Интересна работа полевых военторгов в Прибалтике по обслуживанию частей, находящихся за границей. 4 января 1940 года заместитель Председателя Правления Госбанка СССР Самуленко утвердил «Положение о расчетно-кредитном обслуживании всех операций Особторга, Главвоенторга Народного комиссариата торговли СССР в Латвии, Эстонии и Литве».
(Арсений Герасимович Самуленко был арестован 20 октября 1940 года. 9 июля 1941 года, вскоре после начала Великой Отечественной войны, Военная коллегия Верховного суда СССР под председательством безжалостного Ульриха приговорила его к расстрелу по обвинению в участии в контрреволюционной организации и шпионаже. Самуленко был расстрелян 30 июля 1941 года, в тот момент, когда Красная Армия терпела одно сокрушительное поражение за другим от нацистского вермахта. Реабилитирован 18 июня 1955 года.)
Так путем проб и ошибок накапливался опыт государственного хозяйствования СССР, в том числе в деле организации военторгов.
Во время Великой Отечественной войны значительное количество сотрудников военторгов ушли на фронт. Численность военнослужащих аппарата Главвоенторга и окружных военторгов сократилась в три раза. Кроме того, многие работники, например жены офицеров, которые до войны работали в стационарных военторг-магазинах, были эвакуированы из близлежащих к линии фронта городов. В то же время значительно сократились рыночные фонды на большое количество важных товаров, поставляемых в военторг-магазины. Ситуация усложнялась также значительными потерями технических средств и товаров во время упорных боев с германскими нацистами на территориях приграничных военных округов. Только в первые шесть месяцев войны Главвоенторг потерял больше трехсот пятидесяти миллионов рублей. Особенно эти потери касались автолавок военторгов. В этой связи в июле 1941 года вышел совместный приказ Народного комиссара обороны СССР и Народного комиссара торговли СССР, которым было утверждено Положение по организационным и правовым основам деятельности полевых военторгов в новых условиях военных действий. В соответствии с новым Положением на Главвоенторг возлагалась вся полнота ответственности за организацию армейских и фронтовых полевых военторгов, которые должны были обеспечивать личный состав продовольствием. В числе прочего в их задачи входило осуществление организации общественного питания и предоставление бытовых услуг командному составу Красной Армии. Для полевых военторгов выделялись специальные фонды промышленных и продовольственных товаров, проводилась децентрализованная заготовка незерновых сельскохозяйственных продуктов. Для доставки товаров начальники тылов армий выделяли военторгам большое количество автофургонов.
В дополнение к переустройству системы военторгов в военное время летом 1941 года стала появляться посылочная торговля. За несколько месяцев 1941 года было продано шестьдесят пять тысяч посылок. Полный товарооборот всех военторгов до конца 1941 года достигал ста десяти миллионов рублей.
Фронтовые военторги могли обслуживать лишь полевые управления на фронтах и военные части. Армейские же военторги функционировали совершенно автономно. Автолавки не были введены в штат соединений, а оставались в распоряжении армейских военторгов. Из-за этих, а также других организационных неразберих были созданы предпосылки к дефициту товаров, что почти сразу же привело к перебоям в продаже товаров повседневного спроса красноармейцам.
Поэтому 31 августа 1941 года была издана Инструкция по деятельности фронтовых и армейских военторгов и полевых военторгмагазинов. В совместном приказе Народного комиссара обороны и Народного комиссара торговли СССР подробно излагались обязанности и права основных работников военторга. Были утверждены особенности взаимодействия в военное время военторгов с управлением торговли и порядок деятельности военторг-магазинов.
Контроль за работой полевых военторгов осуществлялся Главным управлением продовольственного снабжения Красной Армии. Был создан специальный отдел, который руководил деятельностью Главвоенторга по выполнению задач военторгов, соответствующих директивам Ставки Верховного Главнокомандования.
