Заняв место в ряду важнейших иерархов Русской церкви, Никон еще в больших размерах продолжал свои труды благотворения и церковного благоустройства. В Новгородском краю случился голод, и митрополит отвел у себя при архиерейском доме особую странноприимную палату, в которой ежедневно кормили нищих и убогих, а раз в неделю раздавали денежную милостыню из архиерейской казны. Кроме того, митрополит устраивал для сирот и бедных богодельни, на которые испрашивал вспомоществование у государя. Сам посещал темницы; причем не ограничивался подачей милостыни заключенным, но и рассматривал их вины и нередко возвращал свободу неправедно осужденным, так как государь поручил ему надзирать за гражданским управлением и правосудием в его митрополии. Алексей Михайлович успел так привязаться к Никону, что скучал по нему, поддерживал с ним оживленную переписку и требовал, чтобы он каждую зиму приезжал в Москву для доклада о нуждах своей епархии, а главное, для личной с ним беседы и богослужения. В то время для русских иерархов никто более Никона не обладал даром и умением устроять церковное благолепие и благочиние. Митрополит заботился о внешнем украшении церквей, благообразии и приличном одеянии клира, о чинном и благоговейном служении; завел в Новгородской Софии греческое и киевское пение, выбирал хорошие голоса для архиерейского хора и усердно наблюдал за его обучением. Скоро его певчие стали славиться не только в Новгороде, но и в Москве. И когда он приезжал с ними в столицу, то царь в праздники поручал ему отправлять церковную службу в своих придворных храмах. Сравнивая его благолепное служение с существовавшим в столичных церквах нестроением и разногласием в чтении и пении, государь, с благословения своего духовника Стефана Вонифатьева, начал требовать от московского духовенства изменения церковных порядков по образцу новгородскому; но встретил немалое прекословие со стороны патриарха Иосифа, не желавшего вводить никаких перемен.
При таких обстоятельствах застигло Никона народное возмущение на его митрополичьей кафедре.
Хотя мятежные движения 1648 года в Москве и некоторых других городах затихли, однако возбужденное ими брожение все еще продолжалось. В старых вечевых городах, Новгороде и Пскове, это брожение было, очевидно, сильнее, чем где-либо, и при первом же поводе перешло в открытый мятеж. Он начался с Пскова.
Из русских областей, уступленных Швеции по Столбовскому договору, многие православные жители, питая нелюбовь к иноверному правительству, убегали в русские пределы. Вопреки договору и требованиям шведов, московское правительство не выдавало беглецов. Чтобы прекратить возникшие отсюда неудовольствия, решено было выкупить их у правительства королевы Христины; по обоюдному соглашению, Москва обязалась уплатить известную сумму (190 000 руб.), частью деньгами, частью хлебом. Между прочим из царских житниц в Пскове велено было отпустить 11 000 четвертей хлеба. Закупка и сбор этого хлеба поручены были гостю Федору Емельянову. Последний не преминул, ради собственной наживы, злоупотребить данным ему поручением; под предлогом отсылки всего хлеба шведам он стеснил хлебную торговлю в городе, заставляя покупать только у него, и притом по возвышенной цене. Угрожавшая дороговизна не замедлила возбудить псковичей и против шведов, и против московских чиновников; начались сборища и зловещие толки по кабакам. В конце февраля 1650 года на Масленице народ заявил архиепископу Макарию и воеводе Собакину требование, чтобы не отпускать в Швецию хлеба, который был сложен в Псковском кремле. Вдруг приходит известие, что из Москвы едет немец с казной. То был шведский агент Нумменс, который действительно вез с собой 20 000 рублей, уплаченных ему в Москве в счет выкупной суммы. Сопровождаемый московским приставом, он пробирался по загородью на Завеличье к немецкому гостиному двору. Народная толпа бросилась из города, схватила Нумменса, избила его, отняла у него казну, бумаги и заключила его на подворье Снетогорского монастыря, приставив стражу. На том же подворье запечатали и отнятую казну. Потом толпа с оружием, с криками при звоне набата пошла на двор к Федору Емельянову; но он успел скрыться; жена его выдала государеву грамоту об отпуске хлеба. Так как в грамоте был наказ не разглашать о ней никому, то буяны или гилевщики зашумели, что это грамота тайная, неведомая государю. На площадь прискакал воевода окольничий Н.