Апелляция Софьи к оставшимся в Москве стрельцам, призыв встать на защиту своего главного стрелецкого начальника успеха не имели. Правительнице пришлось выдать фаворита Федьку Шакловитого, и он был 7 сентября доставлен в монастырь, подвергнут допросу и пыткам и через пять дней казнен вместе с главными сообщниками. Петр по достоинству оценил верных ему стрельцов, с самого начала обеспечив их защитой, как свидетелей заговора, от разыскиваемых ещё собратьев, могущих мстить. Тогда, Наталья Кирилловна говорила сыну:

– Петенька, свет мой, прости этих стрельцов, теперь они за тебя живота своего не пожалеют. Прими их в своё расположение.

– Воля твоя, матушка, – шея Петра напряглась, глаза расширились, голова склонилась на бок, – думаю эти теперь не подведут, верны будут. Свежие силы сейчас ох как нужны. Сейчас нужно мушкетов ещё и огненного заряда к ним…

– Головка стала опять у тебя дёргаться, Петруша? – спросила Наталья Кирилловна сына. – Отдохнул бы ты теперь, будет всё воевать…

– Сейчас некогда, маманя, надо действовать, – Петр, слегка отодвинулся от царицы и посмотрел на неё большими круглыми глазами, – мы верных стрельцов приблизим и есть у меня мысли, как сделать, чтобы верны были по гроб жизни…

Уже тогда создался прецедент, наверное первой на Руси программы защиты свидетелей. Пётр (опасаясь за жизнь стрельца, вернувшего потерянное кольцо царице) не сразу отменил розыск Фёдора Кобылина, оказавшего неоценимые теперь услуги и давшего наиболее точную информацию. При этом розыск бежавших в неизвестном направлении Григория Силина и Петра Секетова продолжался.

Великое посольство, которое вот-вот готовилось отправиться в Европу могло и не состояться. Вечером, перед отъездом из Москвы, друг Петра генерал Патрик Гордон дал торжественный обед в честь посольства, но царь, очень любивший веселые празднества, почему-то не явился. И уже ближе к рассвету, раскрылся заговор – полковник Иоганн Цыклер из обрусевших иноземцев, считавший себя большим русским, чем сами русские, решил постоять за старые обычаи Руси и убить царя-реформатора.

Цыклер ранее входил в ближнее окружение царевны Софьи, но был прощен Петром I после неудачного стрелецкого мятежа 1689 года. Несмотря на такую милость, полковник организовал заговор, в котором участвовали двое придворных в высоких чинах стольника и окольничего, а также стрельцы из Стремянного полка – охраны Кремля. Они собирались ночью поджечь дом, зная, что Петр всегда участвует в тушении пожаров, и, воспользовавшись тем, что с царем будут только стремянные стрельцы, зарезать его. К счастью, один из пятидесятников Стремянного полка, посвященный в заговор, оказался на стороне Петра и вовремя предупредил его.

