В начале 1914 года Игнатьев в Генморе — Морском Генеральном штабе — начальником тактическо-организационной части. На второй год мировой войны Игнатьев был назначен флагманским артиллеристом штаба командующего Балтийским флотом. В марте 1917 года он принял руководство Главным управлением кораблестроения. В этой должности он оставался и после Октября.

Офицер-патриот делал все возможное, чтобы сохранить боеспособность флота, защищавшего Петроград от германцев. Игнатьев болезненно переживал упадок флота, набиравший силу хаос и произвол большевиков, убийства и преследования офицеров. 17 ноября 1917 года Игнатьев обратился с открытым письмом к матросам — участникам Всероссийского общефлотского съезда:

И, пророчески предупреждая, что может произойти, если, «идя под гору, снять тормоза», так закончил свое послание:

Увы, призыв этого флотского либерала и патриота услышан не был. А текст его оказался приобщенным к его делу в ГПУ.

М. А. Петров, Н. И.  Игнатьев и Н. И. Власьев на рубеже 30-х годов совместными усилиями, в тесном творческом сотрудничестве выработали концепцию, выражаясь современным языком — военно-морскую доктрину для ВМС СССР. Они также руководили реализацией программы военного судостроения на 1924—27 годы, разработанной под руководством Э. С. Панцержанского, А. В. Домбровского, М. А. Петрова и Н. И. Власьева. Программа военного судостроения на 1927—32 годы создавалась под руководством Петрова, Игнатьева и Власьева и была ими обоснована. Авторы ее исходили из военно-политического положения и возможностей экономики. В предложенном Совету Труда и Обороны (СТО) проекте предлагалось: в Балтийском море «иметь твердые шансы в борьбе с английским флотом с помощью береговой обороны и иметь перевес на море над объединенными силами прилегающих стран». В Черном море — «обеспечить активную оборону берегов в случае наличия линкоров в составе эскадр противника и обеспечить перевес на море над объединенными силами прилегающих стран, если у них не будет линейных сил».

Вскоре, однако, стало ясно, что усиление флота по программе на 1927—32 годы недостаточно. Германия, Швеция, Финляндия, Турция и Румыния приступали к увеличению своих флотов. На специальном заседании РВС СССР 7 и 8 мая 1929 года были заслушаны доклады начальника штаба РККА М. Н. Тухачевского и начальника УСУ УВМС М. А. Петрова «О военно-морской обороне СССР». В докладах явственно обозначились разногласия по строительству ВМС. Штаб РККА считал нецелесообразным расходовать средства на модернизацию линкоров и предлагал «строить морскую оборону» на основе мощной береговой артиллерии, морской авиации, подводных лодок и так называемого москитного флота (то есть боевых катеров — торпедных и др.). Петров от имени ВМС предлагал не только сохранить и модернизировать линкоры, но и, наряду с подводными лодками и катерами, строить эсминцы. Новая программа военного судостроения на 1928—33 годы была принята на заседании СТО 4 февраля 1929 года.

В целом предложения ВМС были приняты. В течение ряда лет прошли модернизацию линкоры, было достроено несколько эсминцев, началось строительство подводных лодок, сторожевых кораблей, торпедных катеров. Был достроен крейсер «Красный Кавказ»... В общем, усилиями в первую очередь Р. А. Муклевича, М. А.  Петрова, Н. И. Игнатьева и Н. И. Власьева был принят план, по которому не только достраивались, модернизировались корабли, но и начиналась разработка новых проектов кораблей и их строительство. Это был прорыв, и три радетеля флота — Петров, Игнатьев и Власьев — отпраздновали это событие, как вспоминал В. А. Белли, в московском «Метрополе».

Вскоре, однако, пришли огорчения. РВС, во исполнение решения Политбюро, предложил сократить пятилетний план судостроения на 85 млн. рублей. Это случилось в июле 1929 года. Началось свертывание судостроения. И тут же пошли аресты... Уменьшение уже утвержденных ассигнований было связано с провалом плана пятилетки. Нужно было найти и виновников провала.

