В первую очередь Бекет, восстановленный на своем престоле и получивший снова власть, аннулировал назначение королем Иоанна Оксфордского в качестве настоятеля в Солсбери и отстранил епископа Жослена, который провел данное назначение. Из-за того что в Вюрцбурге Иоанн поддержал антипапу, он был отлучен от Церкви, а поскольку при принятии решения некоторые каноники из Солсбери отсутствовали, данный поступок был вдвойне противозаконным. Более того, еще ранее это было запрещено и Бекетом и Александром. Поэтому Папа подтвердил приговоры, которые вынес архиепископ. Но он также указал Бекету, что епископ Жослен, по причине возраста, заслуживал рассмотрения своего дела и его не следовало подвергать чрезмерным обвинениям. Иоанн, несмотря на обвинения Бекета, смог оправдать себя в Риме и был восстановлен в должности. Жослен получил прощение двумя годами позже.
Более важный шаг был предпринят Бекетом в день Святой Троицы (воскресенье 12 июня 1166 года). В Везеле он торжественно обнародовал осуждение, которое папа вынес Постановлениям, и отлучил от Церкви королевских священников, являвшихся авторами этого документа, так же как и чиновников, которые по королевскому приказу конфисковали собственность Кентерберийской епархии. Поскольку король в это время был болен, его не подвергли осуждению, но Иоанн Оксфордский и Ричард Илчестерский были отлучены от Церкви за поддержку антипапы в Вюрцбурге.
Фолиота, которого папа проинструктировал объявить Бекета легатом другим епископам, также попросили распространить письма Бекета с приказом об отлучении, о котором он объявил в Везеле, и осуждении Кларендонских Постановлений. Ему также приказали подготовиться к восстановлению в правах изгнанных кентерберийских клириков. Все это поставило Фолиота в затруднительное положение. Тем не менее он попросил короля разрешить ему приступить к выполнению распоряжений. Но Генрих отказал ему в этом и запретил публикацию писем Бекета.
В это время, в столь напряженной атмосфере, английские епископы, к которым присоединились другие члены духовенства, опасаясь, что Бекет может отлучить от Церкви короля, снова обратились в Курию (24 июня 1166 года), осуждая поведение архиепископа. Это было их второе обращение, поддержанное королем, который также отправил к Папе своих посланников.
Александр оказался в затруднительном положении из-за английского разногласия. Папа осознавал нарушения, вытекающие из обращения епископов против архиепископа. Получив апелляцию, он совершенно проигнорировал неуместные обвинения в отношении поведения Бекета и согласился только обсудить обвинения, принятые в Везеле. Позиция короля в этом вопросе представляла еще одну проблему. Невозможно определить, в какой степени в этих и других переговорах угроза схизмы, к которой часто прибегал Генрих, была действенной или, даже, насколько эффективным стало предоставление взяток кардиналам королем, как утверждали сторонники Бекета. Генрих, по-видимому, написал епископу Кёльна, отметив, что, пока Александр не сместит Бекета и не одобрит Постановления, он отказывается подчиняться Папе. Такие заявления, конечно, вполне могли оказаться блефом. Очевидно, тем не менее, что группа кардиналов, благожелательно настроенная к Генриху, имела определенное влияние, что заставило Александра пойти на серьезную уступку. Теперь он дал свое согласие на просьбу Генриха послать дипломатическую миссию, чтобы рассмотреть дело в судебном порядке. Однако, ожидая решения миссии, король должен был быть освобожден от юрисдикции Бекета. Действуя так, Александр временно, как оказалось, оставил свое прежнее упорство принять окончательное решение совершенно самостоятельно. Объявление о миссии официально отстранило архиепископа от власти.
