Революционным трибуналам и народным судам предписывалось срочно пересмотреть списки осуждённых и досрочно освободить тех из них, кто не представляет опасности для Республики. Постановление о частичной амнистии было немедленно введено в действие по телеграфу.

Однако 9 дней спустя на заседании Президиума ВЧК постановили уточнить список тех, на кого объявленная амнистия не распространяется. В протоколе заседания 15 ноября 1918 года были перечислены 12 категорий арестованных и подозреваемых, в отношении которых предусмотренная постановлением Чрезвычайного съезда Советов амнистия не распространялась. Уточнённое толкование содержания постановления съезда приводилось в виде выписки из протокола заседания Президиума ВЧК за подписью заведующего Иногородним отделом В.В. Фомина. При этом отметим, что все 12 категорий лиц, на которых амнистия не распространялась, были перед этим согласованы и утверждены списком 18 ноября на заседании Президиума ВЦИК. Не подлежали амнистии: «1. Провокаторы. 2. Охранники. 3. Бывшие жандармы и полицейские. 4. Бывшие деятели черносотенных организаций. 5. Бывшие царские сановники. 6. Ведущие контрреволюционную агитацию попы. 7. Шпионы. 8. Лица, виновные в противосоветской агитации при исполнении ими служебных обязанностей. 9. Находящиеся в тайных сношениях с агентами империалистических государств и контрреволюционных государственных образований… 10. Виновные в контрреволюционной агитации среди Красной армии… 11. Виновные в саботаже, направленном к расстройству продовольствия, транспорта, организации снабжения Красной армии и 12. Виновные в хранении без разрешения взрывчатых веществ, складов оружия и т. д.»[41]. Постановление Президиума ВЧК было одновременно разослано во все губЧК с предписанием принять его к руководству и направить эти указания по всем уездам.

По своему служебному положению в ВЧК Варвара Николаевна, в той или иной степени вовлечённости, принимала участие во многих известных делах и разоблачениях контрреволюционных организаций и терактов против представителей советской власти. Убийство председателя Петроградской ЧК Урицкого произошло утром 30 августа 1918 года в Петрограде – в один день с ранением Ленина вечером в Москве. Член Коллегии ВЧК Яковлева была срочно направлена в Северную столицу для участия в расследовании гибели видного чекиста. Она была хорошо знакома с местными условиями, поскольку после октября 1917 года начинала работать в Петрограде на различных должностях в партийных и советских органах во взаимодействии с ВЧК. После переезда ВЧК вместе с советским правительством в Москву в марте 1918 года она тоже вернулась в новую столицу РСФСР. Летом того же года она получила назначение членом Коллегии ВЧК и одновременно заместителем заведующего Отделом по борьбе с контрреволюцией и завотделом по борьбе с преступлениями по должности.

Решением ЦК РКП(б) и руководства ВЧК на неё было возложено исполнение обязанностей заместителя председателя ЧК при СНК Северной области. В качестве заместителя она была включена в руководящий состав Петроградской ЧК, которую возглавил известный чекист из старых партийцев Г.И. Бокий. До трагической гибели Урицкого 30 августа 1918 года Глеб Иванович был его заместителем в Петроградской ЧК, и одновременно в период с 13 марта по 31 августа он состоял в должности заместителя председателя ЧК Союза коммун Северной области (СКСО). После смерти М.С. Урицкого по уже сложившейся практике Бокий возглавил одновременно Петроградскую ЧК и ЧК СКСО. Прибывшая в Петроград Яковлева фактически исполняла обязанности заместителя Бокия в ЧК СКСО. При этом обе чрезвычайные комиссии располагались в Петрограде. Именно на период руководства Бокия петроградскими чекистами приходятся основные репрессии в ходе объявленного в РСФСР с 5 сентября 1918 года красного террора против контрреволюционных сил в Республике.

