Характерной чертой финального этапа диспута о евхаристии являлась не только схоластическая аргументация. И Лихуды, и Медведев прибегали и к чрезмерным нападкам ad hominem. Они обвиняли друг друга в грамматическом и языковом невежестве и указывали на мнимую филологическую неполноценность оппонентов. При этом ключевое место в дебатах занял вопрос о том, какой из двух классических языков – латынь или греческий – адекватно и должным образом передает смысл ранних христианских библейских и патристических сочинений. Понятно, что Лихуды отстаивали превосходство греческого над латынью. Указывая, что Медведев пользуется западными, латинскими трудами, Иоанникий и Софроний противопоставляли латынь греческому языку как ущербный язык. С другой стороны, они превозносили греческий как прототип латыни и подчеркивали его превосходство, поскольку он передавал философские тонкости и нюансы оригинальных апостолических и патристических сочинений. Более того, утверждали Лихуды, без знания греческого можно сбиться с пути истинного, поскольку смысл, вложенный в слово Божие, нередко искажается в переводах на латынь. В свою очередь, Медведев, отвечая на восхваления Лихудов в адрес греческого языка, пытался подорвать попытки его сакрализации. Он указывал, что среди греков зародились многие ереси и что не следует слепо соглашаться со всем, что написано на этом языке. Среди греков есть как честные православные, так и нечестивые еретики, заявлял Медведев, и Лихуды относятся именно к последним. Они не знают церковнославянского, однако им хватило наглости приехать к русским в качестве учителей. Более того, они заплатили за то, чтобы получить от восточных патриархов рекомендательное письмо, а может быть, вообще работают на своих господ – турок. Впрочем, несмотря на эти аргументы, ни одна из сторон, судя по всему, не считала латынь ipso facto еретическим языком. Их позиции по поводу лингвистических познаний были в основном обусловлены полемическим характером диспута, а вовсе не какими-либо глубокими убеждениями в отношении того, какой из этих языков наиболее подходит для выражения слова Божьего и для богословских рассуждений. И Медведев, и Лихуды объявляли себя защитниками православной догматики, и все они пользовались латынью в своей ученой деятельности. Мало того, с одобрения патриарха Иоакима Лихуды еще и преподавали латынь в академии215.

Первый период работы Лихудов в академии стал для них горячей порой. Помимо вовлеченности в полемику, они выполняли и свои преподавательские обязанности. Надо полагать, Софронию приходилось особенно много трудиться, пока в 1688–1691 годах Иоанникий находился в Венеции с неофициальной дипломатической миссией. Вообще, Иоанникий отправился в это путешествие, чтобы уладить свои семейные дела. Сначала предполагалось, что он недолго пробудет в Венеции и привезет в Москву своих детей – свидетельство того, что братья начали чувствовать себя в Москве уверенно. В то же время поездка Иоанникия позволила В. В. Голицыну, в тот момент готовившемуся ко Второму Крымскому походу, вступить в неофициальный контакт с венецианским правительством по поводу потенциального союза против османов. Впрочем, в дипломатическом плане поездка оказалась безуспешной: Иоанникий вернулся в Москву в 1691 году, привезя с собой двух сыновей, ранее арестованных в Вене якобы за поджог и избежавших наказания лишь после обращения Голицына к имперским властям216. И все же братья сумели удержаться на плаву, несмотря на сомнения в их компетентности, непрерывные конфликты с другими московскими греками, а также воцарение Петра в 1689‐м и смерть их покровителя Иоакима в 1690 году. Даже служба Иоанникия В. В. Голицыну, судя по всему, не доставила им никаких неприятностей после опалы последнего в 1689 году217. Братья, несомненно, все еще имели при дворе могущественных покровителей и быстро снискали расположение нового патриарха Адриана (1690–1700)218. Русские власти, как церковные, так и светские, покровительствовали им, даже если у них имелись основания считать, что Лихудов есть в чем упрекнуть. Например, Иоанникий задержался в Венеции (до 1691 года) по причинам, о которых русские власти оставались в неведении, как в 1690 году отмечалось в официальном докладе Посольского приказа. После своего возвращения Иоанникий пытался добиться компенсации своих расходов в поездке, при этом сильно завысив сумму. Служащие Посольского приказа изучили вопрос о расходах предшествовавших миссий и доказали, что требования Иоанникия чрезмерны. Помимо этого, Иоанникий просил выплатить ему жалованье за то время, что он находился в Венеции, и власти, видимо под нажимом со стороны патриарха Адриана, удовлетворили это требование219.

Иоанникий и Софроний, упрочив свои позиции преподавателей академии и выйдя «победителями» в конфликте вокруг евхаристии, до 1694 года преимущественно занимались преподаванием. В это время они сочиняли и составляли учебники для своих студентов, делали переводы с греческого для Печатного двора и сочиняли новые полемические труды против «латинян». Это довольно спокойное существование закончилось в 1694 году с увольнением братьев из академии и переводом их на Печатный двор в качестве справщиков и переводчиков. Некоторые историки, как российские, так и западные, объясняют изгнание Лихудов реакцией со стороны традиционалистской «грекофильской» церковной иерархии, недовольной преподаванием латыни в академии. Впрочем, эти исследователи нередко затрудняются точно указать, имеют ли они в виду русских или греческих иерархов, а также не объясняют, в чем заключался этот традиционализм. Более того, те же самые авторы обычно оставляют без внимания очень четкие свидетельства того, что опала Лихудов по сути стала результатом их попытки бегства из Москвы, вызванного предосудительным поведением одного из сыновей Иоанникия220.

Сменцовский в своей биографии Лихудов очень четко и подробно излагает причины, по которым Лихуды были отстранены от преподавания. Он подчеркнуто возлагает вину за это в первую очередь на самих Лихудов221. Явно возгордившись своим высоким статусом преподавателей академии и своими связями с патриаршим и царским дворами, Лихуды возомнили себя вождями греческой общины в русской столице. Иерусалимский патриарх Досифей, несомненно, был в курсе их деяний как в академии, так и за ее стенами, но, судя по всему, смотрел на все это сквозь пальцы, так как оба брата были весьма полезны ему в России. До 1693 года Досифей никак не порицал ни предполагаемого высокомерия Иоанникия и Софрония по отношению к московским грекам, ни их учебной программы. Наоборот, полный замыслов патриарх решил вовлечь своих бывших протеже в планы по основанию греческой типографии в Москве. С этой целью Досифей в 1692 году отправил в Москву своего племянника архимандрита Хрисанфа, впоследствии наследовавшего ему, с существенным запасом рукописных греческих сочинений, чтобы добиться от двух братьев-учителей поддержки его проекта222. Хрисанф прибыл в Москву 13 ноября 1692 года. Он не только предпринял попытки основать греческую типографию, но и обратился к царям с прошением о вспомоществовании, а также об их вмешательстве в будущие переговоры с турками ради возвращения Гроба Господня (в то время находившегося в руках католической церкви из‐за давления французов на Порту) под контроль православного Иерусалимского патриархата. В свете последующих событий следует подчеркнуть, что у Хрисанфа также имелось личное послание его дяди Лихудам, в котором Досифей превозносил и их древнюю родословную, и успехи в академии, – свидетельство того значения, которое братья придавали признанию их семейных корней, а также четкого понимания, имевшегося у Досифея, что такая лесть в перспективе принесет пользу его племяннику, искавшему у Лихудов поддержки для осуществления патриарших замыслов223.