Никто из русских и западноевропейских терапевтов — современников Боткина не создал такую блестящую научную школу, как он.

Белоголовый в своих воспоминаниях пишет: «Если студенты считали за особенное счастье быть слушателями Боткина и гордились своим учителем, то еще более них был счастлив он сам, когда ему удавалось подметить среди них способного юношу, в которого он стремился полнее перелить свои научные заветы и в котором надеялся оставить себе достойного, любящего свое дело, преемника. Таких молодых людей он немедленно приближал к себе, помогал им словом и делом и возбуждал к деятельности, увлекая собственным примером. Несмотря на неизбежные и нередкие разочарования, он не изменил этой живой потребности близкого общения с наиболее талантливыми и трудолюбивыми учениками до последнего времени, отличая их при постоянной смене своих ассистентов, открывал им доступ в свой дом и ко многим привязывался с чисто родительской нежностью».

Окончив курс, бывшие ученики продолжали работу под руководством Боткина. Ближе других с ним были связаны Н. И. Соколов — главный врач Александровской барачной больницы, Н. П. Симановский, ведший кафедру горловых болезней, В. М. Бородулин, заведовавший в клинике женским отделением и работающий ассистентом Сергея Петровича при домашнем его приеме; Бородулин был женат на дочери Сергея Петровича.

Ученики С. П. Боткина заняли профессорские кафедры а Медико-хирургической академии и ряде институтов в Петербурге, а также В Казанском, Варшавском, Харьковском и Киевском институтах. Двадцать из них получили терапевтические кафедры, остальные — кафедры по различным специальностям. Знания Боткина были так широки и разнообразны, что он умел пробудить интерес не только к вопросам терапии, но и к другим. Вот почему из «боткинской школы» вышли такие блестящие специалисты, как Н. П, Симановский и Д. И. Кошлаков, создатели кафедры и клиники уха, горла и носа, Т. Н. Павлов — крупнейший венеролог и дерматолог, выдающийся патолог С. М. Лукьянов и другие.

Историки медицины отмечают, что Боткин первым в России создал научную школу клинической медицины. Предшественники Боткина — великие медики первой половины XIX века Мудров, Дядьковский, Чаруковский, Соколовский и другие — сделали много для развития медицины, но все они были одиночками, ни один из них не смог сплотить вокруг себя группы последователей. «Только Боткину, — пишет его биограф Фарбер, — удалось, говоря языком Тимирязева, вдвинуть русскую медицинскую науку в общеевропейскую семью, удалось потому, что он создал единую научную клиническую школу, самую многочисленную как в России, так и в Европе».

Школа — бессмертие ученого. Как и научные труды, она след, оставленный им в науке. Руководитель школы должен не только иметь ясную собственную дорогу в науке, оригинальность и глубину мышления, но и обладать той широтой натуры, которая, щедро одаряя учеников идеями, в то же время помогает увидеть в каждом из них то самобытное, что сделает его также творцом в науке.

Последние годы Боткин не выезжал за границу. Лето семья проводила в Финляндии. Сергей Петрович косил траву, ухаживал за деревьями и цветами.

Белоголовый писал в своих воспоминаниях; «В домашней семейной обстановке… он был весь нараспашку, с его нежно любящим сердцем, с его неиссякаемым добродушием и незлобивым юмором, и, окруженный своими 12 детьми в возрасте от 30 лет до одногодовалого ребенка, представляется истинным библейским патриархом, дети его обожали, несмотря на то, что он умел поддерживать в семье большую дисциплину и слепое повиновение себе…»

Летом 1886 года в семье Боткина случилось несчастье: умер пятилетний сын Олег. Это был первый сын от второго брака. Смерть сына Боткин перенес очень тяжело. Он писал Белоголовому: «…мы с женой чуяли беду; не высказывая друг другу своих опасений, мы все более и более привязывались к этому гостю между нами. Постоянное чувство страха за его жизнь было так сильно, что я не мог встретить ни одного гроба ребенка, чтобы не вспомнить о Ляле; в прогулках при виде ямы или колодца первой моей мыслью было, где Ляля, как бы он не попал в колодец, и т. п. Всю зиму он провел в нашей спальне и при первом его движении ночью то я, то мать были около него — и сколько любви, сколько сердца давал он нам за это внимание! Сколько нежных, милых слов умел он сказать мне и маме, сколько теплоты умел выразить в течение своей короткой жизни! И от всего этого остались одни только воспоминания!»

В письме Сергей Петрович не рассказывает, что под влиянием этого потрясения у него повторился приступ грудной жабы. Заботясь о жене, которая тяжело переносила их общую потерю, он скрыл от домашних приступ. Через несколько дней началось сильнейшее удушье. А с ним тоска, страх смерти, обрывочные мысли о детях, о незаконченных работах… Воздуху все меньше, и грудные боли все нестерпимее. Стало отдавать в лопатку, тянуть ногу, нестерпимо заболела рука. Самое трудное — отсутствие дыхания, темнело в глазах, выступал пот. Казалось, приближается смерть.

Приступ Сергея Петровича напугал всех и привел в отчаяние Екатерину Алексеевну. Из Петербурга вызвали Сиротинина и Бородулина. Они предписали профессору полный покой, но Сергей Петрович возразил, что у него был просто очередный приступ колик печени, а протек так бурно вследствие нервного потрясения. Он говорил с не свойственным ему раньше раздражением, напомнив, что он все же клиницист старше их годами и опытом.

Сергей Петрович, конечно, понял, что у него был приступ грудной жабы, но он старался себя и других уверить, что его заболевание — просто печеночные колики. В откровенном разговоре со своим другом Белоголовым он как-то сказал: «Ведь это моя единственная зацепка; если у меня самостоятельная болезнь сердца, то ведь я пропал…»

«Когда Боткины переселились в Петербург, — вспоминает Белоголовый, — знакомые, не видавшие его с весны, были поражены происшедшей с ним переменой: он сильно поседел и постарел, и душевное, глубоко затаенное горе, несмотря на самообладание и желание казаться покойным, беспрестанно выдавало себя то дрогнувшим в разговоре голосом, то временным выражением тяжелой тоски на лице; в семье стали замечать некоторую раздражительность, не свойственную его обыкновенно ровному, миролюбивому характеру».

Наступала пора начинать работу в академии. Первый раз Боткин со страхом думал о лекциях, он боялся приступов удушья во время занятий. Ему стало трудно громко говорить, появилась одышка, но Боткин продолжал ходить в аудиторию, в клинику и понемногу втянулся в работу.

В день 1 марта, годовщину смерти Александра II, ежегодно служили панихиду по «в бозе почившему помазаннику божьему». Император Александр III и его семья выезжали в Исаакиевский собор, где высшим духовенством совершалось траурное богослужение. Придворные, крупные государственные чиновники и военные по обязанности присутствовали на панихиде. Досадуя на потерю временя, в этот день у Исаакия бывал и лейб-медик С. П. Боткин.

1 марта 1887 года Сергей Петрович выехал в собор, в притворе и на паперти толпилась петербургская знать. Все были в недоумении: почему государь не прибыл? Разнесся слух: на Невском арестовали двух студентов с бомбами…

4 марта в «Правительственном вестнике» было напечатано о неудавшейся попытке покушения на императора.

Вскоре стали известны имена заговорщиков. Следствие велось быстро. В этот раз не было обычной судебной волокиты. 19 апреля подсудимые были приговорены к смертной казни через повешение. 8 мая во дворе Шлиссельбургской тюрьмы состоялась казнь пяти участников заговора. Среди них был Александр Ульянов.