Твердость митрополита и побои, нанесенные ему, произвели впечатление. Толпа затихла; а ее коноводы начали размышлять о последствиях своего дела, когда разгневанный царь пришлет войско для их наказания. Думая отклонить беду, они послали в Москву трех посадских, двух стрельцов и одного казака с челобитной, в которой пытались оправдать свои поступки слухом, будто шведские немцы, взяв государеву казну и хлеб, хотят идти на Новгород и Псков. Жаловались при сем на воеводу и митрополита: первый отпускает торговых людей в Швецию со съестными припасами и не велит осматривать у них товары на заставах, своих же голодом морит и не дает им топить избы в холодные дни; а второй самовластно проклинал новгородцев, бил разных людей и чернецов на правеже до смерти, хотел рушить Софийскую соборную церковь (т. е. переделывать), но народ этого ему не дозволил и тому подобное. Государь, конечно, знал уже подробности бунта из отписок воеводы и митрополита; хотя мятежники заняли заставы и старались не пропускать прямых известий в Москву.
Из Москвы сначала прислали одного дворянина с царской грамотой, которая требовала выдачи зачинщиков и коноводов мятежа; эта посылка тоже осталась безуспешна. Затем отправили боярина князя Ивана Никитича Хованского с небольшим отрядом, повелев ему остановиться у Спас-Хутынского монастыря, собирать ратных людей, поставить кругом Новгорода заставы, которые бы никого не пропускали, и посылать к мятежникам с увещаниями. Среди последних возникли несогласия, и лучшие или более зажиточные люди взяли верх. Поэтому новгородцы вскоре смирились и принесли повинную. Тогда Хованский приступил к розыску, а затем к наказанию более виновных. Волкову отрубили голову. Жеглова, Гаврилова, Лисицу и двух их товарищей в Москве также приговорили к смертной казни. Остальных коноводов велели бить кнутом и сослать, а некоторых отдать на поруки. Государь был недоволен медлительным розыском князя Хованского. Но Никон вступился за него и писал, что медлительность происходила не от нерадения; что он, митрополит, сам советовал ему поступать «с большим раз-смотрением» и работать «тихим обычаем», чтобы люди не ожесточились и не стали бы заодно с псковичами.
В Пскове мятеж не только не утихал, а все усиливался: часто звонил набатный колокол и собирал толпы для совещания или для всенародного розыска и расправы. Такому розыску подвергались и архиепископ Макарий, и бывший воевода Собакин (которого не отпустили в Москву), и новоназначенный князь В.П. Львов, и Ф.Ф. Волконский, который был прислан от царя в Псков для розыска о мятеже. Допрашиваемых обыкновенно ставили на опрокинутые чаны, нередко били и грозили смертью, называя их изменниками государю. У воеводы отобрали городовые ключи, порох и свинец.
Тому же князю Хованскому было приказано из Новгорода двинуться на Псков для его усмирения. Но в Москве, очевидно, не имели точных сведений о силах псковских мятежников. Хованский, не доходя верст десять до Пскова, оставил в Любятинском монастыре 700 человек, чтобы обеспечить свой тыл, так как уездное население стояло заодно с городским. Только с 2000 ратных людей подошел он к городу; но тут его встретили пальбой со стен из большого наряда и сделали вылазку. Воевода стал на берегу реки Великой на Снетной горе и укрепился острожками. Неосторожно посланные им в Псков 12 дворян с увещательной грамотой были брошены в тюрьму, старший из них (Бестужев) убит, и только двое отпущены назад. Начались частые вылазки и бои мятежников с государевой ратью. С псковичами заодно встали гдовцы, изборяне и почти все псковские пригороды (за исключением Опочки). В уездах были ограблены помещичьи семьи. Мятежники грозили даже отдаться литовскому королю и просить его о помощи. Московское правительство, вместо энергичных действий, тянуло переговоры и требовало выдачи коноводов; но последние, конечно, разжигали мятеж еще больше. Никон из Новгорода посоветовал отложить это требование. В Москве созвали Земский собор, чтобы обсудить вопрос о псковском бунте. Вслед за тем в августе 1650 года из Москвы прибыло особое посольство с епископом Коломенским Рафаилом во главе и объявило царское всепрощение. Эта мера подействовала умиротворяющим образом. Но, несомненно, успеху ее содействовали слухи о том, что в Москве собирается новая рать против Пскова, под начальством бояр князей Алексея Никитича Трубецкого и Михаила Петровича Пронского, а со шведской границы на него должны были двинуться два полковника-иноземца (Кармикель и Гамильтон) с 4000 пехотных солдат. Волнение в Пскове стало утихать. Тогда лучшие люди воспользовались удобным временем, снова взяли в свои руки ведение земскими делами, начали хватать самых ярых толевщиков, а воевода Львов сажал их в тюрьмы. Товарищи их пытались снова поднять гиль; но толпа только собиралась и толковала. Таким образом, почти все коноводы мятежа были схвачены и отправлены в Новгород для казни. Окончательное замирение Пскова произошло после того, как половина псковских стрельцов была взята на службу в Москву. Псковичи принесли повинную и вновь дали присягу на верность государю.
