Папа никогда не желал остаться во Франции дольше, чем это было необходимо. Более того, с ноября 1164 года король Людовик предоставлял убежище другому беглецу, Томасу Бекету. Вероятность дальнейших международных осложнений и разногласий увеличивались постоянно с этого времени, в связи с чем думы Александра сосредоточивались на Риме. К счастью, благоприятный поворот в развитии политического курса Рима привел к отправке посланников в Сане с приглашением Папе вернуться в собственный город. После переговоров с кардиналами и французским духовенством Александр посоветовался с королями Англии и Франции. Они не убеждали его остаться.

Без сомнения, осознавая грядущие трудности, хотя и всецело убежденный в том, в чем находились его долг и максимальное благо для Церкви, Александр вернулся в Рим. Пасха, которая пришлась на 14 апреля 1165 года, была отпразднована в Сансе. Оттуда Папа двинулся в Париж, чтобы попрощаться с Людовиком VII. Повернув на юг, папские сопровождающие достигли Буржа 28 апреля, где Александра приветствовал Томас Бекет, которого Папе никогда не суждено было увидеть вновь. Затем Папа отправился в Клермон, куда он прибыл 25 мая, сделав остановку на месяц. В Ле-Пюи Александр приветствовал Конрада Майнцского, который, оставив креатуру императора, признал Александра, став при этом беглецом. На два месяца Папа задержался в Монпелье, пока проходили переговоры о найме кораблей. В конце концов 22 октября Папа со своей свитой отчалил от Магьо, расположенного вблизи Магелона, и после нелегкого плавания достиг Мессины в Сицилии. Король Вильгельм I организовал Папе теплый прием, хотя сам не приехал, чтобы лично встретить его. Когда Александр был готов возобновить свое путешествие, король предоставил ему пять галер (при этом одну из них окрасили в пурпурный цвет), которые должны были доставить Папу и его сопровождение через Салерно и Гаэту в Остию. 22 ноября галеры вошли в устье Тибра. На следующий день 23 ноября 1165 года Римский сенат и делегация граждан Рима встретили Папу и сопроводили его в Рим в Латеранский дворец.

С точки зрения самого факта, возвращение Александра в Рим не оправдало тех надежд, какие у него были вызваны первым сердечным торжественным приветствием римских граждан. Кроме того, маневры императора близ Сен-Жан-де-Лона, и временное пребывание папы во Франции означали, что конфликт не был урегулирован. 20 апреля 1164 года Виктор IV умер в Италии, куда он последовал за имперским канцлером, Рейнальдом Дассельским. Несмотря на энергичные усилия канцлера, делавшего все возможное, чтобы укрепить положение Виктора, оно оставалось столь слабым, что оказалось трудно найти священников, желающих провести похороны отлученного от Церкви. С другой стороны, новости о смерти анти-Папы так переполнили радостью Курию, что Александру, отличающемуся традиционной сдержанностью, пришлось умерять веселье кардиналов. Он, по-видимому, искренне оплакивал смерть старого товарища.

Надежды тех, кто полагал, что со смертью Виктора схизме придет конец, тотчас же были разрушены. Рейнальд Дассельский, действуя быстро и, возможно, по собственной инициативе, протолкнул через выборы другого антипапу как раз в день похорон Виктора. Два кардинала, небольшая группа германских священников и префект Рима собрались вместе в Лукке, предложив на роль Папы своего ставленника, архиепископа Льежа Генриха. Поскольку Генрих отказался от участия в выборах, Ги из Кремы, кардинал церкви св. Кайикста, имперский приверженец со времени папы Адриана IV, был избран и возведен на престол под именем Пасхалия III. Фридрих Барбаросса признал его Папой немедленно.