Апелляция епископов и заявление о миссии встревожили Бекета также и потому, что одним из папских легатов стал Вильгельм из Павии, кардинал церкви св. Петра в узах, который благожелательно воспринял посольство Генриха в 1164 году и который, как полагали сторонники архиепископа, будет поддерживать короля. Иоанн Солсберийский осудил миссию, хотя и настаивал на том, чтобы Бекет не отвергал ее суд. Другие, включая Людовика VII, высказали свой протест; При этом Людовик, без сомнения, помнил, что именно Вильгельм из Павии даровал разрешение на брак королевских детей после Собора в Туре. В действительности, общественное мнение во Франции высказало свое неприятие к скандалу в английском духовенстве, выступающем против своего архиепископа, находящегося в изгнании.
Бекет, тем временем, ответил на обращение своих епископов столь хладнокровно, насколько представлялось возможным, но продолжал считать короля непокорным. Действительно, в сентябре 1166 года Генрих приказал монахам Понтиньи отказать Бекету в приюте под угрозой изгнания всех цистерцианских монахов из его владений. Александр призвал монахов не позволять страху овладевать ими, но архиепископ решил не раздражать своих хозяев и под защитой Людовика VII оставил Понтиньи, чтобы провести оставшиеся четыре года своего изгнания в келье бенедиктинского аббатства Сен-Коломб в Сансе.
Очевидно, что Папа не остался равнодушным наблюдателем данных происшествий и жалоб, которые он получил. Он также осознавал трудности столь деликатной ситуации. 7 мая 1167 года он ограничил власть легатов и приказал им не ехать в Англию, пока не произойдет полное примирение между Генрихом и Бекетом. Это, в сущности, не давало им возможности исполнять судейские обязанности. Из-за германского вторжения в Италию и кампаний Генриха, только в ноябре 1167 года во Франции состоялись переговоры с королем, Бекетом и некоторыми из английских епископов. Однако вскоре стало ясно, что ни одна сторона не желает идти на уступки. Поскольку легаты более не были уполномочены разбирать данное дело, а обращение короля казалось весьма пугающим, они уехали, не завершив свою миссию, и доложили о поездке Курии. Легаты, однако, привезли с собой повторное обращение английских епископов, рассмотрение которого упомянутая миссия временно приостановила. Обновленное обращение было представлено Фолиотом от имени других священников как протест против несправедливых действий архиепископа.
Таким образом, до конца 1167 года и начала 1168 года Александр и Курия были отягощены проблемами. Папа теперь осознавал, что уступки одной стороне лишь приводили к большим трудностям в переговорах с другой. Более того, сейчас он переживал неудачу своих собственных посреднических усилий, разделение в Курии и ухудшение отношений с обеих сторон в споре. Кроме того, император двинулся с войсками на юг, и временное перемирие, заключенное между Генрихом и Людовиком, почти истекло. Посланники продолжали прибывать в Курию, при этом послы английского короля, как обычно, хорошо были снабжены золотом и, очевидно, все еще могли оказывать влияние на некоторых из кардиналов. Один или два из них, видимо, настаивали на переводе Бекета во французскую епархию или, по крайней мере, на дальнейшем временном отстранении его от власти.
Папа не пошел на такие меры. Но он был настроен сохранить саму возможность переговоров. В апреле 1168 года он наконец ответил Фолиоту и другим английским епископам, порицая их, хотя и не сурово, за небрежность, но не за неповиновение, и освобождая их от выполнения апелляции прошлого ноября, поскольку они более не проявляли желания спешить в этом деле. В том же месяце он адресовал письмо Генриху, снова настаивая на урегулировании разногласия и представляя подателей письма: епископа из Белли и Базилия, картезианского приора.
Более важный шаг последовал в мае 1168 года, когда Папа отослал два письма, что породило временную заминку в ожидании дальнейшего обращения. Одно письмо, обещавшее освобождение от осуждения Бекета при условии примирения, было адресовано королю. Очевидно, выдвижение требования данной уступки было подчеркнуто в аудиенции, которую втайне Папа дал английским посланникам. Второе письмо было направлено Бекету, информируя архиепископа о том, что его власть была приостановлена до начала следующего Великого поста (1169 г.), пока не совершится примирение. Поэтому Папа ограничил определенным сроком прекращение власти архиепископа.
