Скобелев продолжил службу в Туркестанском крае. В то время в Коканде, где происходили кровавые распри между ханом Худояром и его ближайшими родственниками, которые ополчились на него, разгорелась настоящая междоусобная война. Российские власти были вынуждены вмешаться в нее. За блистательное командование кавалерией в сражении при крепости Махраме против кокандцев полковник Скобелев производится в генерал-майоры.

В январе-феврале 1876 года русские отряды под командованием Скобелева в боях под Андижаном и Асаке нанесли поражение мятежным кокандцам, которыми предводительствовал Автобачи. В Асаке был разгромлен 15-тысячный отряд повстанцев. После этого Автобачи сдался царским властям, и те разрешили ему поселиться в России и взять туда с собой одно из трех его семейств.

Одержанные победы привели к тому, что в том же 1876 году Кокандское ханство прекратило свое существование. На его месте образовалась Ферганская область, вошедшая в состав Туркестанского генерал-губернаторства. Генерал Скобелев был назначен военным губернатором и командующим войсками Ферганской области. Во многом благодаря ему на территории бывшего Кокандского ханства прекратилось кровопролитие. По приказу Скобелева в Маргилане был казнен Пулат-бек, за три месяца казнивший четыре тысячи своих подданных. Летом 1876 года генерал предпринял горную экспедицию к границам Кашгарии.

Популярность М.Д. Скобелеву в рядах русской армии принесла война 1877-1878 годов с Турцией за освобождение Болгарии. Это была война высокой справедливости, основанной на братстве славянских народов. Скобелев стал ее героем.

Вначале он состоял при штабе главнокомандующего русской армии великого князя Николая Николаевича, выполняя его поручения. Участвовал в форсировании Дуная под огнем турок у Зимнича ранним утром 27 июня. Когда русские войска вступили на болгарскую землю, генерал-майор М.Д. Скобелев был назначен начальником штаба и фактическим командиром Сводной казачьей дивизии. Он участвовал во взятии города Белы и Шипкинского перевала.

В июле 1877 года генерал командовал Кавказской казачьей бригадой во время неудачного второго штурма и блокады сильной вражеской крепости Плевна, которую первоначально защищало 30-тысячное войско Осман-паши. Кровавая плевенская эпопея затянулась на долгих пять месяцев и вынудила русскую Дунайскую армию приостановить наступление на юг Болгарии. В ходе второго штурма Плевны генерал Скобелев руководил атакой с юга силами Кавказской казачьей бригады, пехотного батальона и трех батарей. Своими действиями он спас от разгрома отряд генерала Шаховского, который попал под сильный удар контратакующих турок.

В августе Скобелев назначается командиром отдельного отряда, отличившегося при взятии города Ловеч, в котором турки учинили резню местных жителей. В городе укрепился султанский военачальник Рифат-паша, имевший 8 тысяч солдат. Русские войска взяли Ловеч штурмом, овладев укреплениями на горе Червен-Бряг. Остатки турецкого гарнизона — 400 человек едва спаслись от преследования Кавказской казачьей бригады. Победители потеряли тогда около 1500 бойцов.

Во время третьего штурма Плевны, где оборонялась лучшая армия султана, генерал-майор Скобелев командовал левофланговым отрядом. Его пехотинцам удалось выбить турок с вершин Зеленых гор и закрепиться там. Когда под сильным неприятельским перекрестным огнем цепи атакующих залегли, Скобелев верхом на белом коне с обнаженной шашкой вновь повел их в атаку. Редуты Каванлык и Иса-Ага были взяты штыковой атакой, и оборона Плевенской крепости оказалась прорванной.

Осман-паша провел четыре атаки, чтобы вернуть себе редуты, но безуспешно. Поскольку на всех других участках штурмующие русские и румынские войска успеха не имели, Скобелев, к тому же лишенный артиллерийской поддержки, приказал своим батальонам отойти на гребень Зеленых гор. Неудачный третий штурм Плевны стоил 13 тысяч погибших русских и 3 тысяч румын.

