По всей видимости Миронов, открыто критиковавший Руденко, уже успел подготовить соответствующую почву у первого секретаря ЦК КПСС. Как известно, Никита Сергеевич отличался безапелляционностью во взглядах: «сказал, как отрезал». По словам Теребилова, длительное время работавшего в органах прокуратуры, в том числе и в центральном аппарате, Роман Андреевич Руденко «немного побаивался Хрущева в связи с его неудержимыми и непредсказуемыми всплесками государственной деятельности».
Как вспоминает Тюрин, Хрущев «со свойственной ему эмоциональностью и простотой» на одном из съездов колхозников, когда некоторые делегаты посетовали, что, дескать, прокуроры «вмешиваются» в колхозные дела, категорически заявил, что прокурору в колхозе делать нечего.
Конечно, такое заявление первого секретаря ЦК КПСС и председателя Совета Министров (им он стал в марте 1958 года) создало определенные трудности в прокурорском надзоре за соблюдением законов в колхозах, но Руденко смог дипломатично разрешить эту проблему.
Вскоре после критики Генерального прокурора на партийном собрании в аппарате начали происходить некоторые кадровые перестановки. Второй человек в Прокуратуре СССР А. Н. Мишутин вынужден был уступить свой пост — 55-летнему военному прокурору Московского военного округа генерал-майору юстиции М. П. Малярову. Приказом Министра обороны СССР Маршала Советского Союза Р. Я. Малиновского Маляров был откомандирован в распоряжение Генерального прокурора, оставаясь в кадрах Советской армии (уволен с военной службы в запас 16 марта 1968 года приказом министра обороны СССР Маршала Советского Союза А. А. Гречко).
«Ни для кого не было секретом, что это была креатура самого Миронова, который знал Малярова по совместной работе в Ленинграде. Было очевидно, что это было сделано с далеко идущим прицелом», — вспоминал Тюрин. Заметим, что Маляров в 1950—1955 гг. был военным прокурором Ленинградского военного округа, а затем в течение последующих двух лет — начальником следственного управления КГБ при Совете Министров СССР.
Маляров был своеобразным человеком, и отношение к нему в прокуратуре было двойственное. Характерна и такая деталь. Незадолго до назначения его первым заместителем Генерального прокурора (в январе-феврале 1964 года) деятельность прокуратуры Московского военного округа подверглась глубокой проверке бригадой Союзной Прокуратуры, которую возглавлял заместитель Генерального прокурора Н. В. Жогин. Проверяли, конечно, не только прокуратуру этого округа, но и деятельность всей Главной военной прокуратуры. Претензий к Малярову было много. Когда же Маляров поднялся несколько выше Жогина, то попытался «подмять» его под себя, но это у него не получилось. Жогин оказался «крепким орешком», сам не раз переходил в наступление, открыто возражал ему на заседаниях коллегии. «Мы были постоянными свидетелями «пикировки» Жогина и Малярова», — рассказывал Тюрин.
Михаил Петрович Маляров родился в 1909 году на Украине, в городе Гадяч Полтавской губернии в семье безграмотного рабочего-портного. В 1917 году он начал посещать церковно-приходскую школу, но через несколько лет учебу оставил из-за отсутствии средств. В 1923 году пошел работать по найму, был портным вначале в Гадяче, а затем на швейной фабрике в Харькове. В 1930 году поступил во Всеукраинский коммунистический институт советского строительства и права. После окончания его стал политинспектором Харьковского областного отдела исправительно-трудовых работ, а в 1935 году был призван в Красную армию, однако прослужил в армии менее года и в 1935 году получил должность военного следователя в Житомире. В последующие годы был военным следователем военной прокуратуры погранвойск в Туркменской ССР, военным прокурором 4-го отдела Главной военной прокуратуры. Во время Отечественной войны занимал должности военного прокурора мотострелковой дивизии, заместителя военного прокурора и военного прокурора армии. После войны он возглавил 3-й отдел 1-го управления Главной военной прокуратуры, был военным прокурором советской военной администрации в Германии, Ленинградского военного округа, некоторое время служил в КГБ, а затем вернулся в Главную военную прокуратуру, вначале старшим помощником прокурора, а затем военным прокурором Южной группы войск и Московского военного округа.
В характеристиках и аттестациях Малярова неизменно отмечался его высокий профессионализм, служебная хватка, твердость в отстаивании своего мнения. Но в то же время подчеркивалось, что он был «самолюбив и обидчив, слегка вспыльчив». Были сигналы о том, что работая начальником 3-го отдела Главной военной прокуратуры и выступая по делам на заседаниях Военной коллегии Верховного суда он ведет себя иногда нетактично, грубит членам коллегии, «отстаивает свои явно неправильные предложения по кассационным делам». Автор «анонимки» (письмо не было подписано, но тогда они все-таки проверялись) считал, что Маляров «не соответствует занимаемой должности и подлежит снятию с работы». Между тем проверка показала, что эти выводы неправильны. О Малярове хорошо отзывался председатель Военной коллегии Ульрих (его похвала сейчас звучит зловеще), а также члены коллегии Матулевич, Дмитриев и другие. Чем же был недоволен автор, не подписавший письмо? Оказывается, Маляров предложил Военной коллегии прекратить дело в отношении Еремина, обвиненного по статьям 58-1 «б» (измена Родине, совершенная военнослужащим) и 58-14 (контрреволюционный саботаж), караемые высшей мерой наказания, в связи с недоказанностью обвинения. Коллегия на это не пошла, но срок наказания снизила до 5 лет. В другой раз Маляров настаивал на прекращении уголовного дела по указанным выше статьям в отношении Буряка, и Военная коллегия с ним согласилась. Учитывая, что эти события относились к 1945—1946 гг. следует признать, что Маляров достаточно мужественно отстаивал свое мнение.
Приведем свидетельство Тюрина из его книги «40 лет в Прокуратуре СССР»: «К Малярову в аппарате было разное отношение. Его «свободную» речь не раз останавливал Руденко. Так, когда он однажды на заседании коллегии, выражая неудовольствие устаревшей, по его мнению, прокурорской формой, назвал ее «устаревшими штанами», Руденко его оборвал и заметил, что это государственная форма и о ней надо говорить с уважением.
Многие в аппарате были недовольны его твердостью и категоричностью в принятии решений, частым несогласием с мнениями и заключениями по конкретным делам, отказам подписать проект протеста и т. д. Но я к этому относился с пониманием. Он — руководитель, имеющий право по закону принимать решение, и если он его принял, то это его дело и его право. Он берет на себя ответственность за принятое решение. Важнее было другое — он никогда не отказывался от принятого решения и, что очень важно, свое решение фиксировал письменно».
Как сложилась бы дальнейшая судьба Руденко, да и Малярова, которого явно прочили на его место, сказать трудно. Только в 1964 году события резко изменились. 19 октября трагически погиб Миронов, а за несколько дней до этого, 14 октября на известном заседании Пленума ЦК партии был освобожден от должности первого секретаря ЦК Н. С. Хрущев. Центральный Комитет компартии возглавил Леонид Ильич Брежнев, с которым у Руденко были неплохие отношения. По словам Теребилова, Руденко «симпатизировал Л. И. Брежневу за его внешне демократическую манеру общения».
Маляров прослужил в должности первого заместителя Генерального прокурора СССР десять лет и, пройдя школу Руденко, многому научился у него. В 1965 году он стал кандидатом юридических наук.
