Выступая перед академиками в Мраморном дворце, Великий князь сказал: «… Наш круг может и должен расти; но да будет этот рост постепенен и правилен, чтобы служить не в ущерб Разряду изящной словесности, а к изящному его укреплению. От души выражаю пожелания, чтобы доблестный круг ваш расширялся не по веянию партийного духа, а под веянием строгой и осмотрительной разборчивости, в силу уважения к нравственному облику избираемого и всегда согласно с чуткою художественною совестью. Недаром Пушкин от истинного художника требовал „взыскательности“ и суд его над самим собою считал высшим судом».

На первом заседании членов Разряда изящной словесности президент Академии определил направление работы нового академического учреждения: «… Ныне… к предметам занятий прибавлены: история русской культуры, история славянских литератур, история иностранных литератур по отношению к русской, история и теория искусства, теория словесности и историко-литературной критики. Вам, господа, как первым членам этого Разряда, предстоит сделаться связующим звеном между областью науки и миром литературы. ‹…› Как от всего сердца не пожелать, чтобы каждому из нынешних и будущих членов Разряда изящной словесности, в память бессмертного Пушкина призванных пещись о русском слове, всегда и неизменно слышался его завет:

Через несколько лет произошел инцидент с избранием в почетные академики Максима Горького. 5 февраля 1902 года общее собрание избрало почетными академиками писателей А. М. Пешкова (Горького) и драматурга А. В. Сухово-Кобылина. Об этом сразу же известили Горького, который находился в Крыму. Извещение о своем избрании писатель получил 3 марта. Однако уже 10 марта по настоянию Императора Николая II в «Правительственном вестнике» с ведома президента было опубликовано следующее сообщение «От Императорской Академии наук»: «Ввиду обстоятельств, которые не были известны соединенному собранию Императорской Академии наук, выборы в почетные академики Алексея Максимовича Пешкова (псевдоним „Максим Горький“), привлеченного к дознанию в порядке ст. 1035 Устава уголовного судопроизводства, — объявляются недействительными».

История эта в свое время наделала много шума. Свое несогласие с решением Академии наук в отношении М. Горького выразили многие деятели культуры. Более того, А. П. Чехов и В. Г. Короленко в знак протеста гласно сложили с себя звание почетных академиков, а почетный академик В. В. Стасов объявил, что впредь не будет посещать заседания Академии.

Как умнейший человек своего времени, Константин Константинович конечно же понимал, что неумолимый ход истории требует устранения множества пережитков, что институт царской власти — в его незыблемом виде — тормозит развитие страны. С другой стороны, он сам был его представителем, давшим при совершеннолетии верноподданническую присягу. И хотя многие его действия выходили за рамки монархических норм и традиций, вызывали гнев и осуждение консерваторов, встав перед недвусмысленным общественным выбором, он всегда принимал сторону Царя. Да и могло ли быть иначе? Вот и грозный для самодержавия 1905 год не однажды ставил президента перед подобным выбором. Как известно, большинство зданий Императорской Академии наук располагалось тогда в самом центре Санкт-Петербурга, на Стрелке Васильевского острова. Их часто использовали для базирования войск и полиции, из-за чего на длительное время закрывались музеи, возникали конфликты между учеными и военным командованием. В январе директор Музея зоологии академик В. В. Заленский обвинил командира роты Финляндского полка в том, что его солдаты, размещавшиеся в музее пять дней, «загрязнили полы, сломали угол мраморной доски умывальника и т. п.». С жалобой на солдат гвардейского Уланского полка обратился и директор Музея антропологии и этнографии академик В. В. Радлов. По его данным, солдаты, располагавшиеся рядом с Кунсткамерой, избили научного сотрудника музея В. И. Анучина. В интересах безопасности служащих директор распорядился закрыть музей.

