Мысли Дж. С. Милля относительно необходимости гармоничного сочетания артистического и логического, или интуитивного и рационального, начал во всех областях деятельности прослеживаются во многих сочинениях, начиная с 1840-х годов. Милль считал, что наука и искусство, как две взаимодействующие сферы духовной деятельности, необходимо дополняют друг друга. При этом за каждой из этих сфер закрепляются свои специфические задачи. Наука способна лишь на частичное освоение и объяснение действительности. Практическая деятельность как в личном, так и в общественном плане выходя за рамки собственно науки, есть область искусства. Наука может дать лишь способы решения практических задач, которыми пользуется искусство, проверяя соответствие этих способов поставленным целям.
Всякая практическая деятельность человека начинается с постановки цели, но конечным основанием всякой цели служит достижение блага, то есть определенного удовлетворительного результата. Однако то, что для одних представляется удовлетворительным результатом, для других может быть величайшим злом. Милль обосновывает моральную сторону всякой практической деятельности. Этическая проблема, таким образом, состоит в нахождении критериев общественного блага. Деятельность Милля в конечном счете направлялась поисками этического идеала, критерия различения добра и зла в конкретно-историческом социальном аспекте.
Дж. С. Милль не избежал увлечения и идеями историка Карлейля с его теорией героев и толпы, и традиционалиста Кольриджа, и проповедников идеалов доброй старой Англии — поэтов Уордсворта и Теннисона. Но в то же время он решительно боролся с идеологией консерватизма и реакции, отрицавшей самое право на существование за понятиями «общее благо», «общая польза». Столь же решительно боролся он и с религиозными философами, стремившимися перенести проблему «добра и зла» в сферы «миров иных». Не стремясь упростить отношение Милля к религии — а оно было достаточно сложным, о чем свидетельствует одно из последних его сочинений «Три эссе о религии» (1873), — следует подчеркнуть его твердое убеждение в том, что борьба за благо человечества в этом мире составляет достойную цель деятельности моралиста, философа и политического активиста.
Это убеждение послужило для Милля основой его собственной научной и политической деятельности, снискавшей ему репутацию одного из основателей буржуазного реформизма, решительного противника консерватизма и реакции. Период между 1836 и 1848 годами оказался, пожалуй, самым плодотворным для научной, теоретической деятельности Милля. В этот период временно затихли страсти вокруг избирательной реформы, столь возбуждавшие ранее политическую активность Милля. С другой стороны, еще не разразилась революционная буря в Европе, заставившая Милля вновь обратиться к решению злободневных социальных проблем.
Служба в Ост-Индской компании оставляла время для научных занятий, и Милль воспользовался этими возможностями. Он отнюдь не пренебрегал своими обязанностями чиновника, принимая активное участие в решении разных вопросов, связанных с английским управлением Индией. Известно, что при разработке проекта реформы образования для Индии он решительно возражал против перевода всей системы образования на английский язык.
За эти годы Милль написал и опубликовал два своих фундаментальных произведения: «Система логики» и «Основы политической экономии». К написанию «Системы логики» он, можно сказать, готовился всю жизнь. Еще детские годы были посвящены штудированию курсов логики. В юности Милль непосредственно включился в дискуссии по проблемам эмпирической либо априорной природы общих понятий. Развитие эмпирической школы в европейской философии XVIII века предшествовало бурному расцвету экспериментального естествознания. Последним является метод сопутствующих изменений: «Всякое явление, изменяющееся определенным образом всякий раз, когда некоторым особым образом изменяется другое явление, есть либо причина, либо следствие этого явления, либо соединено с ним какою-либо причинною связью». Предположим, согласно одному из примеров Милля, что мы желаем установить характер воздействия Луны на Землю. Мы не в состоянии устранить Луну и после этого посмотреть, что произойдет с Землей. Но мы можем сопоставить лунный календарь с графиком приливов и отливов. В результате мы придем к заключению, что Луна в целом либо частично есть причина этих явлений. Последний метод Милля тесно связан с получившими в дальнейшем большое распространение в ряде наук способами регрессионного анализа.
В период работы над своей «Логикой» Милль познакомился с книгой французского философа Огюста Конта «Курс позитивной философии» (1842). Затем последовала переписка этих людей и их многолетние противоречивые отношения. Конт представлял собой тип философа-пророка, считавшего себя призванным дать миру новую религию, открыть человечеству глаза на его конечные цели. Суть его метода заключалась в том, чтобы идти от фактов к обобщению и рассматривать эти обобщения не в качестве объективных закономерностей, а лишь как относительные вехи на пути познания. При знакомстве со взглядами Конта Милль был поражен совпадением в направлении их независимых усилий. Разработка, обобщение и уточнение законов индукции в качестве основы всех экспериментальных наук, предпринятые в «Системе логики», во многом совпадали с идеями позитивного метода Конта. В обоих случаях вывод состоял в том, что всякое знание подтверждается и исчерпывается опытом. Такая постановка проблемы научного знания вела к глубоким противоречиям, которые Милль частично осознавал (что видно хотя бы из его попытки рассмотреть науку и искусство как взаимодополняющие области человеческой деятельности).
Поскольку любой опыт не может исчерпать многообразия реального мира, то и любое обобщение опыта, не стремящееся выйти за его пределы, в согласии с позитивным методом Конта или с последовательно проведенным методом индукции Милля, не может претендовать на значение объективного закона.
Взгляды Конта и Милля легли в основу позитивизма — философского течения второй половины XIX века. Вместе с тем нельзя не видеть глубокого различия в самой основе философских воззрений этих двух людей. Милль решительно порвал с Контом из-за несогласия в оценке методов научного познания человеческого общества. Его широкое знакомство с классической политической экономией, прежде всего с теорией Рикардо, не позволило ему признать правомерность изгнания методов дедукции и абстракции в качестве орудий познания закономерностей общественной жизни. Правда, знакомство с Контом натолкнуло его на необходимость изучения социального поведения людей в качестве самостоятельного раздела обществоведения. Известно, что он стремился к созданию особой науки о социальном характере и поведении человека, которую он называл этологией.
Интерес к изучению социальной действительности заставил его продолжить работу над «Системой логики» и написать дополнительную книгу, которая вошла в окончательный текст труда под названием «О логике в моральных науках». В этой части поставлен вопрос о методах научного познания общества. Поскольку экспериментальный метод, который имел решающее значение в естественных науках, может иметь в общественных науках лишь ограниченную сферу применения, то на место эксперимента Милль ставит метод конкретной дедукции. Суть его заключается в том, чтобы выдвигать в качестве общих постулатов в сфере социальных наук обобщение примеров социального поведения. Поскольку такое обобщение не может в силу особого характера общественной деятельности претендовать на характер точного закона, то его следует рассматривать как указатель тенденций социального движения.
В помощь этому методу Милль привлекает так называемый исторический метод, или метод обратной дедукции. Из истории, по мнению Милля, можно извлечь эмпирические законы. Соединение этих законов с законами человеческого поведения по методу дедукции может служить целям создания науки о социальной динамике, то есть о развитии общества. Последняя книга «Системы логики» Дж. С. Милля оказалась незавершенной с точки зрения решения поставленных в ней проблем, поскольку она вышла далеко за пределы традиционной логики и коснулась широких мировоззренческих вопросов. В частности, в ней был подробно рассмотрен вопрос об ограниченности научных методов в познании действительности, в практической и общественной деятельности человека. Здесь же было намечено дальнейшее расхождение со взглядами Конта на задачи и цели социального развития, получившее более полное выражение в книге Дж. С. Милля «О. Конт и позитивизм» (1865).