С самим Бекетом Александр подробно поговорил лично, мягко упрекая его за слабость и приказывая ему избегать подобных разногласий в будущем, не получив должного Божьего благословения и его распоряжений. Однако архиепископ добился освобождения от обещания соблюдать Постановления, которое он дал под давлением. Хотя архиепископ ранее предполагал оставить свой престол, на который, по его мнению, он был избран не по каноническому праву, Папа отказался принять его отставку и подтвердил главенство Кентербери на территории Англии. Также, немного позднее, папа осудил конфискацию собственности Кентербери, поскольку она противоречила всем формам закона и церковной процедуре.

Бекет и Александр в последний раз встретились в Бурже сразу после Пасхи в 1165 году, когда Папа готовился покинуть Францию. В это время архиепископ удалился в аббатство Понтиньи, где он, облачившись в цистерцианское одеяние, должен был провести два года в трудах и молитве. Его изгнание разделили многие другие беглецы, возможно их общее количество составило четыреста человек. Отпраздновав Рождество 1164 года, король, несмотря на совет, который ему дали каноники в Нортгемптоне, после бегства архиепископа организовал конфискацию имущества Кентерберийского монастыря. Несколькими месяцами позднее он жестоко изгнал родственников архиепископа из Англии, а также членов его церковного хозяйства, которым приказал предстать перед архиепископом, дабы он увидел, каким несчастьям подверг эти невинные жертвы. Многие кентерберийские служители, которые остались лояльными Бекету, также были принуждены последовать за ним в изгнание во Францию, где в их обеспечении Папе помогали французские духовенство и король.

Находясь в изгнании, Бекет продолжал защищать свое дело, проводя активную переписку. Другие также стремились предложить посредничество для разрешения конфликта. Королева-мать Матильда, чьей помощи Бекет добивался, пыталась смягчить отношение своего сына к архиепископу. Король Людовик VII периодически находился в состоянии войны с Генрихом II и поэтому в некоторой степени получил возможность использовать себе на пользу замешательство своего соперника, к которому привело установление резиденции Беке-та во Франции. Это, однако, не препятствовало ему предпринимать попытки посредничества в споре.

Одним из тех, кто присоединился к архиепископу во Франции, был его верный друг, Иоанн Солсберийский. Являясь непреклонным в своей оппозиции к королевской политике, он также был неутомим в своих усилиях достичь примирения. Тот совет, который он дал Бекету, был типичным советом выдающегося ученого и священника, каким он и являлся: «Пусть дух будет успокоен религиозным созерцанием».

Таким было разногласие, решить которое сейчас стало долгом Папы. Тогда уже возникла путаница между специфической феодальной проблемой, конфискацией собственности в Кентербери, вытекающей из обвинений против Бекета, и принципиальным расхождением мнения об отношениях Церкви и правительства в Англии, которые были вызваны Постановлениями. Дело осложнялось и внешними факторами. Александр был благодарен Генриху и нуждался в постоянной поддержке, которую оказывал ему король в его собственном разногласии с антипапой и императором. Второй антипапа, Пасхалий III, был избран в апреле 1164 года. Генрих изредка менял направление своей политики или угрожал ее изменить, встав на сторону антипапы. Кроме того, частыми были контакты между королевским и императорским дворами. Стоит упомянуть, что в мае 1165 года посланники короля, Иоанн Оксфордский и Ричард Илчестерский, были отправлены на съезд в Вюрцбург, где Пасхалий III получил официальное признание. Два года спустя Александр был вынужден покинуть Рим во второй раз. Из-за недостаточного поступления средств в папскую казну его финансовое положение оставалось достаточно критическим. Кроме того, в эти годы Александр был озабочен проблемой оказания помощи государствам крестоносцев на Востоке, противостоявшим усилению мусульманского давления. Поэтому достижение действительного примирения между Людовиком и Генрихом становилось необходимым условием для оказания подобной помощи.

