На престол садится его сын Федор Иванович, известный в романовской истории как второй сын Ивана Грозного.

Таким образом, вместо одного царя Ивана Грозного, которого мы хорошо знаем по традиционной истории, существовали 4 самостоятельных государя: Иван IV (1547–1553), Дмитрий Иванович (1553–1563), Иван Иванович (1563–1572) и Симеон, сын Ивана III.

Традиционная версия истории говорит, что, по легенде, Годуновы происходили от татарского князя Чета, приехавшего на Русь во времена Ивана Калиты. Эта легенда занесена в летописи начала XVI века. По государеву родословцу 1555 года, Годуновы ведут свое происхождение от Дмитрия Зерна. Им был, по всей видимости, костромской вотчинник (При всей обоснованности этой точки зрения не исключается, что какая-то доля правды содержится и в легенде о Чете. Ведь не случайно родоначальники отдельных ветвей потомков Чета носили имена татарского происхождения (Сабур, Годун).).

Отец Б. Ф. Годунова умер в конце 60-х годов. Сын стал опричником. Был женат на дочери царского любимца Малюты Скуратова. С начала 1570-х годов начинается возвышение Годуновых. Сам Борис Федорович, хотя и стал боярином в сентябре 1580 года, но в круг близких царю Ивану Грозному людей еще не входил. По крайней мере, на свадьбе царя с Марией Нагой (ноябрь 1580 года) он удостоился быть лишь «дружкой» царицы. Зато показательна возросшая роль семьи: на этой свадьбе присутствовал целый клан Годуновых. Они медленно, но верно поднимались по иерархической лестнице: в конце 1570 — начале 1580-х годов они выиграли сразу несколько местнических дел, обретая довольно прочное положение среди московской знати.

Годунов был умен и осторожен, стараясь до поры до времени держаться в тени. На его сестре Ирине женат был сын царя, Федор. Как считает А. Л. Юрганов, возвышение Годунова — плод исторической случайности и одновременно проявление общей закономерности саморазвития русского общества. Так и остался бы Борис в истории одним из многих Годуновых, если бы 9 ноября 1581 года в Александровской слободе не произошла ссора царя с сыном Иваном. Грозный ударил его посохом и попал в висок, а через десять дней (19 ноября) царевич умер. Со смертью Ивана Ивановича наследником престола стал Федор.

До 1584 года Годунов не был близок к царю. Однако некоторые поступки и замыслы Грозного коренным образом затрагивали интересы Годуновых, особенно Бориса: царь хотел жениться на Марии Гастингс, родственнице английской королевы Елизаветы, и развести Федора с бездетной Ириной Годуновой. В последний год жизни царя Борис Годунов обрел большое влияние при дворе. Вместе с Б. Я. Вельским он стал одним из приближенных людей Ивана Грозного. Не вполне ясна роль Годунова в истории смерти царя. 18 марта 1584 года Грозный, по свидетельству Д. Горсея, был «удушен». Не исключено, что против царя был составлен заговор (Антрополог М. М. Герасимов, изучавший останки царя, отверг версию об удушении. Во всяком случае, именно Годунов и Вельский находились рядом с царем в последние минуты его жизни, они же с крыльца объявили народу о смерти государя.).

На престол взошел Федор Иванович. Новый царь был не способен управлять страной и нуждался в умном советнике. За право быть выразителем интересов нового монарха разгорелась острая борьба, и из нее Борис вышел победителем. 14 лет занимал престол Федор, по крайней мере 13 из них фактическим правителем был Годунов.

Путь к трону для Годунова был нелегким. В удельном городе Угличе подрастал наследник престола Дмитрий, сын шестой жены Ивана Грозного. 15 мая 1591 года царевич при невыясненных обстоятельствах погиб. Официальное расследование проводил боярин В. И. Шуйский. Стараясь угодить Годунову, он свел причины случившегося к «небрежению» Нагих, в результате чего Дмитрий случайно заколол себя ножом, играя со сверстниками. Царевич был тяжело болен «падучей» (эпилепсией).

6 января 1598 года умер царь Федор, а 17 февраля земский собор избрал на царство его шурина Бориса Годунова. Его поддержали, потому что деятельность временщика высоко оценивалась современниками.

Эта версия вызывает определенные вопросы у специалистов по новой хронологии. В традиционной историографии Борис Годунов был братом Ирины Годуновой, жены Федора.