Участвовала Варвара Николаевна в расследовании заговора трёх послов, более известного как «дело Локкарта», поскольку следственные действия одновременно осуществлялись в обеих столицах, а также в ряде других городов. Помимо британского генерального консула в Российской империи, а затем в РСФСР сэра Роберта Брюса Локкарта в заговоре послов участвовал французский посол Ж. Нуланс и американский посол Д. Фрэнсис. Заговорщики-дипломаты покинули РСФСР в октябре 1918 года. Следствие по «делу Локкарта» завершилось Революционным трибуналом при ВЦИК, проходившем в Москве с 25 ноября по 3 декабря 1918 года.

На скамье подсудимых оказались 4 иностранца, уже покинувших советскую территорию и поэтому заочно объявленных «врагами трудящихся, стоявшими вне закона РСФСР». Двоих подсудимых, чья вина была доказана, приговорили к расстрелу, но затем одному из них расстрел заменили на 20 лет тюремного заключения. Восемь преступников получили по 5 лет тюрьмы каждый, а одна подсудимая была приговорена к 3 месяцам заключения. Ещё 8 подсудимых были оправданы. В судебном процессе участвовали 15 адвокатов, которых тогда называли правозаступниками. Как видим, советская судебная система была не столь кровожадной, как её пытались представить за рубежом. Например, в наши дни приводится цифра, что в период красного террора «только расстрелянных по приговорам ВЧК было не менее 50 тысяч человек». При этом отметим, что один из руководителей ВЧК М.Я. Лацис в своей книге «Два года борьбы на внутреннем фронте» приводил другие показатели расстрелов за 1918 и 7 месяцев 1919 года: расстреляно всего за этот период времени 8389 человек, включая по приговорам ВЧК – 781 человек[42].

В отношении участия В.Н. Яковлевой в расстрельный период красного террора есть разные точки зрения историков и современников той поры. Действительно, её подписи имелись под списками расстрелянных противников советской власти, опубликованными в петроградских газетах. Однако заметим, что пост председателя Петроградской ЧК и по совместительству должность председателя ЧК СКСО Варвара Николаевна Яковлева заняла 10 ноября (по другим сведениям – 10 октября) 1918 года. Иными словами, спустя 4 дня после объявления частичной амнистии осуждённым врагам революции, официально завершившей период красного террора. Перечисленные 12 категорий в списке ВЧК, утверждённом на заседании ВЦИК, не подлежали амнистии, поскольку являлись подлинными врагами советской власти, готовыми с оружием в руках тайно и открыто воевать против РСФСР. Объявленная большевиками беспощадная классовая борьба представителям буржуазии и контрреволюционно настроенным выходцам из прежних привилегированных сословий требовала решительных действий от советской власти всех уровней.

Примером борьбы чекистов во главе с В.Н. Яковлевой с подпольными контрреволюционными организациями в Петрограде может служить «дело «ВЕР».

В первые годы советской власти Петроград был центром подпольной контрреволюционной деятельности. Здесь возникали разные по своим политическим взглядам организации, степени массовости и реальным возможностям влияния на широкие массы населения. Среди оппозиционных подпольных сил, наряду с идейными противниками большевизма, были и достаточно многочисленные и глубоко законспирированные враждебные организации, имевшие свои представительства в провинции и готовившиеся к вооружённому свержению советской власти в России.

Осенью 1918 года усилиями чекистов под руководством В.Н. Яковлевой в Петрограде было раскрыто существование и начато преследование членов подпольной монархической организации «Великая Единая Россия» (далее – «ВЕР»), готовившей свержение новой власти вооружённым путём.

Известный петербургский историк-исследователь П.Н. Базанов в своей новой монографии отмечает, что в 1918 году в колыбели Октябрьской революции были созданы две контрреволюционные подпольные организации с похожими названиями, но с разной степенью влияния на антисоветски настроенных сторонников восстановления монархии и несопоставимыми возможностями для организации вооружённого мятежа. Главная роль отводилась монархической организации «Братство Белого Креста – Великая, Единая Россия» (далее – «ББК-ВЕР»). В то же время в Петрограде существовала ещё одна, уже упомянутая, подпольная группа под названием «Великая Единая Россия». Её возглавлял бывший офицер Балтийского флота Владимир Владимирович Дидерихс[43].