Несмотря на многие и разнообразные заботы, слабость собственной позиции, и сложность самого дела, Александр пытался проводить ясную и последовательную политику. Его усилия были в основном направлены в защиту позиции римской Церкви. Он настойчиво напоминал Генриху о его долге служить делу Церкви, позволяя ей действовать свободно, что должно было стать неким видом сотрудничества между двумя властями, светской и церковной, которые бы, тем не менее, сохраняли разграничение функций. Поэтому Папа осознавал, что должен был уступить королю возможность действовать в соответствии со своей волей во всех делах, не относящихся к собственно проблемам Церкви. Папа занимал непреклонную; позицию в сохранении апелляций к Курии, свободного въезда и выезда английских епископов в Рим, но он очевидно надеялся избежать прямой конфронтации по другим острым проблемам. Принятый им курс предполагал поддержку Бекета по принципиальным вопросам, но не устранял возможности достижения компромисса по менее важным проблемам.

Вследствие стремления Александра сохранить возможность переговоров с королем, удалось избежать разрыва с английским государством, который возник в отношениях с Империей. Несмотря на временное отсутствие в Англии папских легатов, которые обычно встречали Генриха в его французских владениях и не отправлялись в Англию, также не прервалась корреспонденция Курии с английским духовенством. Папа рассматривал Бекета и других епископов в качестве обычных инструментов для проведения своей политики в Англии.

Таким был курс Александра III, которого он придерживался в течение длительного периода разногласия. Это был очень трудный курс, на пути которого стояли многочисленные ловушки, что стало очевидным в последующие месяцы.

В течение 1165 года и некоторое время спустя роль Папы Александра в решении английской проблемы состояла из попыток умерить требования Генриха и в то же время удержать Бекета от принятия крайних мер. В начале 1165 года, все еще находясь в Сансе, он написал епископу Фолиоту Лондонскому и королю о состоянии церковных дел в Англии. В июне подробные инструкции были отосланы Фолиоту, который должен был попросить помощи Роберта Херефордского переубедить короля, принудившего Бекета отправиться в изгнание и поддерживавшего отношения со схизматиками. Какую бы благодарность Папа ни испытывал к Генриху за его прежнюю поддержку, его терпению также был предел. Короля, соответственно, необходимо было убедить не препятствовать визитам и обращениям английских священников к Курии, а также не досаждать священнослужителям ни в Англии, ни на французских землях, и вернуть Бекета на его законный престол. В этом же месяце Папа также написал королю, убеждая его не создавать беспорядки в королевской и церковной юрисдикциях и подробно рассмотреть проблему о вынесении наказания клирикам светскими судами. В это время, хотя Папа поддержал позицию Бекета по вопросу конфискации имущества Кентерберийского монастыря, он попросил Бекета не предпринимать никаких опрометчивых действий против короля до следующей Пасхи (24 апреля 1166 года).

В ноябре 1165 года Александр вернулся в Рим. Если возвращение и предоставило ему большую свободу действий, то это продолжалось недолго, так как в течение всего года в Риме находились имперские войска. Более того, усилия Папы решить английский вопрос оказались, таким образом, безуспешными, и он начал сомневаться в том, что может опереться в этом деле на Фолиота. Поэтому Папа принял решение поддержать позицию Бекета. Соответственно, на Пасху, когда срок добровольного затворничества Бекета приближался к своему окончанию, он сделал архиепископа легатом на всей территории Англии, кроме Йорка. Чтобы не вызвать недовольства Генриха, Роджер Йоркский получил также пост легата в Шотландии. 3 мая 1166 года Папа повторил своим викарным епископам требование восстановить статус Бекета и инструктировал некоторых французских епископов оглашать любое осуждение, объявленное архиепископом. Заявив о данных решениях, Папа в общем принял на себя обязательство поддерживать Бекета во всем, какие бы действия тот ни предпринимал. Более того, вскоре стало очевидно, что ни король, ни архиепископ не были расположены заключать компромисс.