Основными источниками для изучения ранней биографии братьев Лихудов служат те сведения, которые они сообщили о себе в Посольском приказе сразу же после прибытия в Москву113, а также краткий автобиографический очерк, включенный ими в одно из антикатолических полемических произведений под названием «Мечец духовный»114. Как много лет назад справедливо указывал Сменцовский, эти источники явно нуждаются в перекрестной проверке, поскольку они отражают лишь то, что Лихуды сами хотели рассказать о себе или во что хотели заставить поверить других115. Некоторые, хотя не все пробелы в их биографиях до прибытия в Россию заполняют греческие нотариальные документы и кое-какая уцелевшая переписка Лихудов116.

Иоанн, носивший монашеское имя Иоанникий, родился 20 марта 1633 года на Кефалинии, одном из Ионических островов у западного побережья Греческого полуострова, в то время принадлежавшем Венеции117. Женившись в 1654 году, Иоанн, по-видимому, покинул остров и вернулся на родину лишь в 1660 году, после чего в нотариальных и прочих документах вплоть до 1663 года он значится дьяконом, вслед за этим сразу – священником. В конце 1660‐х годов он снова уехал с острова и вернулся в 1670 году. Брат Иоанна Спиридон, принявший монашеское имя Софроний, судя по всему, был рожден 19 лет спустя, в 1652 году – впрочем, дата его рождения точно не известна (некоторые историки считают, что это произошло в 1637 году). Единственные известные нам надежные даты из биографии Софрония – 1669 год, когда он завершил обучение, и 1670 год, когда он получил докторскую степень в Падуанском университете, уже будучи к тому времени монахом. В ноябре 1670 года он был рукоположен в дьяконы, тем самым став иеродьяконом (монахом-дьяконом). В таком качестве он фигурирует в нотариальных документах за 1670–1671 годы. Отец Лихудов, Марк, был землевладельцем и корабельным капитаном, часто бывавшим в Венеции по делам. В нотариальных документах он значится как miser (от итальянского «господин»), что свидетельствует о его принадлежности к зажиточному социальному слою – местному островному дворянству118.

Согласно автобиографическому очерку Лихудов и генеалогической записке, представленной братьями в Посольский приказ119, их семья происходила из Константинополя, где в XI веке их почтенный предок Константин III Лихуд занимал престол вселенского патриарха120. Судя по всему, после взятия византийской столицы турками в 1453 году семья переселилась сперва на острова Киклады, а затем на Ионические острова – Кефалинию и Закинф. Такая информация содержится в двух челобитных 1691 года от обоих братьев и детей Иоанникия, Николая и Анастасия (прибывших в Россию в 1689 году), о признании за ними дворянского статуса. Младший, Анастасий, обучался в академии, где преподавали его отец и дядя. По утверждению Николая, он получил образование в Венеции, где изучал греческий и латынь и прослушал курс философии. Через какое-то время русское правительство удовлетворило их просьбу, и Николай и Анастасий получили право называться «княжним именем» и чин стольников. Впоследствии сыновья Иоанникия служили в Воронеже, на судостроительной верфи Петра I121.

