В конце 1680‐х и начале 1690‐х годов, в пору своей работы в академии, Лихуды нажили и врагов. То, что Лихуды могли быть сутяжниками и обманщиками, склонными к различным махинациям, не подлежит сомнению. В своей частной переписке купец Хаджикирьякис Вурлиотис, давно знавший Лихудов, описывал их, используя региональные стереотипы (кефалинийцы считались упрямыми людьми авантюрного склада), и приписывал им высокомерие как следствие их связей с царским двором249. С момента своего прибытия в Москву Иоанникий и Софроний неоднократно конфликтовали и с местными, и с пришлыми греками по самым разным вопросам – от завещания и денег иеродьякона Мелетия до торговых сделок и покровительства беглым грекам, принадлежавшим к духовному званию250. Греческий иеродьякон Мелетий (с острова Хиос), ездивший с посланиями к восточным патриархам в связи с делом Никона, обосновался в Москве как посредник между царским правительством и восточными патриархами, а какое-то время еще и обучал греческому духовному пению. Благодаря услугам, оказанным им царю, и участию в беспошлинной торговле (судя по всему, это была награда ему за услуги) он стал очень богатым человеком и приобрел большое влияние среди московских греков. Иоанникий был отцом-исповедником Мелетия, назначившего обоих братьев своими душеприказчиками. В 1686 году, после смерти Мелетия, началась длительная борьба за оставшееся от него имущество и деньги, в которой участвовали Лихуды, ряд греческих купцов и даже монастырь Св. Екатерины на горе Синай, с которым у Мелетия, судя по всему, имелись тесные связи. Этот конфликт продолжился вплоть до начала XVIII века. Существенная доля денег, оставшихся от Мелетия, пошла на строительство здания для лихудовской академии. В донесениях московским властям разные люди обвиняли Лихудов в подделке завещания Мелетия в корыстных целях. Главным из обвинителей был греческий купец Юрий Юрьев, прежде торговавший с Мелетием. Лихудам удалось преодолеть этот кризис, хотя дело не обошлось без компромиссов. Это дело снова всплыло в 1707 году в Новгороде, когда Юрий Юрьев опять попытался взыскать с них деньги. На этот раз Лихуды справились с проблемой при помощи своего тогдашнего покровителя, митрополита Иова251. Участником еще одного дела, пришедшегося на период конфликта о евхаристии, была довольно темная личность, некий грек по имени Георгий Зервос. Согласно свидетельству Лихудов, Зервос обвинял их в том, что они получили рекомендательное письмо от патриархов, подкупив их, и пытался вернуть деньги, которые Лихуды взяли у него взаймы с этой целью. Лихуды отказали ему в этом, после чего, насколько известно, на сторону Зервоса встал Николай Спафарий, тем самым испортив свои отношения с двумя братьями252. Согласно лихудовской версии этих событий, Зервос, которого они поначалу приветили и опекали в Москве, впоследствии стал пешкой в руках прочих московских греков, убедивших его, при попустительстве и активном содействии Сильвестра Медведева, обвинить Лихудов в получении патриаршего письма за взятку. Весь этот спор в итоге был решен в пользу Лихудов, хотя, вероятно, не без ущерба для их репутации. Следует отметить, что Зервос никогда не оспаривал подлинности письма, но только способ, которым Лихуды его добыли. Более того, в то время обычной практикой было платить за рекомендательные письма, особенно таким вечно нуждавшимся в деньгах людям, как восточные патриархи. Все факты указывают на то, что это был конфликт между греками, которым, возможно, Медведев воспользовался в собственных целях. В декабре 1687 года Лихуды подали прошение о том, чтобы им разрешили покинуть Россию, так как им начали поступать угрозы расправы253.

Лихуды уцелели во всех этих конфликтах и к 1688 году стали состоятельными людьми благодаря щедрости патриарха, царя и знати (семейства Одоевских и прочих)254. После скандала, вызванного неприглядным поведением Николая Лихуда, они, похоже, поначалу полагали, что смогут даже избежать ареста, и лишь впоследствии попытались бежать. Когда они были пойманы при попытке бегства, при них нашли пустой пергаменный лист для царского указа, дававшего им очевидную и компрометирующую их возможность извлечь выгоду из пребывания в России, – возможно, путем подделки документов. Не сумели они и остаться в фаворе у Досифея – скорее всего, потому, что не оказали существенной помощи его посланцу и племяннику Хрисанфу. Более того, скандалы, похоже, преследовали Иоанникия и Софрония и в старости, как видно из дела Артемьева и случая с Зервосом, но они пережили все эти нападки. Лихуды продолжали преподавательскую и переводческую деятельность в 1690‐е годы, и в годы правления Петра I.

