Одним из них Руденко признал «неустойчивость» судебно-прокурорской практики, когда допускались ничем не оправданные крайности: от применения лишения свободы за все преступления, в том числе и за малоопасные, до либерального отношения к лицам, совершившим тяжкие преступления. Прокуроры все еще недооценивали предупредительное и воспитательное значение публичных судебных процессов, проводимых на предприятиях и в организациях, с участием общественных обвинителей.
Основное же острие своих критических стрел в этом приказе Руденко направил на работу следственного аппарата, органов дознания и розыска, назвав ее «особенно неблагополучной». Волокита, низкое качество расследования, неполная раскрываемость преступлений, необоснованные аресты и осуждения граждан, разобщенность в действиях органов прокуратуры и МВД как в центре, так и на местах, попустительство местничеству — далеко не полный перечень промахов и упущений, присущих, по мнению Генерального прокурора, следственной работе.
Досталось не только прокурорам на местах, но и работникам аппарата Прокуратуры СССР, где живая организаторская работа нередко подменялась составлением различного рода общих директив, многочисленных заданий, проведением так называемых комплексных ревизий, которые сводились с собиранию разного рода справок и сведений. Руденко признал, что отделы и управления Прокуратуры СССР и прокуратур союзных республик «запоздало реагируют на недостатки и ошибки в судебно-прокурорской практике, несвоевременно дают разъяснения по актуальным вопросам прокурорской деятельности, не проявляют должной инициативы в постановке важных общегосударственных вопросов дальнейшего укрепления законности и усиления борьбы с преступными проявлениями».
Поскольку этот приказ был издан 30 июня 1962 года, то есть почти сразу же после проведенного в мае совещания руководящих работников республиканских органов прокуратуры и суда, где всесторонне были обсуждены меры по устранению недостатков, имеющихся в работе органов прокуратуры и суда, Руденко обстоятельно изложил в нем все основные требования. В числе прочих он потребовал от прокуроров союзных и автономных республик, краев, областей, городов и районов устранить разобщенность в деятельности органов прокуратуры, суда и МВД по борьбе с преступностью. Систематически совместно обсуждать состояние преступности и определять конкретные меры по координации следственных и розыскных действий. Тщательно разбираться в причинах каждого случая волокиты в расследовании и содержании обвиняемых под стражей свыше установленного законом срока, строго взыскивая с виновников этих нарушений.
Не забыл Генеральный прокурор и другие участки прокурорского надзора: рассмотрение в судах гражданских дел и т. п. При их осуществлении он потребовал устранить из практики прокуратуры случаи вмешательства в хозяйственную деятельность предприятий, организаций, колхозов, не подменять контрольно-ревизионных органы.
В июле 1963 года исполнилось десять лет пребывания Романа Андреевича Руденко на посту Генерального прокурора СССР. У него был уже высокий авторитет среди партийных и общественных деятелей страны, не говоря уже о правоохранительной сфере, органах прокуратуры и суда. В соответствии с Конституцией 1936 года и Положением о прокурорском надзоре Генеральный прокурор назначался Верховным Советом СССР сроком на семь лет, поэтому шел уже второй конституционный срок его службы. Казалось бы, положение его было незыблемым. Однако неожиданно над головой Руденко начали сгущаться тучи, не предвещавшие ему ничего хорошего.
Конечно, утверждение кандидатуры Генерального прокурора на сессии Верховного Совета было, в некотором роде, делом формальным. Всем было хорошо известно, что министр и другие руководители ведомств всегда выдвигались на свои посты Центральным Комитетом компартии, а уж такие ключевые фигуры, как Генеральный прокурор СССР, — непременно первыми лицами государства. Поэтому ждать неприятностей Руденко мог только со стороны партийной власти. Хотя Роман Андреевич был вхож к Хрущеву, и они хорошо знали друг друга еще по совместной работе на Украине до войны и во время войны, все же нельзя не признать, что во многом мнение первого секретаря ЦК партии о прокурорской системе формировалось его окружением. Во времена Хрущева в прокурорской среде ходил слух о том, каким образом были отменены пресловутые согласования арестов членов партии, совершивших преступления, с секретарями партийных комитетов. Одна из дочерей Хрущева окончила юридический факультет и работала простым следователем. Однажды она пожаловалась отцу на то, что ей пришлось долго торчать в райкоме партии, согласовывая арест какого-то преступника, носившего партбилет. Эмоциональный Хрущев сразу же сказал, что это безобразие, и что такой порядок согласования негодный. Вскоре он был отменен.