С. Собакин, но тщетно пытался успокоить толпу; потом явился архиепископ Макарий с духовенством и иконой Святой Троицы и уговаривал исполнить государеву грамоту. Толпа кричала, что не позволит немцам вывозить хлеб из кремля до подлинного государева указа. На площади положили один на другой два больших пивоваренных чана, на которых поставили несчастного Нумменса, чтобы его видел весь народ; допрашивали с кнутьями в руках, издевались над ним. Как и в Смутное время, главной опорой псковского мятежа выступили стрелецкие приказы, с которыми соединились казаки, простые или маломочные посадские люди и некоторые приходские священники. Стрельцы и казаки были недовольны убавкой жалованья и предпочтением служилых иноземцев, священники – убавкой руги, а посадские – увеличением тягла, притеснениями от воевод и дьяков и судебными позывами псковичей в Москву. Мятежники выбрали себе в начальники двух стрельцов, Козу и Копытова, третьим – площадного подьячего Томилка Слепого; а затем решили отправить в Москву к государю с изложением своих жалоб и с челобитьем о присылке в Псков для праведного розыска любимого всеми боярина Никиту Ивановича Романова. Разумеется, такое челобитье не было уважено.
Меж тем торговые люди, приезжавшие из Пскова в Новгород, своими рассказами о сборе хлеба и денег для немцев (шведов) и о псковском мятеже и здесь произвели смуту. Когда же в Новгороде начали тоже собирать хлеб на государя и биричи стали кликать на торгах указ, чтобы жители покупали хлеба только для себя в малом количестве, народ заволновался; а приезд датского посланника Краббе со свитой послужил поводом к открытому движению в половине марта месяца. Вообразив, что он везет из Москвы денежную казну (подобно Нумменсу), толпа напала на него, избила и ограбила; потом при звоне набата разграбила дворы некоторых богатых купцов, считавшихся угодниками немцев.
Главным зачинщиком мятежа явился посадский человек Трофим Волков. Рассказывают, что он коварным образом предупредил немецких купцов, будто новгородцы хотят их ограбить и побить как друзей и клевретов ненавистного боярина Морозова. Когда же испуганные иноземцы поспешили со своими товарами уехать из Новгорода и, по-видимому, присоединились к свите помянутого датского посланника, тот же Волков поспешил в Земскую избу с известием, что приятели изменника Морозова немцы отпущены с большой казной и уезжают в свою землю; тогда толпа догнала их, схватила, ограбила и заключила в тюрьму. Сам земский староста Гаврилов стал было во главе мятежников, но затем скрылся. Тогда толпа поставила себе в начальники митрополичьего подьячего Жеглова, посадского Лисицу и еще несколько человек из посадских, стрельцов и подьячих. Как и в Пскове, воевода окольничий князь Федор Андреевич Хилков тщетно пытался увещевать мятежников, а достаточной военной силы у него не было, чтобы смирить их оружием, ибо большинство стрельцов и других военно-служилых людей пристало к мятежу. Но тут на передний план выступил митрополит Никон. 17 марта в день Алексея Божия человека, то есть в именины государя, он за обедней в Софийском соборе торжественно предал проклятию новопоставленных народом начальников, называя их по именам. Но это проклятие только усилило ропот. Спустя два дня, возмущенная одним подьячим, толпа с шумом и при набатном звоне бросилась в Софийский кремль к дому воеводы. Князь Хилков по городской стене ушел в архиерейский дом. Никон скрылся в Крестовой палате и велел запереть двери Софийского дома. Но толпа высадила их бревном и ворвалась в митрополичьи кельи. Никон смело стал уговаривать мятежников; но его избили вместе с несколькими старцами и детьми боярскими, пытавшимися его защитить; потом повели его в Земскую избу. Дорогой, однако, он продолжал их усовещевать и упросил отпустить его в церковь Знамения, где чрез силу отслужил литургию; потом был положен в сани и совсем изнемогший привезен в архиерейский дом; тут соборовался маслом и приготовился к смерти.