Будучи иеромонахами, Лихуды отнюдь не являлись монахами-отшельниками, которыми хотел бы их видеть Досифей, или хотя бы профессорами-книжниками, поглощенными службой в академии. Они были вполне светскими людьми, предприимчивыми и отдававшими все свои силы экономическим, духовным, просветительским и даже дипломатическим начинаниям (по крайней мере в течение первых пяти лет пребывания в России). Их просветительские навыки и языковые познания принесли им большую пользу – именно потому, что их услуги были нужны в России. Лихуды неоднократно сталкивались как с проблемами, возникавшими по их собственной вине, так и с давлением со стороны русских светских и церковных властей. Тем не менее они приспособились к жизни в России, ставшей для них вторым отечеством, и им удавалось использовать приобретенное ими положение, чтобы выстоять в неурядицах. В то же время главным образом их усилиями в России было положено начало институционализированному образованию, имевшему иезуитские корни.

Институционализация образования в России началась в конце XVII века. Прежде образование в России сводилось главным образом к элементарному обучению чтению и письму посредством «букварной системы», а также к профессиональной и практической подготовке кадров при различных приказах (что, разумеется, не делало их каким-то подобием учебных заведений)255. Хотя на протяжении XVII века русская элита все сильнее осознавала, что знания необходимы и в религиозной, и в светской жизни, и относилась к ним все более благосклонно, первое формальное учебное заведение было создано в России лишь в 1680‐е годы. В 1685 году Иоанникий и Софроний Лихуды основали в Москве школу, представлявшую собой и по форме, и по содержанию разновидность типичной иезуитской коллегии среднего и высшего уровня, то есть коллегии, где помимо грамматики и риторики отдельно преподавали (или планировали преподавать) и более сложные дисциплины: философию и теологию. И в последовательности преподавания предметов, и в методах обучения, практиковавшихся Лихудами, явственно просматриваются контуры иезуитских образцов. Что самое важное, реальный учебный процесс, каким он отражен в лихудовских учебниках, был разновидностью типичной иезуитской учебной программы. Лихуды преподавали своим московским ученикам риторику, логику и натуральную философию иезуитских коллегий XVII века. Отголоски такого учебного курса впервые проникли в Россию в 1650–1680‐х годах благодаря деятельности Епифания Славинецкого и Симеона Полоцкого. Судя по всему, Славинецкий и Полоцкий давали частные уроки грамматики и риторики, но они так и не были формализованы в институциональных рамках учебного заведения. Возведение постройки на фундаменте, заложенном двумя этими учеными мужами, выпало на долю Лихудов.

Иезуитское образование воздействовало на Лихудов с двух сторон: косвенно, через их венецианского учителя Герасима Влахоса и его учебники, и прямо, через использовавшиеся ими иезуитские труды (например, по риторике и натуральной философии). Между двумя этими процессами, то есть прямым и косвенным заимствованием иезуитских учений, трудно провести четкую грань, поскольку по большей части они происходили одновременно. Понятно, что Лихуды (в большей степени, чем Влахос, который все же преподавал в более «либеральной» атмосфере Венеции) адаптировали свои уроки к потребностям и запросам православной культурной среды Московского государства. Так, приступая к преподаванию какого-либо предмета, они обычно провозглашали приверженность Аристотелю и свое согласие с его взглядами в той мере, в какой они не противоречат основным догматам восточного православия. Они превозносили достоинства греческой мудрости, как античной (Аристотель), так и православной (отцы церкви). И все же эти оговорки и заявления в значительной степени были показными, поскольку в преподавании братья во многом сохраняли верность латинским авторам. Выражаясь точнее, Лихуды выцеживали греческую мудрость из западных источников. Когда Иоанникий и Софроний на уроках риторики и философии ссылались на греческих отцов церкви, они следовали примеру западных учителей. Также и Аристотель Лихудов не был ни изначальным Аристотелем (вопреки заверениям Лихудов на этот счет), ни Аристотелем византийцев; они преподавали иезуитский аристотелизм: томистский в том, что касается элементарного интерпретативного подхода, но вместе с тем и эклектический, вобравший элементы из других философских систем, а также учитывавший некоторые астрономические и математические достижения конца XVI – начала XVII века. Таким образом, учебная программа лихудовской академии была по сути программой иезуитских коллегий XVII века в православном обличье.