Служившие на Печатном дворе справщиками и переводчиками234 после своего изгнания из академии Лихуды зарабатывали также и частными уроками итальянского, а возможно, и других языков. Это преподавание приобрело более формальные рамки, когда Петр I в 1697 году приказал отпрыскам бояр, неродовитым дворянам, купцам, мещанам и даже солдатам Семеновского полка посещать дававшиеся братьями уроки итальянского языка. Итальянская школа подчинялась Разрядному приказу, в ведении которого находились войска, и ее ученики получали стипендию из Приказа Большой казны, в то время как Лихудам должен был платить Приказ книгопечатного дела. Обучение итальянскому языку было частью усилий, предпринимавшихся Петром для создания русского флота. Русским было приказано строить флот в Воронеже в сотрудничестве с венецианскими мастерами (среди которых, наряду с итальянцами, было много греков и славян из Далмации). Однако преподавание Лихудами итальянского натолкнулось на ряд препятствий. Некоторые потенциальные ученики, получившие приказ явиться в школу, оказались либо слишком юными, либо слишком старыми; другие отказывались приходить на занятия, ссылаясь или на то, что они семейные люди, обремененные детьми, или на различные профессиональные и коммерческие обязанности; несколько учеников так и не объявились, отговариваясь болезнями, не позволяющими учиться, или приходили в школу лишь изредка; кое-кто, надеясь избежать учебы, даже прибегал к своим связям с влиятельными лицами (так поступил церковный певчий Павел Дьяконов, за которого заступилась сестра Петра, Наталья Алексеевна); наконец, некоторые из солдат вовсе не знали и русской грамоты. Лишь некоторые кандидаты в ученики (главным образом бывшие студенты академии и сыновья приказных дьяков) ухватились за возможность карьерного роста благодаря приобретенным новым познаниям, а кое-кто даже добровольно вызвался обучаться в школе; что касается других учеников, то они сами либо их родители утверждали, что те и без того учатся – главным образом дома с частными учителями235. Сам царь Петр интересовался успехами учеников, о чем свидетельствуют повторяющиеся запросы, поступавшие из Разрядного приказа по его требованию. Сами Лихуды тоже отчитывались об успеваемости своих учеников, а также неоднократно обращались с просьбами погасить задолженность по жалованью, на которые Приказ книгопечатного дела явно не спешил отвечать, поэтому преподаватели просили, чтобы им платил Приказ Большой казны236. Именно в этот период Лихуды перевели с итальянского (судя по всему, с помощью их давнего студента из академии, Моисея Арсеньева)237 две записки Сигизмондо Альбергетти – по артиллерии и военной стратегии. Альбергетти отправил их Петру I в попытке привлечь внимание царя к своим изобретениям в области артиллерии; кроме того, он усиленно предлагал свою кандидатуру на должность начальника морской артиллерии, щедро приправляя свою настойчивость обещаниями отвоевать Константинополь у турок238.