Вступив в должность председателя НТК в 1927 году, Н. И. Игнатьев сменил бывшего контр-адмирала П. Н. Лескова, исполнявшего ее с 1923 года. Возможно, уход из председателей НТК дал Лескову несколько лет жизни, но лишь несколько: в ноябре 1937 года бывший командир крейсера «Аврора», в первую мировую — командир бригады крейсеров и командир Морской крепости Петра Великого (район Ревеля), был арестован НКВД. Заслуги и преклонный возраст (73 года) не помогли — расстреляли.

Игнатьев собрал в своем комитете опытных, талантливых специалистов из бывших офицеров, с опытом войны. Заместителем председателя НТК и председателем артиллерийской секции был Г. Н. Пелль, профессор ВМА, талантливый инженер, конструктор морских артиллерийских систем. После окончания Морского корпуса в 1904 году Пелль служил на крейсере, миноносце, эскадренном броненосце «Слава», преподавал в Артиллерийском офицерском классе. В 1918 году бывший капитан 2 ранга Пелль становится начальником артиллерийского отдела ГУК, начинает преподавать в ВМА... Г. Н. Пелль в 1928-29 годах дважды побывал в командировках в США, Франции и Германии для изучения организации проектирования, изготовления и испытания морской артиллерии и приборов управления ее огнем. Пелль был автором ряда изобретений, руководил проектированием 180-миллиметровой артиллерийской башни для крейсера «Красный Кавказ», позже использованной для создания башен крейсеров типа «Киров» и «Максим Горький». Авторитет его в области морской артиллерии был непререкаем. В 1958 году, когда пересматривались дела репрессированных, контр-адмирал Е. Е. Шведе (также проходивший по делу в 1930 году) показал, что Пелль был конструктором мирового уровня. В. А. Белли рассказывал, что в США и во Франции ему предлагали остаться, обещая создать все условия для научной работы, присвоить соответствующее воинское звание. Но Пелль отказался.

Председателем секции подводного плавания НТК, с момента создания ее в 1923 году, был один из наиболее опытных подводников русского флота А. Н. Гарсоев. В годы Первой мировой Гарсоев командовал подводной лодкой.

Минную секцию, ведавшую минным и торпедным оружием, возглавлял Ю. Ю. Кимбар, бывший капитан 2 ранга, с 1906 года служивший на кораблях Балтийского флота. В 1918 году он назначается главным минером МСБМ, в 1921 — старшим помощником главного минера Морского штаба Республики. Затем он преподавал в ВМА. Ю. Ю. Кимбару принадлежит ряд изобретений. В работе этой секции видная роль принадлежала также В. Е. Эмме, бывшему офицеру с боевым опытом.

В физико-химической секции НТК, ведавшей взрывчатыми веществами, председателем до июля 1929 года был С. Н. Вуколов, ученик и соратник Д. И. Менделеева, ученый-химик с мировым именем, а после него — М. П. Мальчевский. Не менее опытные специалисты из бывших офицеров возглавляли секции — кораблестроительную (Ю. А. Шиманский), механико-электрическую (А. В. Акимов) и связи (А. И. Берг).

Пелль был арестован в начале марта 1930 года, Кимбар в конце этого месяца. Еще раньше, в конце 1929 года, чекисты забрали С. Н. Вуколова и Я. Н. Перепелкина, инженера-конструктора в артиллерийской секции. Метод создания «дела» в ВЧК-ГПУ был уже отработан давно. Вначале арестовывается некто не первого, так сказать, плана, у него выбиваются показания на вышестоящих, запланированных основными персонажами «дела». Вот и в показания Перепелкина следователи-чекисты вписали, что в НТК «долгие годы существует вредительская организация, в которую входят бывшие офицеры и инженеры бывшей фирмы "Эриксон"». В деле Перепелкина появились показания на Н. И. Игнатьева, Г. Н. Пелля и некоторых других сотрудников НТК, на главного инженера завода «Большевик» (Обуховского) К. К. Чернявского, бывшего офицера, на заместителя М. А. Петрова по УСУ УВМС В. П. Римского-Корсакова, на инженеров-электриков завода "Электроприбор" — бывшей фирмы "Эриксон". Материалы дел Перепелкина и Вуколова были использованы чекистами для предъявления обвинений Игнатьеву и Власьеву — их арестовали 5 апреля 1930 года.