Это была больница для инфекционных больных, и Барачной ее называли потому, что по плану Сергея Петровича, она была построена по типу отдельных павильонов. Каждое отделение больницы было изолировано от другого Это была первая в России больница, в которой осуществлялся принцип строгой изоляции инфекционных больных.

Палаты в павильонах были светлые, чистые и уютные и никак не напоминали палаты старых больниц с низкими каменными сводами, с грязными, зашарканными полами.

Городской голова В. И. Лихачев, хорошо знакомый с постановкой дела в других больницах города, вспоминал: «Для Барачной больницы Сергей Петрович не жалел ни своего дорогого времени, ни своего драгоценною труда, и даже… деньги, полагавшиеся ему от города, как попечителю, затрачивал целиком на улучшение тех сторон научной обстановки больницы, которые… могли казаться излишней роскошью, таковы например: лаборатория и кабинеты, не раз впоследствии доказавшие свою несомненную пользу при исследовании различных заразных начал, при исследовании воды и прочее. Клинические методы исследования и лечения больного сделались возможными и удобоприменимыми на практике даже в городской больнице, — результаты лечения стали получаться совсем иные».

Действительно. Сергей Петрович, возглавив бесплатно медицинскую часть Барачной больницы, сделал ее филиалом своей академической клиники. В этом ему помогали молодые профессора Н. П. Васильев. Н. Н. Баженов и другие его единомышленники и ученики. При больнице для беднейшего населении была открыта образцовая лаборатории и с ее помощью организовано клиническое наблюдение. Была выстроена прозекторская, что давало возможность делать сопоставления клинического диагноза с данными патологоанатомического вскрытия. Клинические обходы Боткина стали популярными, на них сходились врачи, лишенные возможности попасть в клинику при академии. Таким образом, Барачная больница стала школой для многих врачей города.

Осуществлять эту работу в Александровской больнице помогало и то. что главным врачом ее был Н. И. Соколов, верный последователь боткинских теорий и практики в медицине.

Иностранцы, приезжавшие в Санкт-Петербург, в числе достопримечательностей города осматривали эту больницу, удивлялись ей, восторгались и делали вывод: в Европе подобных больниц для бедных не имеется.

Но Боткин понимал, что одна больница не решает дела. В столице нашлись единомышленники Боткина. Из них первым был председатель городской думы Лихачев. Умный общественный деятель, культурный человек, он имел большой талант находить нужных для общественной деятельности людей. Он предложил Боткину стать гласным городской думы н принять обязанности председателя думской комиссии общественного здравия.

Сергей Петрович отнесся к этому предложению чрезвычайно серьезно. В ответ на избрание он написал в комиссию общественного здравия: «21 марта 1881 года. Долго колебался я прежде, чем решился дать согласие и не отказываться от выбора в гласные. Взять на себя еще новую обязанность при той массе занятий, которые у меня на руках, — право не легко, тем более что не чувствуешь в себе достаточно сил, чтобы добросовестно выполнить еще новое дело. С другой же стороны, совестно и уклониться от должности, в которой, может быть, принесешь какую-нибудь пользу».

Избрание Боткина гласным совпало с передачей городу министерством внутренних дел всех учреждений здравоохранения. Таким образом, все больничное дело столицы сосредоточилось в руках Сергея Петровича, и он вел его через своих учеников.

Профессор Лейден на заседании Берлинского медицинского общества сказал: «Боткин большое влияние имел на замещение врачебных мест в петербургских больницах. Как мне самому удалось видеть, больницы поставлены как в научном, так и во врачебном отношении настолько хорошо, что нам приходится для себя ждать того же».

Сергею Петровичу коренным образом удалось перестроить больничное дело в Петербурге.