Лихуды давали уроки языка до 1700 года, когда братьев настигла новая беда. В 1698 году бывший ученик Иоанникия Лихуда, Петр Артемьев, дьякон московской церкви Свв. Петра и Павла, обвинил его в том, что тот – тайный католик. В 1688 году Артемьев сопровождал Иоанникия в его поездке в Венецию, а в конце года вернулся в русскую столицу вместе с его детьми. В 1698 году самого Артемьева обвиняли в открытом исповедании католической веры. Его допросили и приговорили к заключению в Новоспасском монастыре, поскольку он был признан виновным синодом патриарха. Решения синода содержали подробное опровержение учения Артемьева, якобы найденного в его «тетрадях». Автором этого опровержения был Евфимий Чудовский. Сами «тетради» до нас не дошли, и Чудовский вполне мог измыслить многое из того, что будто бы в них содержалось. Согласно Евфимию, Артемьев в своих «тетрадях» обвинял Иоанникия в тайном сочувствии к католицизму и якобы писал, что Иоанникий, находясь в Венеции, вращался среди униатов и уверял их в том, что разделяет их веру. То, что такое обвинение выдвигалось, вполне вероятно, но его достоверность весьма сомнительна. Трудно себе представить, чтобы Евфимий в 1698 году мог выдумать такое заявление; если даже и так, то до того момента он был среди главных сторонников Лихудов. Более того, иезуиты в своих сочинениях и переписке 1680‐х и 1690‐х годов почти не упоминают академию и не приводят свидетельств о каких-либо конкретных связях Лихудов с униатскими или иезуитскими кругами. Иезуит Георгий Давид, находившийся в Москве в 1685–1689 годах, лишь вкратце пишет об академии, и то лишь чтобы сообщить об отсутствии у нее каких-то больших успехов. Точно так же, как другие греки той эпохи, получавшие образование на Западе, Лихуды наверняка подвергались воздействию католической пропаганды в Венеции и Падуе, но, судя по всему, не отступились от православия. Тем не менее то православие, которое они исповедовали, было весьма вестернизированным. Иоанникий и Софроний не чурались лжи и обмана во многих других вопросах, и не исключено, что то, чему мог быть свидетелем Артемьев, как раз и есть один из таких случаев239.

Патриарх Адриан, потрясенный обвинениями Петра Артемьева в адрес его бывших учителей, в июне 1698 года решил перевести Иоанникия и Софрония в Новоспасский монастырь. Этот перевод, несомненно, не привел ни к полному удалению Лихудов из русской интеллектуальной жизни, ни к прекращению их деятельности на ниве преподавания итальянского языка. В конце концов, их новым местом жительства был крупный столичный монастырь – усыпальница правившей в России династии Романовых. В Новоспасском монастыре братья занимались сочинением панегириков и антипротестантских полемических трудов. В 1704 году по приказу царя они были переведены из Москвы в Кострому: русское правительство ожидало прибытия османского посла и стремилось предотвратить любые возможные контакты между его свитой и московскими греками. Иоанникий и Софроний два года прожили в Костроме в Ипатьевском монастыре (там они создали расширенную версию своей греческой грамматики), а в 1706 году новгородский митрополит Иов подал царю прошение об их переводе в столицу своей епархии. Иов – один из самых просвещенных церковных иерархов того времени в России – был заинтересован в основании учебных заведений в своих владениях и считал двух греческих учителей подходящими для этого дела. Иоанникий и Софроний не обманули его ожиданий и (особенно первый) внесли немалый вклад в просветительские инициативы Иова. Новгородская школа была создана по образцу Славяно-греко-латинской академии, хотя в ней обучали только предметам начального уровня – грамматике, поэтике и риторике – и преимущественно на греческом и церковнославянском языках. Тем не менее в ней преподавали и латынь, о чем свидетельствует дошедший до нас в греческом и частично в латинском варианте написанный в то время Иоанникием учебник риторики, а также похвальбы самого Иова в его переписке. Главным преподавателем школы оставался Иоанникий, так как Софроний в конце 1707 года отбыл в Москву. Однако в школе имелись также другие учителя церковнославянского. Школа готовила главным образом переводчиков и преподавателей, из которых часть преподавала в Новгороде и в других школах в 1720‐е и в 1730‐е годы, а часть ушла в священники. Кроме того, Софроний (до своего отъезда), Иоанникий и некоторые из их учеников принимали участие в масштабной работе по переводу богословских и полемических трудов ряда византийских и поствизантийских авторов с греческого на церковнославянский, проходившей главным образом под покровительством митрополита Иова. Впрочем, несмотря на все старания Иова, большинство этих переводов так и не было издано240. Кроме того, Лихуды создали новые или переработали старые варианты учебников грамматики и риторики на основе тех, что они сочинили сами или составили в годы работы в академии. Помимо преподавательской деятельности, в Новгороде братья переводили итальянские и латинские тексты по приказу царя Петра I.