При блаженном Федоре заправлял делами ее брат — Федор Борисович Годунов. Сам Борис Годунов был якобы сыном никому не известного помещика Федора Ивановича. Он даже не вошел в списки «тысячи лучших слуг», включавшие весь цвет тогдашнего дворянства. Таким образом, по неизвестным причинам «худородная» Ирина Годунова становится женой царя. Непонятно также, каким образом Ирина Годунова воспитывалась с 7 лет в царских палатах. И как Борис подростком оказался при дворе. Непонятно, почему еще при жизни Федора иностранцы называли его государем, царем. Почему английская королева в письмах называла Годунова «любимым кузеном».

Новая хронология рисует новую картину происходящих событий. Федор Иванович, вступивший на престол, был чрезвычайно религиозным царем. Он был женат на Ирине Годуновой. От этого брака у них родился сын, будущий царь Борис Годунов. Борис, соответственно, был внуком Симеона — Ивана, то есть продолжателем старой Ордынской династии.

Еще при жизни отца (царя Федора) Борис (Годунов по матери) уже именуется царем и фактически выполняет царские обязанности, принимает послов. Следовательно, Борис Годунов был не братом Ирины, как утверждает официальная история, а ее сыном.

При Годунове семья бояр Романовых подвергалась преследованиям. Братьев Романовых, например, обвинили в покушении на жизнь царя. За это Федора Романова постригли в монахи и заточили в отдаленный северный монастырь (хотя за это полагалась смертная. казнь). Его младших братьев отправили в ссылку. Александр, Михаил, Василий Романовы умерли в изгнании. Как пишет историк Р. Г. Скрынников, «царь подверг подлинному разгрому романовскую партию в боярской Думе…».

Умирая, царь Федор завещал царство царице Ирине и сыну Борису. Вскоре Ирина уходит в монастырь и вся власть переходит к Борису «Годунову».

Но сразу же с приходом его к власти прозападная партия Романовых вновь начинает борьбу за власть. С этой целью они устраивают побег из монастыря заточенного туда Симеоном Бекбулатовичем сына Ивана Ивановича Дмитрия. В народе сразу был пущен слух, что царевич Дмитрий жив и объявился в Польше.

Дальше известное всем собирание в Польше ополчения для воцарения на русский престол законного царя Дмитрия. Ополчение идет на Москву.

На руку партии Романовых играли стихийные бедствия, пришедшие на Русь. Два года был неурожай. Начался страшный голод, уносивший тысячи людей.

13 апреля 1605 года за обедом царю Борису внезапно становится плохо, и вскоре он умер.

Приносится присяга на верность жене Бориса Марии и его сыну Федору Борисовичу. Войска же под влиянием тяжелого экономического положения, под влиянием партии Романовых отказались принять присягу и перешли на сторону Дмитрия, который уже стоял под Москвой.

В этот момент князь Шуйский заявляет, что Дмитрий — настоящий царь. В Москве начинается бунт. Романовские бояре врываются в царские покои и убивают вдову Бориса и его сына.

В Москве не умолкали слухи о том, что царевич Дмитрий не погиб в Угличе, а чудом уцелел.

Московское правительство, встревоженное вестями о появлении самозваного царевича, объявило, что под личиной «Дмитрия» скрывается беглый чудовский монах Григорий Отрепьев.

Впервые Годунов назвал Дмитрия «Гришкой Отрепьевым» в январе 1605 года, когда он со своими отрядами находился в пределах России.

Рано лишившись отца, Юрий Отрепьев поступил на дворовую службу к Михаилу Никитичу Романову, а от него перешел во двор к боярину князю Борису Камбулатовичу Черкасскому. Но Романовы и Черкасские попали под опалу царя Бориса Годунова. Эта опала на бояр едва не погубила и Отрепьева. Спасая жизнь, боярский слуга постригся в монахи. Некоторое время он жил в Суздале и Галиче, а затем перебрался в кремлевский Чудов монастырь, где провел год. Способный юноша сложил похвалу московским чудотворцам Петру, и Алексею, и Ионе. Юный монах быстро воспринял правила монашеской жизни. За это его приметил архимандрит Пафнутий, и Григорий получил чин черного дьякона. Способного юношу отметил и патриарх. Отрепьев покидает архимандричью келью и переселяется на патриарший двор. Отрепьев отличался литературными способностями и умением красиво переписывать книги.