У восточных славян цветок иван-да-марья являлся символом купальских празднований. Во многих местностях у русских он известен также под названиями «цветок Купалы», «купавка»,

«купальница», «Иваньковский цвет». Белорусы называют его «брат и сестра» и «цветок плача», а украинцы — «братками».

Происхождение этого цветка у восточных славян и некоторых народов, соседствующих с ними — поляков, литовцев, связывается с фольклорным мотивом наказания брата и сестры за инцест — кровосмесительный брак. Так, у русских известно поверье о превращении брата и сестры, вступивших в запретную связь, в цветок, который, соответственно их именам — Иван и Марья, так и стал называться иван-да-марья. У украинцев и поляков широко распространены легенды с близким сюжетом: брат и сестра, разлученные в детстве, долго ходили по свету, а встретившись, не узнали друг друга, поженились и лишь позже узнали, что они брат и сестра. От стыда и горя они превратились в траву, цветы которой — синего и желтого цвета. В фольклоре всех восточных славян встречаются баллады и песни, в которых рассказывается о том, что брат и сестра едва не поженились или уже повенчались, но перед брачной ночью узнали о своем родстве:

Эти баллады чаще всего использовались в качестве купальских песен. Невольное нарушение брачного запрета, встречающееся в обрядовых песнях на этот сюжет, соотносится с бытовавшими в народе рассказами о том, что в купальскую ночь в древние времена снимались запреты на любовные отношения между всеми мужчинами и женщинами. Этим обычаем объясняется и тот факт, что инцестуальные мотивы являются наиболее частыми именно в купальских песнях. Широко был распространен, например, купальский песенный сюжет о брате, который хочет убить свою сестру-соблазнительницу. В другой песне делается акцент на том, что инициатива в предложении инцеста принадлежит сестре:

В этой песне содержится архаичный мотив разгадывания загадок космогонического характера (в данном случае разгадка — камень, сажа, вода), который в мифопоэтических текстах имеет отношение к теме испытания на знания, свидетельствующие о готовности к браку.

Сопоставив фольклорный и обрядовый материал восточных славян с мифологиями других народов, исследователи пришли к выводу, что в основе легенд, поверий, купальских песен об инцесте, в том числе и текстов о происхождении цветка иван-да-марьи, лежит архаичный миф о близнецах, один из которых — Иван — связан с жизнью и огнем, а другой — Марья — со смертью и водой. Их отношения в обрядовых песнях соотносятся с древним мотивом брачного поединка огня и воды, то есть именно тех противостоящих друг другу природных стихий, которые имели первостепенное значение в купальской обрядности.

Песни о происхождении цветка иван-да-марьи, связанного с нарушением брачного запрета между братом и сестрой, исполняли в купальскую ночь, пока не сгорало колесо и не затухал обрядовый костер.

В украинских поверьях этот цветок является символом спасения от любви людей, близких по крови. У русских иван-да-марью наряду с некоторыми другими травами использовали для изготовления венков — девичьих головных уборов купальского праздника. Бросая эти венки в воду, девушки гадали о своей судьбе: если венок прибьется обратно к берегу, значит, в этом году остаться в девушках; уплывет к другому берегу — к замужеству; ну, а если венок потонет — гадающую ждет смерть. В Санкт-Петербургской губернии девушки, совершая ритуальное омовение в день Ивана Купалы, входили в воду с цветами иван-да-марьи и отпускали их: если цветок тонул, это предвещало смерть.

Как и другие травы, цветок иван-да-марья в день летнего солнцестояния, когда природа достигала наивысшего расцвета, обладал, по народным представлениям, магической силой, которой крестьяне старались успеть воспользоваться. Повсеместно в день Аграфены Купальницы и Ивана Купалы в лесах и полях собирали травы и цветы. Как правило, за ними отправлялись девушки и молодки — вышедшие замуж в текущем году. В Псковской губернии они, ходили по полю в «рядок» — взявшись за руки, пять-шесть человек — и, собирая растения, обязательно пели:

В некоторых местах вместе с девушками за травами ходили и парни. Растения, среди которых цветок иван-да-марья встречался наиболее часто, приносили в деревню большими охапками. Их рассыпали по полу в храмах, жилищах и по земле во дворах, клали к окнам и около икон. Эти растения считались и лучшим средством от различных неприятностей. Во время грозы сохраненную травку бросали в печь, чтобы уберечь дом от ударов молнии, то есть от стихии огня. Цветок иван-да-марья, сорванный в купальскую ночь, клали в углы избы: по поверьям, это помогает избежать кражи. Вор не войдет в дом, где есть иван-да-марья, потому что «брат с сестрой будут говорить; вору будет чудиться, что говорит хозяин с хозяйкой». В белорусской традиции этот цветок — «брат-сестра» — использовали как целебное средство: купальским утром его давали коровам, чтобы были благополучны. Здесь же считали, что он помогает от кашля. В Полесье вплоть до второй половины ХХ века с этой же травой, называемой здесь «братками», купали детей, чтобы они хорошо спали.