Лето 1869 года Анастасия Александровна с детьми проводила во Франции. Перед началом осеннего семестра Сергей Петрович выбрал время для поездки за семьей. Остановились в Париже. Здесь Боткину снова удалось встретиться с Герценом.

«На этот раз мы застали в Париже Сергея Петровича Боткина с семейством, чему Герцен очень обрадовался… — пишет в своих воспоминаниях Тучкова-Огарева. — Несмотря на то, что Герцен и Боткин подолгу не виделись, отношения их не охладились… Боткин давал знать Герцену о своем прибытии на Запад, даже сообщал ему, как распределено его пребывание за границей».

Герцен высоко ценил Боткина, это видно на многочисленных отзывов его в переписке с различными лицами. Вот примеры их:

Письмо к сыну 28 сентября 1868 года:

«…Это замечательный человек, ясность его языка поразительна».

Письмо к Мейзенберг 3 октября 1868 года:

«…Я безмерно доволен Боткиным. Это единственно разумный врач».

Письмо к Огареву 20 сентября 1868 года:

«…Доктор — гениальный!»

Встреча Боткина с Герценом в 1869 году была последней. Александр Иванович умер 21 января 1870 года.

Осенью в 1869 году Сергей Петрович надел креповую повязку на шляпу и на рукав, да так и не снимал ее больше года. Одни за другим умерли два старших брата. Сначала пришла депеша из Парижа. После апоплексического удара в угнетенном состоянии выбросился на окна Николай Петрович Боткин.

Василий Петрович, глава дома Боткиных, умирал медленно. Последние годы он жил за границей, лечился у лучших европейских врачей. Он умер в октябре 1869 года.

Часть своего капитала Василий Петрович завещал Московскому университету, консерватории и школе живописи и ваяния. Остальную часть денег оставил братьям и сестрам от мачехи — младшим Боткиным, которые с юных лет были на его воспитании.

— Деньги, доставшиеся Сергею Петровичу, помогли ему продолжить издание «Архива клиники внутренних болезней».

В Медико-хирургической академии многое изменилось. Умер Дубовицкий, ушли из академии Зинин, Якубович. Внутри академии ширились разногласия, обострялась борьба.

В 1666 году Боткин был назначен членом Медицинского совета министерства внутренних дел, но, несмотря на это, его, как и Сеченова, считали неудобным профессором. За ними организовали полицейскую слежку, выжидали случая, чтобы доказать их нелояльность, их прямую связь с бунтующими студентами. Шпионам, однако, пришлось ограничиться только донесением, что «оные профессора своими лекциями приобрели большую популярность», а особому отделу департамента полиции при министерстве внутренних дел сделать вывод, что «масса слушателей посещала лекции Сеченова и Боткина, вследствие этого правительство изволило удалить их из Медицинской академии». Так гласило секретное донесение, сохранившееся в архиве. Но полиция в данном случае приняла желаемое за действительное. Боткин продолжал вести кафедру в академии, Сеченова же «не изволили удалить», а он сам ушел из нее.

Поводом послужило дело о провале членами конференции кандидатуры Мечникова на кафедру зоология, которая была выставлена Сеченовым. Он писал Мечникову: «Я предложил вас, как вам известно, в ординарные (профессора): комиссия.

разбиравшая ваши труды, тоже предложила вас в ординарные, а когда отчет ее был прочитан, я снова заявил конференции, что вы желаете баллотироваться только в ординарные. Вслед за этим и по закону и по разуму следовало бы пустить на шары вопрос о вашем избрании, а между тем президент академии, а вслед за ним Юнге и Забелин… потребовали вдруг предварительного решения следующего вопроса: „Нуждается ли вообще наша академия в преподавателе зоологии в качестве ординарного профессора?“ Это подлое я беззаконное заявление… сразу выяснило для меня положение вашего дела: достойная партия не желала вас принять в свою среду, но вместе с тем не хотела положить на себя срама забаллотировать вас… Верьте мне или не верьте, но вслед за этой подлой комедией меня взяло одну минуту такое омерзение и горе, что я заплакал. Хорошо, что я успел вовремя закрыть лицо, чтобы не доставить удовольствия окружающим меня лакеям. Простите же меня еще раз, что я позволил себе ошибиться, как ребенок, насчет моральных свойств большинства моих почтенных товарищей, но вместе с тем посмотрите, в какую помойную яму попали бы вы, будучи избранным».

Сеченов подал в отставку. Вместо него профессором физиологии академии был назначен И. Ф. Цион. Кандидатуру эту поддерживал военный министр. Цион открыто заявил, что будет бороться со всем новым, по его мнению, пагубным в науке. Крупный ученый, но человек беспринципный, Цион не постеснялся принять должность ординарного профессора физиологии в Медико-хирургической академии, хотя конференцией был избран другой кандидат. Назначение Циона вместо Сеченова, да еще этот скандальный инцидент были долгое время в центре общественного внимания. Дело обсуждалось на страницах печати. На уход Сеченова и назначение Циона отозвались «Отечественные записки», «Знание» и выходивший за границей революционный журнал «Вперед». Все статьи были проникнуты уважением к Сеченову, сожалением о его уходе и протестом против нарушения военным министром принципа выборности.

Эти столкновения послужили поводом для широких студенческих волнений, перекинувшихся из академии в Технологический институт и другие высшие учебные заведения столицы. В результате волнений было сменено руководство академией. Занятия временно прекратились, последовали аресты и исключения из академии. Белоголовый писал брату Андрею: «Студенческие истории кончены, и более 50 человек принесены в жертву; теперь мы снова в периоде злой реакции… Наши высшие учебные заведения… превращены теперь черт знает во что: все, что было из молодежи почестнее и поспособнее, все это выгнали вон, и остались одни посредственности и ничтожества».

Атмосфера интриг в академии угнетала Сергея Петровича. Он пытался отстраниться от той недостойной борьбы за мелкие личные интересы, которая занимала многих членов конференции. Ссылаясь на болезнь, Сергей Петрович перестал бывать на заседаниях конференции. Действительно, приступы печени участились.

В осенне-зимний семестр, как ни было плохо, приходилось терпеть, бодриться, стараться не обращать внимания на приступы желчных колик. Заняться собственным лечением в это время значило «сбавить ход локомотиву», как шутя говорил Сергей Петрович. Он как врач понимал, что следует подлечиться, но откладывал.

Летом Сергей Петрович поехал в Карлсбад лечить свою печень. Под впечатлением начала франко-прусской войны он писал Белоголовому: «Как объявлена эта глупая бессмысленная война, бросил заниматься, читаю газеты, беседую с умными людьми».

Следующее письмо было из Эмса, где отдыхала Анастасия Александровна. «Здесь я уже около недели, проехал из Австрии совершенно свободно, семью застал в наилучшем порядке, а Эмс совершенно пустым, но с музыкой и рулеткой. Чего я не наслышался здесь в эту неделю, немцы теперь… растут не по дням, а по часам. До сих пор они и не призадумываются над одиннадцатью тысячами убитых, которыми приобретается эта победа. Администрация в этом отношении поступает чрезвычайно тонко, редко где в депеше упоминают цифры потерн, обозначая ее только фразой: потери громадны; до сих пор большая часть несчастных семейств еще не извещены об участи их детей, имена убитых не объявляются, но очевидно их громаднейшая масса. Пруссаки запаслись большим превосходством численности своего войска, жертвуя людьми, не задумываясь, войска немецкие идут, как саранча, первых уложили — идут следующие и т. д.