Когда Московское государство успокоилось от народных движений, набожный Алексей Михайлович с особым усердием занялся церковными делами, все более и более подпадая влиянию Никона, уважение и привязанность к которому со стороны царя возросли после мужественного поведения и претерпенных им страданий в эпоху новгородского мятежа. С тех пор царь часто вызывает в Москву своего нового любимца и советуется с ним обо всех важных делах.
1652 год особенно выдался целым рядом церковных торжеств и событий. В январе государь с патриархом Иосифом и митрополитом Никоном в Саввинском Звенигородском монастыре открывает почивавшие дотоле под спудом мощи святого Саввы Сторожевского и празднует это открытие царской трапезой для бояр и иноков. А в марте, по совету с патриархом и всем Освященным собором (в действительности по совету Никона), Алексей Михайлович решил перенести в усыпальницу московских архипастырей, то есть в Успенский собор, тела патриарха Гермогена из Чудова монастыря, патриарха Иова из Старицкого и митрополита Филиппа из Соловецкого, куда последний был перевезен из Тверского Отроча монастыря в начале царствования Федора Ивановича.
В Старицу за Иовом были отправлены местный, то есть ростовский, митрополит Варлаам с несколькими духовными лицами и боярин М.М. Салтыков с дьяком и со свитой из стольников, стряпчих и дворян. В Соловецкий монастырь послан местный же новгородский митрополит Никон с прилуцким архимандритом, донским игуменом, саввинским келарем и прочими, в сопровождении боярина князя Ивана Никитича Хованского, дьяка Леонтьева, двадцати стольников, стряпчих и дворян и целой сотни стрельцов. Мощи патриарха Иова прибыли уже в первых числах апреля и после торжественной встречи царем, патриархом и народом с обычными обрядами положены в Успенском соборе. Прибытие же Никона с мощами Филиппа замедлилось дальним расстоянием и трудным путем.
Посланничество новгородского митрополита в Соловки вообще было обставлено большой торжественностью. Кроме многочисленной свиты он имел при себе еще необычную, сочиненную на сей случай, церковную грамоту. То было молебное послание Алексея Михайловича, обращенное к лику святителя Филиппа. Очевидно, оно было написано по внушению Никона, в подражание византийскому императору Феодосию II, который при перенесении мощей Иоанна Златоуста в столицу обратился к святому с письменным молением о прощении виновницы его заточения, то есть своей матери императрицы Евдокии. Алексей умолял святителя «разрешить согрешение прадеда нашего царя Ивана» и прийти «к нам с миром во свояси», то есть в царствующий град. Во время сего путешествия впервые встречаем боярскую жалобу на непомерное властолюбие Никона. Ссылаясь на великопостное время, благочестивую цель посольства и считая себя его полным хозяином, согласно с царским о том повелением, он предписывал всем его членам строжайшее соблюдение поста и ежедневное слушание покаянных правил. Боярин князь Хованский – тот самый, который вместе с митрополитом усмирял мятеж в Новгороде и, вероятно, не без его желания, назначенный ему в спутники – жаловался в Москву своим приятелям на такие обременительные требования, и бояре при дворе шептали между собой (но так, чтобы доходило до царя): «никогда еще не было нам подобного бесчестия, государь выдает нас митрополитам». А другой мирской член посольства, Василий Отяев, писал своим друзьям, что митрополит «силой заставляет говеть, но что никого силой не заставит Богу веровать». Алексей Михайлович, все время путешествия ведший усердную переписку с Никоном, сам сообщил ему об этих жалобах и просил его отменить стояние у правил, но при сем не выдавать его, царя, а сделав вид, будто о жалобах узнал от других.
