Неприятности у владыки начались с первых дней Февральской революции. Еще 24 февраля на Невском проспекте (Макарий на время синодской сессии находился в столице) агрессивно настроенная толпа пыталась задержать его карету. Однако у членов Синода, по словам товарища прокурора Жевахова, данный эпизод вызвал только злую иронию: «Пора старцу уйти на покой».
После революции в Петроград специально приехала делегация из Москвы уговаривать владыку добровольно подать прошение об отставке. К атаке на митрополита активно подключился и обер-прокурор Синода В.Н. Львов, который ультимативно потребовал от него написать прошение об увольнении. Однако члены Синода на очередном заседании возвратили опальному владыке его прошение «как написанное под угрозой». Такой демарш членов Синода следует объяснять не особым уважением к Макарию, а, возможно, корпоративной солидарностью. Архиереи понимали, что случай с Макарием может стать прецедентом для последующих возможных действий и против них.
Между тем в Москве дело об увольнении Макария считали решенным. Церковную среду беспокоила лишь возможность административного назначения нового иерарха. «Московское духовенство беспокоится назначением митрополита прежним порядком, что вселяет тревогу и в обществе...», — телеграфировал в Синод комиссар первопрестольной Н.М. Кишкин.
Двенадцатого марта в Москву прибыл обер-прокурор Синода В.Н. Львов, чтобы познакомиться с настроениями московского духовенства. В тот же день вечером на квартире епископа Димитрия состоялась встреча Львова с представителями духовенства и мирян епархии. Как сообщалось в прессе, все присутствующие, за исключением епископов, единогласно заявили о полном расстройстве епархиального управления в бытность митрополита Макария. Однако присутствующий на собрании епископ Антонин (Грановский) высказал «сожаление о том, что, по слухам, В.Н. Львов позволил себе чуть ли не с оружием в руках требовать от митрополита Макария подачи прошения об увольнении. Это вызвало резкую отповедь со стороны присутствующих, указавших, что это клевета». Прибывший также в Москву Макарий под всеобщим давлением написал второе прошение об увольнении, по которому и был отправлен на покой.
Однако вскоре бывший московский владыка нашел грамотного и богословски образованного союзника и советчика в лице ректора Духовной академии епископа Волоколамского Феодора (Поздеевского). Последний находился в схожей с митрополитом ситуации: его увольнения требовала практически вся корпорация академии. За годы ректорства Феодор, отличавшийся деспотичным характером, увольнял из академии наиболее независимых и любимых студентами профессоров. Очевидно, именно он и уговорил престарелого Макария не складывать оружия и продолжать борьбу за московскую кафедру. Владыка прибыл в Сергиев Посад и оттуда начал вести эпистолярную атаку на своих противников. Секретарь московской консистории Вышеславцев телеграфировал в Синод, что 30 марта получено предписание от Макария, «коим признается съезд духовенства самозваным... кроме того, некоторые священники... прекратившие поминание его, запрещены». Львов отвечал, что Макарий «уволен, все его распоряжения недействительны».
Восьмого марта уже губернский комиссар сообщал министру внутренних дел, что прибытие в Сергиев Посад Макария и «общение его с представителями высшей церковной иерархии. вызвало как со стороны населения, так и со стороны расположенных в посаде войск опасения за возможность какой-либо реакционной пропаганды.» Комиссар также писал, что 5 апреля по постановлению военного комитета местного гарнизона митрополит Макарий и епископ Феодор были подвергнуты домашнему аресту. В Лавре был опечатан склад литературы «политического содержания с явно монархически-тенденциозной окраской». Комиссар просил министра «войти в сношения с обер-прокурором Синода, чтобы назначить вышеназванным лицам другое помимо Сергиевой Лавры местопребывание».
Ранее Макарий написал пасхальное послание, рукопись которого, по словам самого митрополита, «была арестована г. Комиссаром при наборе в Лаврской типографии за противоправительственное содержание». Сам владыка ничего «противного Временному правительству» в своем сочинении не находил, а обвинял лично Львова в возбуждении против него «московского клира, а равно и паствы», которое особенно усилилось после посещения обер-прокурором Москвы. По словам Макария, сам Львов, «вынуждая меня подать прошение об увольнении. прибегал к угрозам включительно до заточения меня в Петропавловскую крепость».
