29 марта Панин почувствовал себя лучше, за обедом шутил, а после обеда сел в кресло у окна и долго глядел на Неву, должно быть, вспоминая о чем-то. И вдруг вечером нежданная радость - нагрянула великокняжеская чета. Были тут и объяснения, и слезы умиления, Нет, не забыли старика, просто боялись повредить, навлечь новые подозрения. На следующий день Никита Иванович снова был бодр и весел и все вспоминал своего воспитанника. Спать отправился поздно, а под утро, в четыре часа, последовал апоплексический удар. Тотчас послали за врачами и за великим князем, но проститься с умирающим Павел уже не успел. Утром 31 марта 1783 года граф Никита Иванович Панин скончался, не приходя в сознание. Когда цесаревич, неотлучно дежуривший возле постели Панина, увидел, что жизнь покидает старика, он упал на колени и, плача, прильнул губами к руке своего наставника.

Панина похоронили в Александро-Невской лавре, в церкви Благовещения. Траурная процессия оказалась на удивление многолюдной, были многие из тех, кто при жизни графа слыл в числе его недругов. Императрица на похороны не пришла.