Боткин писал Белоголовому об Обуховской больнице:

«…старые служивые больничные врачи до такой степени привыкли к режиму попечительного совета, что я не думал, чтобы из этого отжившего материала с принюхавшимся и притупившимся обонянием что-нибудь вышло толковое при новом режиме. Эти добрые люди не чувствуют ни вони в своих палатах, не видят ни грязи, не замечают, что процент смертности от тифа при больничной голодухе ниже 15 % не бывает… Когда я был в женском отделении Обуховской больницы, меня поразило зловоние… Теперь Нечаев начал чистить палаты, которые в течение 13 лет сохраняли в этом отношении свое целомудрие: чистились полы около коек, но под койками грязь не беспокоилась, приходилось работать не щетками, а лопатами и скребками. Результаты получились прекрасными».

А. А. Нечаев — ученик Боткина — был назначен по его настоянию главврачом женского отделения Обуховской больницы. По примеру Александровской, Нечаев организовал там полноценные клинические лаборатории, пристроил прозекторскую, лечебные отделения оборудовал новейшей аппаратурой.

В других больницах города с этих пор начали работать главными врачами тоже ученики С. П. Боткина: В. Я. Алышевский, Н. П. Богоявленский, Н. П. Васильев, В. Н. Сиротинин, С. С. Боткин.

С. П. Боткин создал Совет главных врачей больниц города, который постоянно следил за состоянием больниц и всячески старался улучшить лечение н содержание больниц. В эти годы и Общество русских врачей вплотную стало заниматься делами больниц. По образцу работы Общества русских врачей в Петербурге стала перестраиваться деятельность обществ других городов. Идеи Боткина распространялись все шире. Один из боткинских учеников, профессор Манассеин, постоянно выступал в печати. По городам, куда проникали статьи Манассеина, стали создаваться местные общества русских врачей, а где возникало подобное общество, возникали и больницы, построенные по боткинскому принципу. Имя профессора Боткина стало известным по всей стране. Врачи российских провинций стремились в Петербург познакомиться с постановкой дела в столичных больницах и повидать доктора Боткина, который становился таким образом и их учителем.

Теперь с новой силой, как в шестидесятые годы, имя Боткина произносилось как имя человека, стоящего в одних рядах с теми, кто боролся за будущее, кто пробивал дорогу к социальному переустройству России.

В эти годы Боткин начал издание «Еженедельной клинической газеты» — журнала, выпускавшегося с 1881 до 1889 года. Продолжал выходить и «Архив клиники внутренних болезней». Эти журналы сыграли большую роль в развитии отечественной клинической медицины.

Боткин коренным образом перестроил и аптечное дело. По его инициативе были проверены в аптеках цены на лекарства. Доклад по этому поводу сделал ученик Боткина А. Г. Полотебнов на заседании Общества русских врачей. В протоколе общества сохранилось сформулированное Боткиным решение: «Общество русских врачей в Петербурге, несмотря на отсутствие в своем уставе прямого указания, не может себя считать некомпетентным в возбуждении и разработке вопросов, касающихся судьбы больных вообще и особенно неимущего класса. Последний в силу своих экономических условий обречен на непосильную борьбу с болезнями, которая делается еще более тяжкой ввиду невообразимой дороговизны аптечных изделий. Общество считает, что можно это изменить только путем правительственных мероприятий».

Под нажимом общественности и авторитета С. П. Боткина ряд мероприятий был проведен. Цены на лекарства были снижены настолько, что стоимость их стала ниже, чем в странах Западной Европы.

В 1832 году в городе вспыхнула эпидемия дифтерита и скарлатины. При первых случаях этих эпидемических заболеваний Боткин взял на себя обязанность председателя субсидийной комиссии по школьно-санитарному надзору. Конечно, прежде всего заболевание распространялось по кварталам бедноты. Сергей Петрович выработал план оказания помощи самым широким слоям населения. Для этого он организовал временно действующие специальные амбулатории по районам города. В этих амбулаториях дежурные врачи бесплатно оказывали помощь заболевшим. Амбулатории служили и пунктами вызова врача на дом.