Подходило к концу первое десятилетие работы Сергея Петровича в клинике Медико-хирургической академии. За эти годы он накопил богатый научный материал. Это был архив клиники, состоявший из работ учеников Боткина. Некоторые из них печатались в «Медицинском вестнике» или в других журналах. Некоторые выходили в заграничной печати, но все это не удовлетворяло Сергея Петровича. Печаталась лишь небольшая часть выполненных работ, он же хотел, чтобы все имеющие серьезное значение исследования учеников увидели свет. Боткин часто и много говорил об этом с Ловцовым, редактором журнала «Архив судебной и общественной гигиены», но тот ничем не мог помочь. На выпуск дополнительного издания не было средств.

Несмотря на стесненность в деньгах, Боткин решил издавать работы учеников на свои средства. Журнал будет называться «Архив клиники внутренних болезней», с этим решением Сергей Петрович однажды пришел в клинику и весело объявил:

— Господа, будем издавать ваши работы. Пишите!

Новость облетела клинику. Решение Боткина внесло оживление в среду врачей.

«Архив клиники внутренних болезней» начал свое существование в 1869 году. Издание продолжалось до 1889 года.

Всего было выпущено 13 томов с работами учеников Боткина.

Сергей Петрович подготовлял к изданию свои лекции, названные им «Курс клиники внутренних болезней».

«Животный организм, находясь под влиянием внешних условий, — писал Боткин в предисловии, — представляет, такие разнообразные проявления своей физиологической и патологической жизни, что не достанет никакой продолжительной деятельности одного врача для того, чтобы познакомиться со всеми разнообразными индивидуальностями. Это обстоятельство в особенности необходимо иметь в виду при клиническом преподавании, которое ограничено весьма незначительным сроком времени. Раз убедившись в том, что учащегося нельзя познакомить в течение клинического преподавания со всеми разнообразными индивидуальными проявлениями жизни больного организма, клиницист-преподаватель ставит себе первой задачей передать учащимся тот метод, руководясь которым молодой практик был бы в состоянии впоследствии самостоятельно применять свои теоретические врачебные сведения к больным индивидуумам, которые ему встретятся на его практическом поприще.

Меня могут упрекать в том, что я весь выпуск посвятил разбору только одного случая, а не представил нескольких историй больных с аналогичными патологическими состояниями; но цель этого издания — не увеличение казуистического материала, а желание сообщить моим товарищам по призванию приемы исследования и мышления, выработанные мною путем долгих клинических и анатом о патологических наблюдений, результаты которых невольно прилагаются к каждому встретившемуся новому случаю».

Боткин стремился, открывая новые факты, систематизировать их, давать на основании изученного новое направление для дальнейших исследований, отыскивать закономерности, находить исключения из этих закономерностей и давать им объяснения. Писал он только после того, когда каждая мысль И факт подтверждались клиническими наблюдениями и экспериментальными данными. Именно поэтому курс лекций Сергея Петровича был подлинно научной работой.

Лекции Боткина сравнивали с лекциями Менделеева, вылившимися в дальнейшем в его «Основы химии».

«Курс клиники» состоял из трех выпусков. Первый выпуск содержал клинический разбор одного случая артериосклероза; второй посвящался детальному клиническому разбору одного случая сыпного тифа; третий выпуск содержал обобщение наблюдений «О сократительности селезенки» и описание случая одностороннего потения лица и шеи, с исследованием на тему «О рефлекторных явлениях в сосудах кожи и о рефлекторном поте».

Первый выпуск «Курса клиники» вышел в 1867 году. Он имел большой успех. Работа С. П. Боткина была переведена на немецкий и французский языки и получила блестящие отзывы со стороны выдающихся терапевтов Западной Европы.

С. П. Боткина справедливо считают одним из основоположников русской клинической медицины. Творчески восприняв учения Рудольфа Вирхова и Клода Бернара, он внес в клиническую медицину новые идеи я практически применил их в лечении больных.

И. И. Мечников, подводя итоги развития медицины а России за XIX столетие, сказал: «Боткин явился основателем школы русских клиницистов, и влияние его сохранится на все времена».

Привлекая на службу клинической медицины достижения физики, химии, биологии. Боткин создал прочную основу для физиологического понимания болезненного процесса.

В физиологических исследованиях искал он объяснение тех явлений, с которыми сталкивался в клинике, и на основе клинического опыта ставил новые вопросы физиологии. Им создан был подлинный союз медицины и физиологии.

Давая характеристику научным работам Боткина, Голубев (ученик Захарьина, выступавший неоднократно с критикой деятельности Боткина) писал: «Трудно сказать, для чего более поработал Боткин, для клиники или для экспериментальной и общей патологии». Эта характеристика очень справедлива. Именно благодаря многогранности научной мысли Боткина нельзя расчленить его деятельность. Можно сказать только, что он работал в медицине как натуралист. Он создавал научную медицину. Жизнь давно уже показала, что отделять лабораторию от клиники невозможно, что успехи медицины развиваются только на почве успехов ее авангарда — физиологии.

С годами все большее внимание Боткин стал уделять проблеме нервных центров. Если физиологические и патологические процессы, совершающиеся в органах и тканях, осуществляются рефлекторным путем, то в центральной нервной системе должны быть представлены многочисленные аппараты, управляющие этими процессами.

Клинические наблюдения давали богатый материал для размышлений, выводов, гипотез. Боткин, например, предположил, что одно из наиболее частых проявлений многих болезней — повышение температуры — объясняется нарушением работы особых нервных центров, управляющих охлаждением тела. Действительно, опытами физиолога Чешихина было показано, что вслед за перерезкой продолговатого мозга в одном определенном месте температура организма резко поднимается — следовательно, имеется нервный центр, управляющий теплообразованием.

Сергей Петрович подробно разобрал механизм процесса потоотделения, и это привело его к мысли о новом центре в головном мозгу. В третьем выпуске «Курса внутренних болезней» Боткин высказал убеждение о существовании центра потоотделения, и в следующем же году Остроумов экспериментально доказал это. Боткин выдвинул идею существования в головном мозгу центра, управляющего работой селезенки, что вскоре было на опыте подтверждено физиологом Тархановым. Боткин высказал впервые в мировой науке идею о центральной нервной регуляции кровообразования. «Я глубоко убежден в существовании такого центра, писал он, — и как врач с таким же правом говорю о нем, с каким прежде говорил на основании клинических наблюдений о существовании особого центра для потоотделения».

Психическому фактору Сергей Петрович придавал серьезное значение и в происхождении и развитии многих внутренних болезней. Он часто приводил примеры разных случаев развития тех или иных заболеваний в связи с душевными переживаниями. Так он рассказывал случай из своей практики, когда девушка, на глазах у которой утонул ребенок, заболела тяжелой формой белокровия, в другом случае у матери, ребенку которой отдавило руку, онемели те же пальцы на руке.

Изучая заболевания во время войны, Сергей Петрович натолкнулся на довольно частое сердечное заболевание, которое приписывали тяжелым условиям военного времени. Однако наблюдения над людьми, выполнявшими тяжелую физическую работу, не показали этого заболевания, следовательно, оно было связано именно с тяжелыми психическими воздействиями в период боев.