Хомейни также призвал «командиров великой иранской армии, ее уважаемых офицеров и благородных членов» присоединиться к «спасению ислама и Ирана». На следующий день он был арестован. После этого по всему Ирану начались демонстрации и беспорядки. После вмешательства других Великих аятолл Хомейни был освобожден и помещен под домашний арест. Когда в следующем году Хомейни вновь выступил против режима, он был сослан в Турцию. Оттуда он переехал в Наджаф (Ирак), один из самых святых городов шиитского ислама. Там он оставался до 1978 г., когда уехал в Париж.

Находясь в Ираке, Хомейни продолжал политическую оппозицию шаху, выступая с публичными заявлениями, в которых он связывал этот режим, западный империализм и сионизм. Его заявления широко распространялись внутри Ирана в виде магнитофонных кассет. В этот период из записей лекций, сделанных его студентами, была составлена книга «Исламское правительство». В этой книге Хомейни утверждал, что монархия и «династическая преемственность» чужды исламу, и тем самым делал вывод о нелегитимности шахского режима. Вместо монархии Хомейни заявил, что исламское право, изложенное в Коране и традиции, возникшей из практики Пророка, содержит «все законы и принципы, необходимые человеку для его счастья и совершенства». До возвращения Сокровенного Имама единственными людьми, которые могут толковать исламский закон, являются мусульманские юристы, и, следовательно, именно они должны управлять людьми. Хомейни призвал уламу очистить ислам, разоблачив развращающее влияние западной мысли и западного образа жизни. Те представители духовенства, которые поддерживали режим, подлежали остракизму и осуждению.

В основе политической мысли Хомейни лежала его теория «Велайят-е факих» («Опека правоведа»). Закрепляя за духовенством верховную политическую власть, эта доктрина радикально пересматривала традиционную шиитскую концепцию правильных взаимоотношений между мечетью и государством. Согласно традиционной концепции, только возвращение Скрытого имама могло положить начало «справедливому правлению». Поскольку в отсутствие Скрытого имама любое мирское правление будет несовершенным, улама должны держаться в стороне от политики до его возвращения, а надлежащая роль уламы, таким образом, сводилась к защите и распространению ислама. Хотя это может включать советы тем, кто правит, и, в крайнем случае, политическое вмешательство уламы, духовенство, как правило, должно оставаться в стороне от нечистоты, неизбежно связанной с осуществлением государственной власти.

Хомейни находил теологическое обоснование прямого принятия политической власти уламой в практических реалиях создания и поддержания благочестивой исламской общины. Во-первых, он отмечал, что исламский закон не может реформировать и очистить общество, если он не исполняется публично. Таким образом, достижение человеческого счастья путем создания благочестивой исламской общины требует осуществления государственной власти. Во-вторых, Хомейни отмечал, что Бог дал обществу исламский закон, открыв ему Шариат и учение и практику Пророка. После получения откровений они требовали политического управления со стороны уламы, поскольку только духовенство могло правильно толковать и, соответственно, исполнять исламские законы. В-третьих, в отсутствие Сокровенного Имама ответственность за представление Божьей воли неизбежно ложилась на уламу. Уклонение от этой ответственности ради мнимой религиозной чистоты само по себе являлось нарушением коранических предписаний. Поскольку и Шариат, и учение, и практика Пророка были полностью раскрыты и охватывали все те сферы, которые должны лежать в основе создания и поддержания чистоты исламской общины, исламское право должно было быть более или менее самоисполнимым.

Таким образом, нужен был сильный лидер, способный исполнить то, что уже было решено и предписано Богом. Несмотря на то, что уламы могли советоваться между собой (возможно, даже в форме собрания духовных лиц), правильная форма исламского правительства должна была сосредоточить власть в руках одного лидера, самого ученого и благочестивого из уламов.

Если достойный правовед будет наделен этими двумя качествами [справедливостью и знанием исламского права], то его правление будет таким же, как и правление Пророка в управлении исламской общиной, и все мусульмане обязаны ему подчиняться.