Лев Кириллович Нарышкин тем временем прислал в Преображенское пятидесятника стременного полка Конищева Лариона Елизарьева, который известил о разговоре своем с Цыклером. Цыклер: – Смирно ли у вас в полках? Елизарьев: – Смирно. Цыклер: – Ныне великий государь идет за море, и как над ним что сделается, кто у нас государь будет? Елизарьев: – У нас есть государь царевич. Цыклер: – В то время кого бог изберет, а тщится и государыня, что в Девичьем монастыре. – Елизарьев сослался на другого пятидесятника своего полка, Григория Силина, который показал: «Цыклер сказал ему про государя, что можно его изрезать ножей в пять; известно государю, прибавил Цыклер, что у него, Ивана, жена и дочь хороши, и хотел государь к нему быть и над женою его и над дочерью учинить блудное дело, и в то число, он, Иван, над ним, государем, знает, что сделать». Цыклер в расспросе и на очной ставке заперся; на пытке указал на Соковнина: «Был я в доме у Алешки Соковнина для лошадиной покупки, и он, Алешка, меня спрашивал: каково стрельцам? Я сказал, что у них не слыхать ничего. Алешка к моим словам молвил: где они, ч..... дети, передевались? знать, спят! где они пропали? можно им государя убить, потому что ездит он один, и на пожаре бывает малолюдством, и около посольского двора ездит одиночеством. Что они спят, по се число ничего не учинят? Я сказал: в них малолюдство, и чаю, что опасаются потешных. Алешка отвечал: чаю в стрельцах рассуждение о царевиче – для того они того учинить и не хотят. Я сказал: и я в них то ж рассуждение чаю; сам ты об себе рассуди, что и тебе самому каково, сказываешь, тошно, что с детьми своими разлучаешься. И Алешка сказал: не один я о том сокрушаюсь. После того в два мои приезда Алешка говорил мне про государево убийство и про стрельцов; ведь они даром погибают и впредь им погибнуть же. Я ему, Алешке, говорил: если то учинится, кому быть на царстве? Он сказал: Шеин у нас безроден, один у него сын и человек он добрый. Я ему сказал: счастье Борису Петровичу Шереметеву, стрельцы его любят; и Алешка говорил: чаю, они, стрельцы, возьмут по прежнему царевну, а царевна возьмет царевича, и как она войдет, и она возьмет князя Василья Голицына, а князь Василий по прежнему станет орать. И я ему говорил: в них, стрельцах, я того не чаю, что возьмут царевну. Алешка мне молвил: если то учинится над государем, мы и тебя на царство выберем. Я ему говорил: пеняешь ты на стрельцов, а сам того делать не хочешь, чтоб впредь роду твоему в пороке не быть. И Алексей сказал: нам в пороке никому быть не хочется, а стрельцам сделать можно, даром они пропадают же. Князь Пётр Голицын человек прыткий и шибкий, мы чаяли от него, что то все учинит над государем. Князь Борис Алексеевич сам пьян и государя пить научил». Соковнину было 10 ударов: повинился и оговорил зятя своего Фёдора Пушкина: «После Цыклерова приезда приезжал ко мне зять мой Федька Пушкин и говорил про государя: погубил он нас всех, можно его за то убить, да для того, что на отца его государев гнев, что за море их посылал». Соковнин показал также, что сын его Василий говорил ему: «Посылают нас за море учиться неведомо чему». После пяти ударов Пушкин повинился и прибавил: «Накануне Рождества Христова был я у Алексея Соковнина в доме, и Алексей мне говорил: хочет государь на святках отца моего, Федькина, ругать и убить до смерти и дом наш разорить; и я ему говорил: если так над отцом моим учинится, и я государя съехався убью». Цыклер оговорил пятидесятника Конищева полка Василья Филиппова: – Был у меня Васька Филиппов, – рассказывал Цыклер, – и я его спрашивал: приехали ныне козаки, а тебе они знакомцы, что они, благодарны ли милости государевой? И он, Васька, говорил: «ему в козаках знакомцы есть и говорил с козаком, что Дёмкою зовут, и отвечал Дёмка козак, что они не благодарны, за что им благодарным быть?»; я говорил Ваське: «дано им ныне 1000 золотых»; и Васька говорил: «то они ни во что ставят для того, что им на войско делить нечего». И я спросил: чего у них чаешь? И он, Васька, сказал: козак Дёмка говорил ему: «дай нам сроку, поворотимся мы, как государь пойдет, и учиним по-своему, полно, что и преж сего вы нам мешали, как Стенька был Разин, а ныне мешать некому», и я говорил Ваське: «будет от того разоренье великое, и крестьяне наши и люди все пристанут к ним». Васька же Филиппов говорил мне, что «…козаков прельщает турецкий султан, чаю, и письмо прислал». Цыклер признался, что говорил Филиппову: как государь поедет с посольского двора, и в то время можно вам его подстеречь и убить. И велел ему о том убийстве и стрельцам говорить. Цыклер объявил: «Научал я государя убить за то, что называл он меня бунтовщиком и собеседником Ивана Милославского и что меня он никогда в доме не посетил»; признался, что говорил: «Как буду на Дону у городового дела Таганрога, то, оставя ту службу, с донскими козаками пойду к Москве для ее разорения и буду делать то же, что и Стенька Разин». Филиппов объявил, что говорил с козаком Петром Лукьяновым, а не с Демкою, и Лукьянов ему говорил: дано 1000 золотых, чего то на войско делить? служи да не тужи, нам и по копейке не достанется; как вы, стрельцы, пойдете с Москвы на службу, и в то число наши козаки зашевелятся и учинят по-своему. И Цыклер к этому рассказу примолвил: как они, козаки, зашевелятся, и он, Иван, с ними пойдет вместе, зовет же его государь бунтовщиком. Потом козак говорил: «Козаки отпишут турецкому султану о помощи для московского разоренья, и он к ним пришлет в помощь кубанцев, так они великое разоренье учинят». Цыклер, по показанию Филиппова, говорил: «В государстве ныне многое нестроение для того, что государь едет за море и посылает послом Лефорта, и в ту посылку тощит казну многую, и иное многое нестроение есть, можно вам за то постоять». Филиппов оговаривал стрельца Тимошку Скорняка, которому при нем Федор Пушкин говорил про государя такие слова: «Что живет мол небрежением, не христиански и казну тощит».