В период расследования дела Пауэрса Руденко неоднократно докладывал лично Хрущеву все перипетии следствия. В какой-то мере это оказало благотворное влияние на положение органов прокуратуры, так как в то время затевалась какая-то неясная их реорганизация в недрах ЦК, к которой был причастен и заместитель Генерального прокурора. Обойдя Руденко, он вошел туда предложениями, суть которых сводилась к децентрализации прокуратуры, ликвидации ее следственного аппарата и т. п. Руденко удалось убедить Хрущева в необходимости сохранения прокуратуры в том виде, как она есть. Кудрявцев же лишился своего поста и был направлен на работу прокурором Казахской ССР.
Немаловажную роль в формировании того или иного облика руководителей Союзной прокуратуры у Хрущева играл отдел административных органов ЦК партии, который в то время возглавлял Николай Романович Миронов. Начинал он свою работу на низовых должностях в комсомоле и партии, служил в органах МГБ — КГБ, хорошо знал работу правоохранительных органов, в том числе и прокуратуры. Во второй половине 50-х — начале 60-х гг. он много внимания уделял вопросам реабилитации невинно пострадавших людей. Часто выступал в печати относительно укрепления законности и правопорядка. Ему прочили пост секретаря ЦК КПСС.
На одном из партийных собраний аппарата Прокуратуры СССР, присутствовал Миронов и после доклада Генерального прокурора, он подверг критике Романа Андреевича.
Предоставим слово участнику этого собрании С. В. Тюрину: «Мы привыкли к тому, что представители ЦК, присутствовавшие тогда на партийных собраниях, обычно отмалчивались, если же и выступали, то критиковали Прокуратуру СССР вообще. Мы никогда не слышали, чтобы критика касалась непосредственно кого-либо из руководства Прокуратуры СССР. Очевидно, тогда это было не принято. И вдруг слышим, как заведующий отделом административных органов начинает критиковать не только аппарат Прокуратуры СССР, но и самого Генерального прокурора СССР. Для нас это было непривычно, чувствовалось, что такой оборот оказался неожиданным и для самого Руденко. Обычно уверенный в себе, он в своем заключительном слове вдруг потерял уверенность, был явно растерян. Ведь критика эта с «той» стороны всегда воспринималась очень серьезно, потому что после такой критики, как правило следовали оргвыводы... Критику Мироновым Генерального прокурора СССР мы... восприняли очень серьезно и, прямо скажем, с тревогой. Мы поняли, что между ними возникли серьезные расхождения».
Сейчас трудно сказать, в чем конкретно заключались эти расхождения, но по всей видимости, так считает Тюрин, речь шла о различных взглядах на координацию деятельности правоохранительных органов. Миронов появился в ЦК в 1962 году, когда была уже принята Программа КПСС, которая выдвинула известный лозунг, долгое время потом красовавшийся на главном павильоне Выставки достижений народного хозяйства: «Партия торжественно провозглашает, что нынешнее поколение советских людей будет жить при коммунизме». Этот волюнтаристский лозунг уже тогда вызывал тайные усмешки у многих членов партии, но, конечно, никто его открыто не опровергал. Потом он «тихо» исчез из Программы партии, как будто его и вовсе не было. Не менее волюнтаристской была и другая поставленная партией задача — ликвидировать преступность. За решение этой «эпохальной» задачи и взялся рьяно Миронов, а подыгрывал ему тогдашний Министр внутренних дел СССР Н. А. Щелоков. Победить преступность можно было только одним способом — не регистрировать преступления вовсе. Но на пути стояли работники прокуратуры и Генеральный прокурор, требовавший от своих подчиненных решительно пресекать практику сокрытия преступлений от учета. Чтобы «повязать» прокуроров, им всячески навязывалась роль главного координатора по борьбе с преступностью. Руденко не выступал против координации органов прокуратуры с судами и МВД, о чем он писал в своих приказах, один из которых мы уже приводили, но и не относился к ней упрощенчески, как это делал Миронов.