Но далеко не все в столице разделяли взгляды временного правительства. Горожанам не нравилось засилье польского гарнизона: все городские ворота были в руках поляков, москвичи не имели права ходить с оружием и даже привозить в город тонкие дрова (считалось, что из них можно изготовить увесистые дубинки), в ночное время всякое передвижение было запрещено даже на заутреннюю службу.
Напряженное положение привело к тому, что 19 марта стихийно вспыхнуло восстание против поляков. Опытные воеводы, в том числе и Д. М. Пожарский, тут же взяли инициативу в свои руки. На улицах, ведущих к Китай-городу и Кремлю, были построены баррикады, к ним подкатили орудия, и началась перестрелка.
Эта ситуация крайне обеспокоила Ксению — Марфу, проживавшую на Варварке в Китай-городе. Она срочно переселилась в Кремль к Шереметевым, чтобы уберечь от опасности сына. Действительно, уже к концу дня бои стали ожесточеннее. Полякам удалось укрыться только в Кремле и Китай-городе. Возникала угроза их окружения.
Однако преданные сторонники короля Сигизмунда решили во что бы то ни стало спасти польский гарнизон. Они отправили своих людей в Белый город и приказали поджигать дома в начале главных улиц. Начался огромный пожар, охвативший вскоре большую часть Москвы. В безопасности был только Кремль и часть Китай-города у Москвы-реки. Однако все возгорания от разносимых ветром искр старались тут же ликвидировать. Уцелел и дом Романовых на Варварке. Для Ксении — Марфы это стало большой радостью, поскольку в погребах хранились значительные запасы продовольствия, позволившие ей и сыну выжить во время многомесячной осады, в которой вскоре оказалась Москва.
Разгромив восставших москвичей, поляки решили, что одержали победу. На самом деле по многим городам прокатилась волна всеобщего возмущения. Ряды ополченцев существенно выросли, и в апреле 1611 года они подошли к столице. Вскоре в ходе боев был захвачен весь Белый город. Полякам и их приспешникам пришлось довольствоваться территорией Кремля и Китай-города. Их связи с внешним миром фактически были прерваны. Подвоз продовольствия прекратился. Среди простого населения и воинских людей начался голод и болезни. Это привело к тому, что все, у кого в руках было оружие, занялись сначала разбоем, а потом дошли и до каннибализма. Появляться в одиночку на улицах в темное время суток было опасно. Прохожих подстерегали голодные гайдуки из польского гарнизона, которые тут же их убивали, разделывали и, поджарив на кострах, съедали. Когда убитых было слишком много, их тела засаливали в огромных чанах впрок. Правительство превратилось в беспомощный и никому не нужный орган, не имевший ни власти, ни авторитета. Процветали воровство, коррупция и доносы друг на друга. Особо ушлые люди стали выслуживаться перед королем Сигизмундом, выпрашивать имения и чины и отсылать ему ценные веши из царской казны под предлогом подготовки венчания на царство Владислава.
В этих условиях Ксения — Марфа очень боялась за судьбу и здоровье сына. Поляки могли вспомнить, что именно его прочил на царский престол патриарх Гермоген, который за патриотические призывы и смелые речи был брошен в земляную тюрьму Чудова монастыря, где в феврале 1612 года скончался от голода и холода. К тому же Филарет, бывший в польском плену, не желал идти на сговор с Сигизмундом, в отместку все его родственники в любой момент могли оказаться в опале. А главное, некогда большие запасы продовольствия в боярских житницах заканчивались. Уже весной 1612 года пришлось засеять все свободные участки земли и питаться лишь зеленью. Осажденные жили надеждой, что летом гетман Хоткевич сможет доставить им продовольствие, но объединенными усилиями войска Первого и Второго ополчений его отогнали. Все понимали, что еще одну зиму пережить никому не удастся.
Ф. И. Мстиславский выступил с требованием к полякам выпустить из осады женщин и детей, но в ответ те устроили потасовку и пробили князю голову. Ксения — Марфа с очевидностью осознала, что жить на Варварке слишком опасно. Вместе с сыном она переехала в Кремль к Ф. И. Шереметеву, имевшему охрану, поскольку в его ведении был Казенный двор, на котором содержались остатки царской казны.
