанна XXIII конклав действительно избрал папой «намеченного им преемника» — им стал кардинал Джованни Баттиста Монтини. Уже в течение ряда лет он считался наиболее вероятным претендентом на папский престол и сознательно готовился к этой задаче. Программой Павла VI (1963–1978) было практическое осуществление дела папы Иоанна, успешное завершение собора и воплощение в жизнь его решений.

Монтини был выходцем из североитальянской буржуазной семьи; отец его, известный католический журналист, стал затем депутатом парламента. Свое образование юный Джованни в связи со слабым здоровьем в основном получил экстерном; его домашним учителем был французский маркиз. Монтини и в дальнейшем любил французов и французскую историю. (Так, например, он перевел на итальянский язык многие произведения Маритена.) Священником он стал, не проучившись ни в одной духовной семинарии, а папой стал, не выполняя никогда ранее духовно-пастырских функций. Он учился в римских университетах — Грегорианском и Сапиенце. С 1921 года он стал посещать Папскую академию, а в 1923 году — он уже на дипломатической службе: в течение шести месяцев находился в Варшавской нунциатуре. В 1924 году его отозвали в Рим, и он получил должность в аппарате статс-секретаря папы. 31 год без перерыва он прослужил в курии; из них 20 лет под руководством Пачелли и сумел подняться до одного из руководителей курии. Для Монтини идеал воплощался в Пачелли, и он не скрывал, что считает себя учеником Пачелли.

В 1937 году секретарем Конгрегации по чрезвычайным церковным делам стал Тардини, а на его бывшую должность — заместителя статс-секретаря — был назначен Монтини. Благодаря этому он стал ближайшим сотрудником тогдашнего статс-секретаря кардинала Пачелли. В 1938 году он сопровождал своего шефа в Будапешт на евхаристический конгресс. До 1954 года Монтини все выше и выше поднимался по куриальной лестнице. Еще в 1939 году Пий XII утвердил Тардини и Монтини в их должностях. Когда же в 1944 году статс-секретарь Мальони умер, первыми чиновниками курии стали Тардини в качестве секретаря по чрезвычайным церковным делам и Монтини в качестве секретаря по обычным церковным делам. Монтини стал руководителем курии Пия XII, а с 1952 года — заместителем статс-секретаря. (После смерти Мальони Пий XII уже больше не назначал кардинала-статс-секретаря.)

По своим индивидуальным качествам Монтини также походил на интеллектуального и аристократичного Пия XII. Совпадал и их стиль: их обоих характеризовали сложный способ выражения, эзоповский язык, употребление символов. Несмотря на внешнюю схожесть, в образе мышления обоих этих людей вскоре проявились существенные противоречия. Отдаление, вероятно, началось уже во время войны. Монтини в те годы удалился во «внутреннюю эмиграцию», не желая иметь ничего общего с фашизмом. Еще больше усилилось между ними непонимание после 1945 года по вопросу поведения в отношении коммунистов. Для Пия XII коммунизм означал несчастье рода человеческого, поскольку это учение, будучи атеистическим и материалистическим, отвергало веру. В 1949 году он сжег все мосты, которые позволили бы сблизиться с левым крылом. Монтини не разделял эту жесткую линию. Он увидел и оценил социальное и гуманистическое содержание коммунизма, которое, по его мнению, было родственно евангельскому учению. Пий XII мыслил эсхатологически; Монтини же был реалистом и исходил из потребностей мира.