Константин Константинович счел нужным сделать устное внушение обоим директорам. «Прискорбно, что чины Финляндского полка, наконец освобожденные от тяжелой обязанности охранять денно и нощно спокойствие столицы, — сказал он, — унесут из подведомственного Академии наук учреждения горькое чувство незаслуженной обиды».

Похожая история произошла и в ноябре 1910 года, когда Великого князя попросили содействовать освобождению зданий Академии от постоя войск и полиции. Константин Константинович ответил на это: «Я сам собственник дворца, но не считаю себя вправе пользоваться этой привилегией и предоставляю дворцовые манежи и дворы для помещения команд и нарядов, вызванных противодействовать сборищам. Тем более должны быть использованы в целях водворения и обеспечения общественного порядка дворы и свободные помещения казенных зданий».

Первая русская революция активизировала и научную общественность России в борьбе за свободу мнений и академической деятельности. Ученые не выходили на улицы, а использовали для своего волеизъявления прессу. В 1905 году в петербургской газете «Русь» была опубликована статья «Нужды просвещения (Записка 342 ученых)». Эта записка по своему стилю напоминала распространявшиеся тогда прокламации. Там, в частности, утверждалось: «Академическая свобода несовместима с современным государственным строем России».

Великий князь был озабочен и раздосадован тем, что среди подписавших записку было 17 членов Императорской Академии наук. После длительных раздумий он направил каждому из этих подписантов резкое циркулярное письмо. Константин Константинович упрекал ученых и советовал им «освободиться сперва от казенного содержания, коим пользуются от порицаемого ими правительства», а затем уже требовать политической свободы. Наивно было ожидать, что этим циркуляром всё и закончится. Большинство из адресатов Великого князя направили ему ответные послания. «У многих ученых есть труды, ценность которых не измерить казенным содержанием, польза переживет всякие предостерегающие циркуляры», — писалось в одних. «Если бы в России было обращено должное внимание на потребность народа в грамотности и в учении, дана была бы свобода слова и печати, страна пользовалась бы в настоящее время спокойствием внутри, силой и уважением извне», — замечалось в других.

Великий князь явно не ожидал такой дружной отповеди. До сих пор у него была возможность гордиться теми коллегиальными и даже дружескими отношениями, которые во многом сложились благодаря его такту и умению вникать в заботы и нужды Академии и ее членов. Один неосторожный шаг — и приобретенный с таким трудом и необходимый ему авторитет может быть поставлен под вопрос. Палочкой-выручалочкой опять явился Павел Егорович Кеппен. Ознакомившись с циркулярным письмом Великого князя и ответами ученых, он только что не обругал собеседника:

— Не верю, Константин Константинович, что именно вы написали такое! Что ж, реакция вполне адекватна словам, которые они совершенно справедливо сочли за обиду.

— И что же теперь делать? Повиниться перед каждым? Я готов, — сказал вконец расстроенный Великий князь.

— Погодите, погодите, хотя повинную голову не секут, но тут нужен ответ, соответствующий вашему положению и достоинству. И смысл его в том, что вы признаёте добрые намерения своих коллег и просите признать за таковые ваши. И сделать это лучше перед общим собранием Академии, придав извинению вполне дружеский, а не официальный характер.

Константин Константинович попросил верного друга и советчика набросать текст покаянной речи. Дома он несколько раз прочитал ее и почти заучил наизусть. На общем собрании, стараясь не волноваться, спокойно и убедительно произнес:

— Дорогие коллеги! Чтобы избежать дальнейших недоразумений в работе и возвращаясь к нашей злополучной переписке, хочу сказать, что я искренне верю, что, подписав письмо в газету, вы все следовали велениям долга и совести. — И, сделав небольшую паузу, продолжил: — Прошу и вас верить, что я тоже по чувству долга и искреннего убеждения написал свою отповедь… Но было бы прискорбно, если бы в моем письме вы прочли что-либо исключающее мое личное уважение к каждому из вас. В заключение хочу призвать: не будем же все же впредь отвлекаемы политическим разномыслием от ученых занятий.