Наконец 22 октября в ходе ожесточенных боев ополченцам удалось взять Китай-город. Стало ясно, что полякам Кремль не удержать. Боясь погибнуть в ходе уличных боев, Ксения — Марфа вместе с другими боярынями обратилась к временному правительству с настоятельной просьбой выпустить их с детьми из крепости. Начальник гарнизона полковник Струсь не стал противиться и после переговоров с руководителями ополчений Д. Т. Трубецким и Д. М. Пожарским приказал открыть одни из ворот Кремля. Ксения — Марфа с Михаилом и небольшим скарбом тут же поспешила покинуть опасный Кремль. Их опекуном и защитником стал дальний родственник И. П. Шереметев, входивший в состав ополчения. Он добился для них разрешения отправиться в костромское имение Домнино, где можно было восстановить подорванные голодом силы. Вместе с «невольными кремлевскими сидельцами» поехали сестра, вдова М. М. Салтыкова, с сыновьями Борисом и Михаилом, которые были немного старше сына Ксении — Марфы.
Хотя уже 24 октября Кремлевский гарнизон сдался и москвичи стали праздновать победу, боярыни с сыновьями не стали задерживаться и в сопровождении нескольких слуг отправились в дальний путь. Нужно было добраться до наступления зимней стужи и обильных снегов.
Путешествие прошло без осложнений. В Домнине все надеялись восстановить подорванное голоданием здоровье и отдохнуть в тиши деревенской природы. Однако очень скоро выяснилось, что даже в этой костромской глуши находиться небезопасно. По дорогам рыскали казаки, поляки и литовцы из бывшего Тушинского лагеря и грабили не только путников, но и богатые усадьбы. Домнино было в стороне от Вологодского тракта, но и до него могли добраться непрошеные гости. Поэтому на всякий случай на развилке дорог установили дозор. Главными дозорщиками были местный староста Иван Сусанин и его зять Богдан Собинин.
Принятые меры были очень своевременны. Со стороны Вологды появился хорошо вооруженный отряд, состоявший из всякого разноязычного сброда. Его главарь узнал, что в Домнине проживают богатые московские боярыни с малолетними сыновьями.
Вовремя заметив разбойников, Сусанин приказал Богдану скакать к Ксении — Марфе и предупредить ее о смертельной опасности. Сам же он притворно согласился стать провожатым до имения. Однако он повел непрошеных гостей в Юсуповское болото, лежащее в небольшой котловине неподалеку. Оно поросло густым лесом и местами еще было топким и вязким. Всю ночь плутали разбойники по труднопроходимой чаше и лишь утром заметили огоньки какой-то деревни. Но это было не Домнино, а Исупово. И только там главарь понял, что Сусанин обманул его. Расправа над смельчаком была скорой и жестокой — его зарубили саблями.
Подвиг Сусанина спас Ксению — Марфу, Михаила и их родственников Салтыковых. Ночью они переехали в Кострому. Сначала жили в городском доме, потом переехали в костромской Ипатьевский монастырь, окруженный крепкими каменными стенами. Вынуждены были это сделать, так как из Москвы пришла весть о том, что на Земском соборе все склоняются к избранию Михаила Романова новым царем. Ксении — Марфе сообщил об этом ее родственник Ф. И. Шереметев.
Новость буквально потрясла бедную женщину. Она знала, в каком тяжелом положении находится страна, сколько грозных врагов ее окружают, у каждого были свои претенденты на московский престол: в Польше русским государем называли королевича Владислава, в Швеции полагали, что больше прав у королевича Карла-Филиппа, уже избранного в Новгороде. У Михаила не было ни армии, ни верных друзей и сподвижников, которые могли бы его поддержать и защитить. По мнению матери, на престоле ее сына ждала верная смерть. Поэтому она тут же написала Шереметеву, что никогда не согласится с избранием Михаила и не благословит его на царство, не мог это сделать и отец Филарет, находившийся в польском плену. А без родительского благословения такое решение принять было невозможно.