Таким образом, лидер принимает на себя политическую власть, идентичную той, которую осуществляли Пророк и имамы. Хотя последние значительно превосходят уламу по духовным достоинствам, политическая власть, связанная с исполнением исламского закона, в остальном одинакова.

Все это, в свою очередь, опиралось на концепцию «разума» Хомейни, которая первоначально появилась в его анонимно изданной в 1942 г. книге «Кашф аль-Асрар» («Открытие тайн»). Обращаясь к гипотетическому светскому человеку, презирающему исламскую мысль, Хомейни писал

Однако Хомейни осторожно заметил, что эта концепция разума не является приглашением к дискуссии об интерпретации религиозной доктрины; напротив, он призвал, чтобы защитники шиитской ортодоксии должны «железной хваткой разбить по зубам эту безмозглую толпу» и «мужественными шагами растоптать их головы».

Таким образом, политическая мысль Хомейни использовала тысячелетнюю озабоченность шиизма дварфов возвращением Скрытого имама, а пока — примат духовного лидерства в построении правильного исламского общества. Улама — это регенты, которые должны править в его отсутствие. Принятие власти религиозным лидером смирялось осознанием того, что он будет править только вместо Сокровенного Имама. Поскольку исламский закон уже был известен во всей своей полноте, лидер был лишь проводником самоисполняющейся божественной воли; по сути, у лидера не было ни личной воли, ни личных амбиций. Один из популярных лозунгов восстания подчеркивал это временное правление: «Революция будет продолжаться до возвращения Мехди, повелителя эпохи». Для фундаменталистского духовенства и его последователей «революция была направлена к божественному предназначению, и с этой целью они… стремились искоренить зло и продвигать революционные/религиозные добродетели». Сама революция предвещала скорое возвращение Скрытого Имама. Для подготовки к этому возвращению исламская община должна быть очищена и подготовлена, все остатки безнравственности и коррупции шахского режима должны быть искоренены. Многие последователи Хомейни стали называть его «имамом», что ставило его в один ряд с шиитским пантеоном. Ходили слухи, что сам Хомейни напрямую общался со Скрытым Имамом и что его руководство революцией, таким образом, утверждает это движение как выражение и реализацию Божьей воли. Те, кто выступал против революции, были не просто политическими соперниками, а «вероотступниками», с которыми «нужно было поступить в соответствии с религиозным кодексом греха».

Хотя большинство других Великих аятолл выступили против шахского режима и поддержали революционное движение, они так и не приняли богословские новации Хомейни как правильную или даже правдоподобную интерпретацию шиитской веры. Хотя их оговорки редко предавались огласке, они не одобряли его теорию клерикального лидерства, его очевидное неприятие коллегиальных консультаций между коллегами по шиитской иерархии и, пожалуй, больше всего — его настойчивое требование непосредственного участия духовенства в осуществлении политической власти. Наиболее сильная критика исходила от аятоллы Шариатмадари, чьи многочисленные азербайджаноязычные последователи доминировали в большей части северо-западного региона Ирана. По поводу участия духовенства в политике Шариатмадари сказал: «В исламе нет положения о том, что улама должен непременно вмешиваться в государственные дела». Такое вмешательство оправдано только в том случае, если парламент может принять закон, нарушающий шариат, или если ни один светский лидер не может поддержать общественный порядок. В противном случае улама не должен «вовлекать себя в политику… Мы [духовенство] должны просто советовать правительству, когда то, что оно делает, противоречит исламу… Обязанность правительства — управлять. Не должно быть прямого вмешательства со стороны духовных лидеров». Шариатмадари лишь тщательно изложил традиционное шиитское учение, которое на практике ограничивало формы, в которых другие ведущие шиитские аятоллы могли открыто выражать и иным образом реализовывать свое несогласие. Таким образом, приход Хомейни в политику вызвал незначительную политическую оппозицию со стороны консервативного духовенства, хотя оно отвергало его доктринальные новации и четко понимало его политические намерения.