В этих боях Скобелев показал себя прекрасным тактиком: впервые его пехотинцы, действовавшие в рассыпном строю, атаковали вражеские укрепления перебежками, что заметно снизило потери. Это было новым словом в военном искусстве того времени. "Стрелять должны вы, а не противник", — учил генерал своих солдат.

В сентябре 1877 года после третьего неудачного плевенского штурма Скобелев производится в генерал-лейтенанты и получает в командование 16-ю пехотную дивизию. С этого времени за ним и закрепилось прозвище "Белый генерал". Так же его называли и турки — Ак-паша (Белый генерал).

Скобелевская дивизия до последних дней участвовала в блокаде Плевны. Именно Скобелеву удалось добыть сведения о последних приготовлениях Осман-паши к прорыву из блокированной крепости. Однако атака в ночь на 28 ноября туркам не удалась (путь преградили стойкие русские гренадеры), и султанский полководец потерял около 6 тысяч человек. После этого гарнизон Плевны капитулировал: в плен сдались 41200 солдат, 2128 офицеров и 10 генералов вместе с самим командующим Осман-пашой. Генерал-лейтенант Скобелев был назначен комендантом Плевны.

Когда русское командование обсуждало план дальнейшего ведения войны, Скобелев высказался за переход через Балканские горы и наступление на столицу Турции город Стамбул (Константинополь). Его отряд (16 тысяч человек при 14 орудиях) совершил переход в зимних условиях через Балканы по Иметлийскому перевалу.

В Русско-турецкой войне Скобелев особенно отличился в Шипко-Шейновском сражении, где его 16-я пехотная дивизия сыграла решающую роль. Против Шипкинского перевала стояла вторая, как ее оценивали, по боевым качествам армия Османской империи под командованием Вессель-паши численностью 35 тысяч человек при 108 орудиях. Ее главные силы располагались в укрепленном лагере Шейново.

Русские атаковали армию Вессель-паши силами около 45 тысяч человек при 83 орудиях. Атака производилась тремя колоннами под командованием генерал-лейтенантов Ф.Ф. Радецкого, Н.И. Святополка-Мирского и М.Д. Скобелева (в состав его войск входило и семь болгарских добровольческих дружин).

Именно колонне Скобелева выпала честь штурмовать основные укрепления вражеского лагеря. Особенно отличились Углицкий и Владимирский пехотные полки и стрелковая бригада. Сражение для скобелевцев началось в 11 часов утра под сильным артиллерийским и ружейным огнем турок. Около трех часов дня Вессель-паша, в ответ на предложение о капитуляции, справившись о чине Скобелева, приказал выкинуть белый флаг. Узнав об этом, сложили оружие и те неприятельские войска, которые располагались в горах выше Шейново. Теперь путь через Балканы в Южную Болгарию был открыт.

Действия Скобелева при штурме укрепленного Шейновского лагеря заслужили самую высокую оценку современников. Его руководство войсками было безошибочным, тактические приемы — новаторскими. В ходе штурма в горных условиях ему удалось избежать продольного обстрела наступавших, что так дорого обошлось русской армии во время трех неудачных штурмов Плевны.

Стратегическое значение Шипко-Шейновской победы было очень большим. В турецкой обороне в Балканских горах образовалась широкая брешь, через которую открывался прямой и удобный путь к столице Османской империи, которая к тому же лишилась в Шейново одной из лучших своих армий. Теперь две оставшиеся у нее армии Сулеймана-паши и Восточно-Дунайская (блокированная русским Рущукским отрядом) были надежно изолированы друг от друга.

С учетом этой обстановки русское командование приняло решение немедленно наступать на город Адрианополь, находившийся на ближних подступах к Стамбулу. Наступление вновь велось отдельными отрядами. Скобелеву был вверен авангард центрального отряда с правом вести самостоятельные боевые действия. Наступление началось 3 января 1788 года. За один день пехотинцы и конница Скобелева прошли, спускаясь с гор, 80 верст (более 85 километров).

Наступающие захватили Адрианополь внезапным ударом, его крепостной гарнизон его капитулировал. Скобелевский отряд вступил в город под звуки военного оркестра. Среди прочих трофеев в адрианопольском арсенале оказались 22 новых крупнокалиберных орудия с германских заводов Круппа, которые турки так и не успели применить в войне.