Материалы раскопок Мангазеи осветили те стороны русской городской культуры, которые раньше оставались в тени. Они позволили реконструировать этапы истории города, произвести датировку дендрохронологическим методом практически всех его построек, определить общую планировку города и характер материальной культуры. Сегодня установлено, что Мангазея в период своего расцвета являлась крупным городским поселением со всеми присущими ему чертами, а не торговой факторией, как считалось ранее.

На сегодняшний день Мангазея — пока первый и единственный раскопанный город, относящийся к эпохе освоения гигантских пространств Сибири. Археологический материал, полученный в результате четырехлетних работ Мангазейской экспедиции, стал одним из важнейших источников изучения сибирского города XVI–XVII вв. По некоторым вопросам этот источник является сегодня единственным и достаточно надежным, чему способствует точная датировка практически всех, построек города.