Некоторые исследователи пытались объяснить расхождение между разными вариантами греческого написания фамилии Лихудов – Leichoudes, Likoudes и Lykoudes (на латыни/итальянском – Licudi), замеченное также и русскими, когда дети Иоанникия подали прошение о признании их титула. Иоанникий и Софроний вплоть до начала 1690‐х годов и у себя на родине, и в России систематически использовали вариант Lykoudes. Это написание (и его варианты Likoudis или Likoudes, зависевшие от уровня грамотности писца) фигурирует во всех нотариальных документах, подписанных ими на Кефалинии122. Интересно, что, находясь в конце 1680‐х годов в Венеции в качестве русского посланника, Иоанникий также пользовался именем Iannicio Sacromonaco Licudi de Lupis (по-гречески lykos означает «волк», отсюда также использование слова lupus, «волк» по-латыни). Таким образом, имеющиеся факты говорят о том, что первоначально фамилия братьев писалась Lykoudes, но изменилась в начале 1690‐х годов на Leichoudes в связи с признанием дворянского титула сыновей Иоанникия в России. Упоминания фамилии Lykoudes, сделанные до начала 1690‐х годов, были тщательно изменены на Leichoudes в рукописях братьев и в формальных рекомендательных письмах, полученных ими от восточных патриархов в 1683 году. В этом отношении важно свидетельство одного из их покровителей в ранний период, впоследствии ставшего их врагом. В своем письме 1691 года иерусалимский патриарх Досифей воздавал должное дворянскому происхождению Лихудов, но, превратившись в их врага, он обвинил их в претензиях на знатное происхождение, в то время как в действительности они были простолюдинами123. Удавшееся Лихудам изменение фамилии – с Lykoudes на Leichoudes – было сознательной попыткой заявить о своем родстве с прославленным византийским семейством и патриархом, чтобы улучшить свою родословную в глазах русских, для которых статус имел большое значение. Подобные ухищрения, к которым прибегали с целью выдать себя за родственников известных лиц, были делом весьма обычным, особенно на Ионических островах: таким способом старались повысить статус своей семьи в прошлом, настоящем и будущем и тем самым приобрести более заметное место и в современной структуре власти124.

В том, что касается образования самих Иоанникия и Софрония, свидетельства порой противоречат друг другу, тем более что в России они оба говорили об этом лишь в самых общих выражениях, за исключением докторской степени Софрония. Лихуды указывали, что, получив начальное образование на Кефалинии, где их наставником был местный священник, они обучались философии и теологии в Венеции под руководством Герасима Влахоса (1605/1607–1685), затем у племянника Влахоса Арсения Кал(л)удиса (ум. 1693) в Коттунианской коллегии в Падуе, а Софроний учился еще и в Падуанском университете125. Б. Л. Фонкич частично оспаривает эти утверждения, отталкиваясь от противоречий в хронологии. Так, он указывает, что разница в возрасте не позволила бы братьям одновременно учиться у Герасима Влахоса. Кроме того, он сомневается, мог ли учиться у Влахоса 9-летний мальчик, каким был на тот момент Софроний126. Однако, если год рождения Софрония указан верно, эти сомнения не обоснованны, так как в то время было обычной практикой отдавать маленьких мальчиков в обучение к немолодому и известному наставнику127. Действительно сомнительно, чтобы Влахос учил Софрония философии и теологии, но тот вполне мог обучаться у него грамматике. Обладателем докторской степени Падуанского университета, полученной в 1670 году, считается лишь Софроний, однако в регистрационных книгах Падуанского университета имя Софрония Лихуда (Licoudis) не встречается до 1669 года. В 1663–1669 годах единственным студентом Падуанского университета с фамилией Licudi был Симеон (Simeonus/Simeon Licudi)128. В сохранившихся нотариальных документах с Кефалинии не значится никакого Симеона, в связи с чем встает вопрос о том, какое имя Софроний получил при крещении: Симеон или Спиридон? В письме, отправленном братьями в 1709 году на Кефалинию своему родственнику, священнику Евстафию Ликудису, Иоанникий и Софроний просили его о заупокойных службах по их усопшим родственникам. В представленном ими списке имен сразу же после их матери и отца следует имя Спиридон. Согласно одной из гипотез, братьев могло быть трое, причем третий, Спиридон, возможно, умер в молодости, после чего Спиридоном стали звать Софрония, который был крещен как Симеон129. Эта гипотеза также объясняет присутствие имени Симеон в регистрационных книгах Падуанского университета. Более того, из надписи на могиле Иоанникия явствует, что лишь Софроний получил докторскую степень по дисциплине, называвшейся в то время ятрофилософией (медицина и философия)130. С учетом имеющихся у нас фактов наиболее надежным представляется вывод о том, что лишь Софроний получил ученую степень в Падуанском университете, а также обучался у Влахоса и Кал(л)удиса, в то время как Иоанникий своим образованием был обязан главным образом занятиям под руководством этих двух наставников131.