Начиная с 1942 года при военторгах организовывались подсобные хозяйства. Эти хозяйства стали источником снабжения мясом, картофелем, молоком, рыбой и овощами Красной Армии. Товарооборот военной торговли составлял шестьсот миллионов рублей. Количество военторгов, солдатских столовых и полевых кухонь возросло в три раза. На фронтах появились полевые чайные. Были также организованы пошивочные, сапожные и часовые мастерские. Даже в периоды передислокации войск солдатские и офицерские столовые могли постоянно обеспечивать весь командный состав свежей пищей, а военторги – необходимыми товарами повседневного спроса.
Товарооборот военной торговли в деятельности военторгов к концу 1943 года приблизился к миллиарду рублей. Весной 1944 года Красная Армия вышла к государственным границам СССР, которые были на 22 июня 1941 года, и двинулась в Румынию. Военторгам необходимо было снабжать солдат Красной Армии за пределами страны. Нужно было менять формы работы военторгов и взаимодействия с местным населением для поставки продовольствия военторгам, что отразилось в изменениях порядка заключения договоров с военторгами по закупкам. Новые задачи также появились в связи с ценами и проведением расчетов военторг-магазинов в иностранной валюте. В 1944 году Государственный комитет обороны издал специальное постановление, согласно которому Главвоенторг должен был расширять собственные продовольственные базы. По этому постановлению сельские подсобные хозяйства, поставляющие продукцию военторгам, должны были организовываться при каждом полевом военторге. Сеть военных предприятий росла в основном за счет прачечных, швейных, сапожных мастерских, фотоателье, парикмахерских, а также предприятий, которые производили товары широкого потребления.
Война превратила военторги в совершенно новую структуру. Помимо прочего, военторги помогали солдатам и офицерам приобретать те предметы, которые не входили в интендантский перечень, например иголки и нитки, карандаши и бумагу, одеколон и лезвия для бритья, пуговицы и расчески, трубки, мундштуки и кисеты, зажигалки и карманные зеркальца. Начальники военторгов естественным образом стали весьма заметными и нужными людьми. Продолжала развиваться и совершенствоваться система продажи посылок с товарами повседневного спроса. Такие посылки отправлялись как на фронт (в большинстве случаев), так и с фронта домой. Например, в 1944 году таких посылок военторгом было продано около пяти миллионов. Наверное, в посылках, которые направлялись домой солдатами и офицерами, были уже те самые военные трофеи, которые после окончания войны большим потоком пошли с запада на восток в СССР.
Главвоенторг, который был головной организацией по снабжению армии и флота товарами и продуктами питания, в начале войны возглавлял Г. А. Зайцев. С августа 1942 года по октябрь 1943-го его сменил И. Р. Хохлов. Они были штатскими людьми, хотя имели некоторый опыт ведения торговли и организации военторг-магазинов в боевых условиях. Тем не менее в октябре 1943 года начальником Главвоенторга был назначен кадровый военный генерал-майор интендантской службы Кочетков, который был на фронте с первого дня войны, был полковым комиссаром, членом Военного совета Волховского фронта. Павел Васильевич Кочетков разбирался в работе военторгов и сумел наладить более качественное соответствие торгового обеспечения нуждам военно-полевой жизни. Указом Президиума Верховного Совета ССР 21 февраля он был награжден орденом Ленина, что по тем временам было для людей, не находящихся на передовой, очень редким явлением.
Под конец Великой Отечественной войны в полевых военторгах насчитывалось около тридцати тысяч служащих, в то время как во внутренних округах было почти пять тысяч предприятий торговли, непосредственно подчиненных Главвоенторгу.
Учитывая особенности централизованного финансирования военторгов и то, что они, что называется, по определению не могли быть убыточными, Главвоенторг превратился в огромное предприятие, которое имело существенные преимущества перед всеми остальными хозяйствующими субъектами в СССР, поскольку всегда гарантированно обеспечивалось сырьем и рынком сбыта.