Между тем владыка не находил прецедента в истории, когда московский митрополит увольнялся на покой, — такого, по его словам, не было даже «при проявлении психического расстройства». Ссылаясь на каноническое право и Вселенские соборы, Макарий пытался показать незаконность действий обер-прокурора и части московского духовенства, на собраниях которого с требованием отставки митрополита «присутствовали учащиеся, солдаты, рабочие и лица женского пола. присутствующие громко бьют в ладоши, кричат и смеются. Это не собрание. а скорее. скопище».
В связи с арестом Макария и Феодора и попыткой распространения данного послания в Сергиев Посад приехал обер-прокурор Синода. Встретился Львов и с профессурой академии, просившей избавить их от Феодора.
Первого мая, докладывая Синоду о поездке в Москву, обер-прокурор «поделился впечатлениями» от знакомства с Феодором, человеком, по словам Львова, «умным, но сухим и черствым». Очевидно, сам епископ Волоколамский и признался, что правил «послание» Макария — «сделал некоторые поправки и из книги правил подставил в потребных случаях цитаты».
В результате Феодора уволили с поста ректора академии и назначили настоятелем Данилова монастыря. «Я, слава Богу, благополучно выбрался из Академии, если принять во внимание всю обрушившуюся на меня злобу Обера и автономистов», — писал сам Феодор архиепископу Арсению (Стадницкому). Сложившуюся ситуацию в Церкви епископ оценивал крайне пессимистично: «пройдет месяц-другой, и попы, сидящие в Синоде, при послушании прочих проведут все реформы. Все ячейки церковной жизни расшатаны и потрясены... увольнение Макария под давлением бесчинной толпы и Обера было шуткой, которая породила наглость Обера».
Из всех уволенных иерархов Макарий оказался самым упрямым, так и не смирившимся с отставкой и не признавшим возводимых на него обвинений. Прочитав в прессе интервью с обер-прокурором, владыка направил личное письмо В.Н. Львову: «Я прошу вас. сообщить мне те данные, какие имеете в подтверждении переданных от вашего имени корреспонденту газеты фактов, позорящих мое имя, и тех лиц, через которых вы получили сведения о сказанных фактах, чтобы я мог привлечь виновных в клевете на меня к суду и ответственности». Львов не растерялся и к своему ответному письму приложил копию с докладной записки бывшего секретаря Макария, Петропавловского, «об имевших место. и предусмотренных Уголовным уложением закононарушениях». Обер-прокурор просил владыку «сообщить по содержанию этой записки объяснения в самое непродолжительное время».
Записка Петропавловского представляет собою замечательный документ. Бывший секретарь не пожалел бумаги, излагая всяческие дела и делишки, которые проворачивались в Московской епархии за последние несколько лет. Петропавловский пытался оправдаться тем, что являлся лишь свидетелем грубых злоупотреблений, например при назначении и переводах священнослужителей. Макария секретарь обвинял лишь в слабохарактерности, что и позволяло довольно эффективно им манипулировать.
Очевидно, Петропавловский был сильно перепуган, боясь дальнейших расследований своих деяний: «Отпустите же меня с миром, — писал он в заключение, — и все хорошее и в особенности плохое (а о последнем я слишком много осведомлен) я унесу с собой в могилу, и никогда ничего не всплывет на поверхность». Объяснений Макария на доклад своего бывшего секретаря не последовало.
Наиболее серьезное обвинение митрополита в симонии строились на скопированных Петропавловским письмах священников, которые даже у противников Макария в Синоде вызывали вполне основательные сомнения. Очевидно, Макарий не был взяточником, он просто оказался не на своем месте и, будучи в преклонном возрасте, сам стал жертвой манипуляций своего ближайшего окружения. Однако преосвященный и впоследствии не смирился с фактом своего «незаконного» увольнения (хотя незаконным было, наоборот, назначение его в Москву) и по-прежнему считал себя Московским митрополитом.