Тем не менее даже на имперской территории выборы Пасхалия вызвали иную реакцию священнослужителей, отличную от той, которая характеризовала ситуацию с Виктором пятью годами раньше. В Италии, хотя все родственники Александра Мужского пола подверглись изгнанию, семейная собственность конфискована, а епископы – сторонники Александра высланы, вместо которых на должности были введены сторонники Пасхалия, сопротивление имперскому давлению продолжалось. Архиепископ Пизы предпочел скорее бежать, нежели уступить, а народ и духовенство города остались верны Александру, несмотря на лояльность консулов императору. Епископы из Бергамо и Лоди выказали свою приверженность императору, но Сир, архиепископ Генуи, и его преемник вновь подтвердили, что истинным Папой полагают Александра, так же поступили патриархи Градо и Аквилеи. Позиции Пасхалия были довольно непрочными и в Бургундии, связи которой с Францией, как мы видели, оказывались более насущными и им придавалось большое значение, нежели связям с Империей. Собор, проведенный Рейнальдом во Вьенне, не только не смог обеспечить общую поддержку Пасхалию, но, напротив, показал готовность некоторых епископов отлучить его от Церкви.

Более того, даже в самой Германии стало очевидным движение, направленное в поддержку Александра. Несмотря на то, что Виктор получил широкое признание, а твердость Александра и его нежелание идти на компромисс оказывались непонятыми, избрание Пасхалия разочаровало многих германских клириков. Столь влиятельный человек, каким был Герхох из Райхерсберга, лояльный подданный императора и знаменитый автор, описывающий отношения светской и духовной власти, начал проявлять некоторые сомнения после того, как Александр получил признание западных королей. Таким образом, когда Фридрих, какими бы ни были его первоначальные намерения, энергично поддержал кандидатуру, предложенную своим канцлером, многим стало казаться, что именно император или, возможно, его канцлер, но не Александр, проявляли нерациональную бескомпромиссность.

Сложившаяся атмосфера сохранилась и превалировала в Германии даже после смерти Эберхарда Зальцбургского (лето 1164 года), и затем Гартмана из Бриксена. Преемник Эберхарда, Конрад, епископ Пассау, хотя и был ранее викторианцем, получил место при условии, что не признает Пасхалия. Возможно, что на него повлиял Герхох. В любом случае, Конрад сохранял свое обещание, даже несмотря на то, что император отказался подтвердить его полномочия.

Наиболее серьезное поражение антипапе нанес именно Конрад, избранный архиепископом Майнца и являвшийся братом пфальцграфа Оттона Виттельсбаха. Хотя Конрад своим постом был обязан Фридриху и император поддерживал его кандидатуру перед кандидатурой Христиана из Буха, он, служа каноником в Зальцбурге, попал под влияние архиепископа Эберхарда. Вскоре после своего возвышения до поста в Майнце Конрад начал проявлять колебания, и император не мог более всецело полагаться на него. В целом то же самое можно сказать об архиепископе Гиллине Трирском и, по иронии судьбы, Вихмане Магдебургском, чье продвижение к своему посту привело к первой серьезной размолвке Фридриха с папством. Более того, некоторые епископы, слишком осторожные или слишком испуганные, чтобы заявить об открытой поддержке Александра, все-таки проявили нежелание подчиниться Пасхалию, что явно продемонстрировало слабость последнего имперского ставленника. Вопрос о признании рукоположении, произведенных схизматиками, что подверглось особому осуждению на Соборе в Туре, тревожил многих, в связи с чем многие священнослужители преднамеренно отложили свои посвящения, в том числе, что представляется довольно странным, Рейнальд Дассельский, в то время ставший архиепископом Кёльна.

Очевидный успех партии Александра в Германии встревожил императора, и действия против него, которые предпринял Фридрих, показали, что последний представлял, какой сильный вызов его собственным позициям германского императора был брошен Папой. Возможно, под влиянием Рейнальда император намеревался перейти в споре от разногласий по выборам до обсуждения более серьезного вопроса о позиции императора в отношении церковных дел в Империи. В любом случае Фридрих, который до настоящего времени проявлял разумное терпение по отношению к германскому епископату, а порой и нерешительность в определении своей собственной позиции, теперь решил окончательно взять на себя некоторые обязательства в отношении германской Церкви. Поставив всю мощь Империи в поддержку Пасхалия и используя силу, если это было необходимо, он надеялся восстановить единство германской Церкви. Чтобы окончательно определить те меры, которые должны были способствовать проведению данного решения в жизнь, Фридрих созвал имперский съезд в Вюрцбурге.